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万見
- PDB-7vlk: eIF2B-SFSV NSs C2-imposed -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vlk
タイトルeIF2B-SFSV NSs C2-imposed
要素
  • (Translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 5
  • Non-structural protein NS-S
キーワードTRANSLATION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose ...eukaryotic translation initiation factor 2B complex / Recycling of eIF2:GDP / cytoplasmic translational initiation / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / positive regulation of translational initiation / response to glucose / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / myelination / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / hippocampus development / response to peptide hormone / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / response to heat / positive regulation of apoptotic process / GTP binding / ATP binding / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon ...Phlebovirus, non structural protein / Rift valley fever virus non structural protein-like / Rift valley fever virus non structural protein (NSs) like / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural protein NS-S / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sandfly fever sicilian virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Kashiwagi, K. / Ito, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: eIF2B-capturing viral protein NSs suppresses the integrated stress response.
著者: Kazuhiro Kashiwagi / Yuichi Shichino / Tatsuya Osaki / Ayako Sakamoto / Madoka Nishimoto / Mari Takahashi / Mari Mito / Friedemann Weber / Yoshiho Ikeuchi / Shintaro Iwasaki / Takuhiro Ito /
要旨: Various stressors such as viral infection lead to the suppression of cap-dependent translation and the activation of the integrated stress response (ISR), since the stress-induced phosphorylated ...Various stressors such as viral infection lead to the suppression of cap-dependent translation and the activation of the integrated stress response (ISR), since the stress-induced phosphorylated eukaryotic translation initiation factor 2 [eIF2(αP)] tightly binds to eIF2B to prevent it from exchanging guanine nucleotide molecules on its substrate, unphosphorylated eIF2. Sandfly fever Sicilian virus (SFSV) evades this cap-dependent translation suppression through the interaction between its nonstructural protein NSs and host eIF2B. However, its precise mechanism has remained unclear. Here, our cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis reveals that SFSV NSs binds to the α-subunit of eIF2B in a competitive manner with eIF2(αP). Together with SFSV NSs, eIF2B retains nucleotide exchange activity even in the presence of eIF2(αP), in line with the cryo-EM structures of the eIF2B•SFSV NSs•unphosphorylated eIF2 complex. A genome-wide ribosome profiling analysis clarified that SFSV NSs expressed in cultured human cells attenuates the ISR triggered by thapsigargin, an endoplasmic reticulum stress inducer. Furthermore, SFSV NSs introduced in rat hippocampal neurons and human induced-pluripotent stem (iPS) cell-derived motor neurons exhibits neuroprotective effects against the ISR-inducing stress. Since ISR inhibition is beneficial in various neurological disease models, SFSV NSs may be a promising therapeutic ISR inhibitor.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-32023
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-32023
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
C: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
D: Translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
F: Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
G: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
H: Translation initiation factor eIF-2B subunit delta
I: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
J: Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
K: Non-structural protein NS-S
L: Non-structural protein NS-S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,10912
ポリマ－582,10912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 5種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 33908.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B1, EIF2BA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14232
#2: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit beta / S20I15 / S20III15 / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 39039.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B2, EIF2BB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49770
#3: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF2Bg / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50304.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NR50
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 57640.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B4, EIF2BD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI10
#5: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 80466.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF2B5, EIF2BE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13144

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タンパク質 , 1種, 2分子 KL

#6: タンパク質 Non-structural protein NS-S


分子量: 29695.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sandfly fever sicilian virus (ウイルス)
遺伝子: NSS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12792

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of human eIF2B with SFSV NSs protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 888479 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00229316
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49239734
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6624002
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0414636
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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