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万見
- PDB-7veb: Phycocyanin rod structure of cyanobacterial phycobilisome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7veb
タイトルPhycocyanin rod structure of cyanobacterial phycobilisome
要素
  • (C-phycocyanin ...) x 2
  • (Phycobilisome ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Phycobilisome / Phycocyanin rod / Light-harvesting
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHYCOCYANOBILIN / C-phycocyanin alpha subunit / C-phycocyanin beta subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kawakami, K. / Hamaguchi, T. / Hirose, Y. / Kosumi, D. / Miyata, M. / Kamiya, N. / Yonekura, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05109 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06528 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H06434 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Core and rod structures of a thermophilic cyanobacterial light-harvesting phycobilisome.
著者: Keisuke Kawakami / Tasuku Hamaguchi / Yuu Hirose / Daisuke Kosumi / Makoto Miyata / Nobuo Kamiya / Koji Yonekura /
要旨: Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are ...Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are compositionally and structurally diverse, and exceedingly complex, all of which pose a challenge for a comprehensive understanding of their function. To date, three detailed architectures of PBSs by cryo-electron microscopy (cryo-EM) have been described: a hemiellipsoidal type, a block-type from rhodophytes, and a cyanobacterial hemidiscoidal-type. Here, we report cryo-EM structures of a pentacylindrical allophycocyanin core and phycocyanin-containing rod of a thermophilic cyanobacterial hemidiscoidal PBS. The structures define the spatial arrangement of protein subunits and chromophores, crucial for deciphering the energy transfer mechanism. They reveal how the pentacylindrical core is formed, identify key interactions between linker proteins and the bilin chromophores, and indicate pathways for unidirectional energy transfer.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-phycocyanin alpha subunit
B: C-phycocyanin beta subunit
C: C-phycocyanin alpha subunit
D: C-phycocyanin beta subunit
E: C-phycocyanin alpha subunit
F: C-phycocyanin beta subunit
G: C-phycocyanin alpha subunit
H: C-phycocyanin beta subunit
I: C-phycocyanin alpha subunit
J: C-phycocyanin beta subunit
K: C-phycocyanin alpha subunit
L: C-phycocyanin beta subunit
M: C-phycocyanin alpha subunit
N: C-phycocyanin beta subunit
O: C-phycocyanin alpha subunit
P: C-phycocyanin beta subunit
Q: C-phycocyanin alpha subunit
R: C-phycocyanin beta subunit
S: C-phycocyanin alpha subunit
T: C-phycocyanin beta subunit
U: C-phycocyanin alpha subunit
V: C-phycocyanin beta subunit
W: C-phycocyanin alpha subunit
X: C-phycocyanin beta subunit
Y: Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
Z: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
a: Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,93163
ポリマ－497,73827
非ポリマー21,19336
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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C-phycocyanin ... , 2種, 24分子 ACEGIKMOQSUWBDFHJLNPRTVX

#1: タンパク質
C-phycocyanin alpha subunit


分子量: 17456.631 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50032
#2: タンパク質
C-phycocyanin beta subunit


分子量: 18216.652 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50033

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Phycobilisome ... , 3種, 3分子 YZa

#3: タンパク質 Phycobilisome 8.9 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Rod-capping linker protein


分子量: 8681.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50035
#4: タンパク質 Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod


分子量: 32158.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50034
#5: タンパク質 Phycobilisome rod-core linker polypeptide CpcG2


分子量: 28817.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P50040

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非ポリマー , 1種, 36分子

#6: 化合物...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phycocyanin rod complex of cyanobacterial phyocobilisome
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm
撮影電子線照射量: 50.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
13PHENIX1.18モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159537 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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