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- PDB-7vd6: Structure of S1M1-type FCPII complex from diatom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vd6
タイトルStructure of S1M1-type FCPII complex from diatom
要素
  • Chlorophyll a/b-binding protein
  • Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
  • Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Photosystem / PSII
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting / chlorophyll binding / chloroplast / membrane
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-SQD / Unknown ligand / Chlorophyll a/b-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nagao, R. / Kato, K. / Akita, F. / Miyazaki, N. / Shen, J.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for different types of hetero-tetrameric light-harvesting complexes in a diatom PSII-FCPII supercomplex
著者: Nagao, R. / Kato, K. / Kumazawa, M. / Ifuku, K. / Yokono, M. / Suzuki, T. / Dohmae, N. / Akita, F. / Akimoto, S. / Miyazaki, N. / Shen, J.R.
履歴
登録2021年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31906
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
11: Chlorophyll a/b-binding protein
12: Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
13: Chlorophyll a/b-binding protein
14: Chlorophyll a/b-binding protein
15: Chlorophyll a/b-binding protein
16: Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
17: Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
18: Chlorophyll a/b-binding protein
19: Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
20: Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
21: Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,711207
ポリマ－251,67111
非ポリマー132,040196
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 11分子 1113141518121617192021

#1: タンパク質
Chlorophyll a/b-binding protein


分子量: 22098.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: A0A679BXP6
#2: タンパク質 Fcpb2, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 22162.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#3: タンパク質 Fcpb3, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 22627.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#4: タンパク質 Fcpb4, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 22298.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#5: タンパク質 Fcpb5, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 29014.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#6: タンパク質 Fcpb6, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 23934.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#7: タンパク質 Fcpb7, Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein


分子量: 21143.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

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糖 , 1種, 1分子

#16: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 9種, 208分子

#8: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#9: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5
#10: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O6
#11: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#12: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 19 / 由来タイプ: 合成
#13: 化合物
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3
#14: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#15: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: S1M1-type FCPII complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.24 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMMES-NaOH1
20.02 %DDM1
試料濃度: 0.256 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 8093924
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 373897 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6J40

6j40


Accession code: 6J40 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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