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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uzg | ||||||
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タイトル | Rat Kidney V-ATPase lacking subunit H, with SidK and NCOA7B, State 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTON TRANSPORT / V-ATPase / Complex / Membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / transporter activator activity / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / negative regulation of autophagic cell death ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / transporter activator activity / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / rostrocaudal neural tube patterning / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / intracellular organelle / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / NURF complex / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / protein localization to cilium / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / regulation of MAPK cascade / ATPase activator activity / microvillus / autophagosome membrane / MLL1 complex / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / axon terminus / ruffle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / proton transmembrane transport / secretory granule / terminal bouton / transmembrane transport / cilium / small GTPase binding / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / synaptic vesicle / apical part of cell / signaling receptor activity / ATPase binding / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / axon / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Rubinstein, J.L. / Abbas, Y.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of V-ATPase with NCOA7B 著者: Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uzg.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uzg.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7uzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uzg_validation.pdf.gz | 1008 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uzg_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uzg_validation.xml.gz | 192.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uzg_validation.cif.gz | 313.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/7uzg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26910MC 7uzfC 7uzhC 7uziC 7uzjC 7uzkC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATPase H+-transporting V1 subunit ... , 2種, 4分子 ABCH
#1: タンパク質 | 分子量: 68341.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D4A133 #4: タンパク質 | | 分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503 |
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-V-type proton ATPase ... , 10種, 24分子 DEFGIJKLMNOacdeghijklmno
#2: タンパク質 | 分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62815 #3: タンパク質 | | 分子量: 43958.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5FVI6 #5: タンパク質 | 分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PCU2 #6: タンパク質 | | 分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408 #7: タンパク質 | 分子量: 13733.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B2GUV5 #10: タンパク質 | | 分子量: 96429.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25286 #12: タンパク質 | | 分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: O54715 #13: タンパク質 | | 分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5M7T6 #14: タンパク質 | | 分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5EB76 #16: タンパク質 | 分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63081 |
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-タンパク質 , 5種, 7分子 QRSTbfp
#8: タンパク質 | 分子量: 34693.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWW6 #9: タンパク質 | | 分子量: 19493.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ncoa7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #11: タンパク質 | | 分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0K022 #15: タンパク質 | | 分子量: 11000.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D3ZIM6 #17: タンパク質 | | 分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6AXS4 |
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-非ポリマー , 1種, 1分子
#18: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rat Kidney V-ATPase with SidK / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 44.825 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 76585 詳細: Model-map FSC (threshold 0.5) calculated in phenix.validation_cryoem 対称性のタイプ: POINT |