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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uxe | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas phage E217 small terminase (TerS) | |||||||||
要素 | Small terminase | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / phage small Terminase / decamer / oligomer | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Lokareddy, R.K. / Hou, C.-F.D. / Doll, S.G. / Li, F. / Gillilan, R. / Forti, F. / Briani, F. / Cingolani, G. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Terminase Subunits from the Pseudomonas-Phage E217. 著者: Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Steven G Doll / Fenglin Li / Richard E Gillilan / Francesca Forti / David S Horner / Federica Briani / Gino Cingolani / 要旨: Pseudomonas phages are increasingly important biomedicines for phage therapy, but little is known about how these viruses package DNA. This paper explores the terminase subunits from the Myoviridae ...Pseudomonas phages are increasingly important biomedicines for phage therapy, but little is known about how these viruses package DNA. This paper explores the terminase subunits from the Myoviridae E217, a Pseudomonas-phage used in an experimental cocktail to eradicate P. aeruginosa in vitro and in animal models. We identified the large (TerL) and small (TerS) terminase subunits in two genes ∼58 kbs away from each other in the E217 genome. TerL presents a classical two-domain architecture, consisting of an N-terminal ATPase and C-terminal nuclease domain arranged into a bean-shaped tertiary structure. A 2.05 Å crystal structure of the C-terminal domain revealed an RNase H-like fold with two magnesium ions in the nuclease active site. Mutations in TerL residues involved in magnesium coordination had a dominant-negative effect on phage growth. However, the two ions identified in the active site were too far from each other to promote two-metal-ion catalysis, suggesting a conformational change is required for nuclease activity. We also determined a 3.38 Å cryo-EM reconstruction of E217 TerS that revealed a ring-like decamer, departing from the most common nonameric quaternary structure observed thus far. E217 TerS contains both N-terminal helix-turn-helix motifs enriched in basic residues and a central channel lined with basic residues large enough to accommodate double-stranded DNA. Overexpression of TerS caused a more than a 4-fold reduction of E217 burst size, suggesting a catalytic amount of the protein is required for packaging. Together, these data expand the molecular repertoire of viral terminase subunits to Pseudomonas-phages used for phage therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uxe.cif.gz | 243.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uxe.ent.gz | 194.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uxe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uxe_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uxe_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uxe_validation.xml.gz | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uxe_validation.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/7uxe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26858MC 8dkrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21304.680 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) 遺伝子: vBPaeME217_00078 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K8I4H6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Small terminase decamer from Pseudomonas phage E217 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.21 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3500000 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C10 (10回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 587000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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