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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uwk | ||||||
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タイトル | Structure of the higher-order IL-25-IL-17RB complex | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOKINE / Receptor complex / IL-17E / IL-25 / IL-17RB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-17E receptor binding / interleukin-17 receptor activity / eosinophil differentiation / Interleukin-17 signaling / response to nematode / response to fungus / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine activity / regulation of cell growth ...interleukin-17E receptor binding / interleukin-17 receptor activity / eosinophil differentiation / Interleukin-17 signaling / response to nematode / response to fungus / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine activity / regulation of cell growth / defense response / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wilson, S.C. / Caveney, N.A. / Jude, K.M. / Garcia, K.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Organizing structural principles of the IL-17 ligand-receptor axis. 著者: Steven C Wilson / Nathanael A Caveney / Michelle Yen / Christoph Pollmann / Xinyu Xiang / Kevin M Jude / Maximillian Hafer / Naotaka Tsutsumi / Jacob Piehler / K Christopher Garcia / 要旨: The IL-17 family of cytokines and receptors have central roles in host defence against infection and development of inflammatory diseases. The compositions and structures of functional IL-17 family ...The IL-17 family of cytokines and receptors have central roles in host defence against infection and development of inflammatory diseases. The compositions and structures of functional IL-17 family ligand-receptor signalling assemblies remain unclear. IL-17E (also known as IL-25) is a key regulator of type 2 immune responses and driver of inflammatory diseases, such as allergic asthma, and requires both IL-17 receptor A (IL-17RA) and IL-17RB to elicit functional responses. Here we studied IL-25-IL-17RB binary and IL-25-IL-17RB-IL-17RA ternary complexes using a combination of cryo-electron microscopy, single-molecule imaging and cell-based signalling approaches. The IL-25-IL-17RB-IL-17RA ternary signalling assembly is a C2-symmetric complex in which the IL-25-IL-17RB homodimer is flanked by two 'wing-like' IL-17RA co-receptors through a 'tip-to-tip' geometry that is the key receptor-receptor interaction required for initiation of signal transduction. IL-25 interacts solely with IL-17RB to allosterically promote the formation of the IL-17RB-IL-17RA tip-to-tip interface. The resulting large separation between the receptors at the membrane-proximal level may reflect proximity constraints imposed by the intracellular domains for signalling. Cryo-electron microscopy structures of IL-17A-IL-17RA and IL-17A-IL-17RA-IL-17RC complexes reveal that this tip-to-tip architecture is a key organizing principle of the IL-17 receptor family. Furthermore, these studies reveal dual actions for IL-17RA sharing among IL-17 cytokine complexes, by either directly engaging IL-17 cytokines or alternatively functioning as a co-receptor. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uwk.cif.gz | 364.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uwk.ent.gz | 297.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uwk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uwk_validation.pdf.gz | 1016.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uwk_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uwk_validation.xml.gz | 73.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uwk_validation.cif.gz | 107.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26834MC 7uwjC 7uwlC 7uwmC 7uwnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21490.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL25, IL17E, UNQ3120/PRO10272 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H293 #2: タンパク質 | 分子量: 33649.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17RB, CRL4, EVI27, IL17BR, UNQ2501/PRO19612 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRM6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: higher-order IL-25-IL-17RB complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297300 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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