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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uvk | ||||||
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タイトル | G. haemolysans IgA1 protease | ||||||
要素 | IgA1 Protease | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / protease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serine-type peptidase activity / metalloendopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gemella haemolysans (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | ||||||
データ登録者 | Eisenmesser, E.Z. / Zheng, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: A substrate-induced gating mechanism is conserved among Gram-positive IgA1 metalloproteases. 著者: Jasmina S Redzic / Jeremy Rahkola / Norman Tran / Todd Holyoak / Eunjeong Lee / Antonio Javier Martín-Galiano / Nancy Meyer / Hongjin Zheng / Elan Eisenmesser / 要旨: The mucosal adaptive immune response is dependent on the production of IgA antibodies and particularly IgA1, yet opportunistic bacteria have evolved mechanisms to specifically block this response by ...The mucosal adaptive immune response is dependent on the production of IgA antibodies and particularly IgA1, yet opportunistic bacteria have evolved mechanisms to specifically block this response by producing IgA1 proteases (IgA1Ps). Our lab was the first to describe the structures of a metal-dependent IgA1P (metallo-IgA1P) produced from Gram-positive Streptococcus pneumoniae both in the absence and presence of its IgA1 substrate through cryo-EM single particle reconstructions. This prior study revealed an active-site gating mechanism reliant on substrate-induced conformational changes to the enzyme that begged the question of whether such a mechanism is conserved among the wider Gram-positive metallo-IgA1P subfamily of virulence factors. Here, we used cryo-EM to characterize the metallo-IgA1P of a more distantly related family member from Gemella haemolysans, an emerging opportunistic pathogen implicated in meningitis, endocarditis, and more recently bacteremia in the elderly. While the substrate-free structures of these two metallo-IgA1Ps exhibit differences in the relative starting positions of the domain responsible for gating substrate, the enzymes have similar domain orientations when bound to IgA1. Together with biochemical studies that indicate these metallo-IgA1Ps have similar binding affinities and activities, these data indicate that metallo-IgA1P binding requires the specific IgA1 substrate to open the enzymes for access to their active site and thus, largely conform to an "induced fit" model. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uvk.cif.gz | 255.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uvk.ent.gz | 192.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uvk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uvk_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uvk_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uvk_validation.xml.gz | 48.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uvk_validation.cif.gz | 70.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/7uvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/7uvk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26812MC 7uvlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 246235.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Gemella haemolysans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5NYF3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gemella haemolysans IgA protease apo / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Gemella haemolysans (バクテリア) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 443908 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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