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- PDB-7unf: CryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7unf
タイトルCryoEM structure of a mEAK7 bound human V-ATPase complex
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 14
  • ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2
  • KIAA1609 protein, isoform CRA_a
  • Ribonuclease kappa
キーワードPROTON TRANSPORT / mTOR signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting two-sector ATPase complex / renal tubular secretion / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / Nef Mediated CD8 Down-regulation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / cellular response to increased oxygen levels ...proton-transporting two-sector ATPase complex / renal tubular secretion / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in lysosome biogenesis and autophagy / intracellular pH reduction / Nef Mediated CD8 Down-regulation / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / cellular response to increased oxygen levels / Golgi lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / Transferrin endocytosis and recycling / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / XBP1(S) activates chaperone genes / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / regulation of pH / Amino acids regulate mTORC1 / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / ROS and RNS production in phagocytes / protein localization to cilium / Nef Mediated CD4 Down-regulation / vacuolar acidification / dendritic spine membrane / azurophil granule membrane / tertiary granule membrane / microvillus / proton transmembrane transporter activity / autophagosome membrane / positive regulation of Wnt signaling pathway / ficolin-1-rich granule membrane / cilium assembly / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / specific granule membrane / enzyme regulator activity / H+-transporting two-sector ATPase / axon terminus / Insulin receptor recycling / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / RNA endonuclease activity / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / ossification / proton transmembrane transport / secretory granule / membrane => GO:0016020 / sensory perception of sound / brush border membrane / transmembrane transport / cilium / synaptic vesicle membrane / endocytosis / phagocytic vesicle membrane / apical part of cell / signaling receptor activity / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / early endosome / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / lysosomal membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
TLDc domain / TLD / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily ...TLDc domain / TLD / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-POV / Renin receptor / KIAA1609 protein, isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit e 1 / V-type proton ATPase subunit G 1 / : / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit E 1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-POV / Renin receptor / KIAA1609 protein, isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit e 1 / V-type proton ATPase subunit G 1 / : / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit d 1 / : / V-type proton ATPase subunit F / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c'' / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 / V-type proton ATPase subunit H / V-type proton ATPase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Wang, R. / Li, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135343 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL020948 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL072304 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of mEAK7-mediated human V-ATPase regulation.
著者: Rong Wang / Yu Qin / Xiao-Song Xie / Xiaochun Li /
要旨: The activity of V-ATPase is well-known to be regulated by reversible dissociation of its V and V domains in response to growth factor stimulation, nutrient sensing, and cellular differentiation. The ...The activity of V-ATPase is well-known to be regulated by reversible dissociation of its V and V domains in response to growth factor stimulation, nutrient sensing, and cellular differentiation. The molecular basis of its regulation by an endogenous modulator without affecting V-ATPase assembly remains unclear. Here, we discover that a lysosome-anchored protein termed (mammalian Enhancer-of-Akt-1-7 (mEAK7)) binds to intact V-ATPase. We determine cryo-EM structure of human mEAK7 in complex with human V-ATPase in native lipid-containing nanodiscs. The structure reveals that the TLDc domain of mEAK7 engages with subunits A, B, and E, while its C-terminal domain binds to subunit D, presumably blocking V-V torque transmission. Our functional studies suggest that mEAK7, which may act as a V-ATPase inhibitor, does not affect the activity of V-ATPase in vitro. However, overexpression of mEAK7 in HCT116 cells that stably express subunit a4 of V-ATPase represses the phosphorylation of ribosomal protein S6. Thus, this finding suggests that mEAK7 potentially links mTOR signaling with V-ATPase activity.
履歴
登録2022年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4
U: KIAA1609 protein, isoform CRA_a
L: V-type proton ATPase catalytic subunit A
M: V-type proton ATPase catalytic subunit A
N: V-type proton ATPase catalytic subunit A
O: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
P: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
Q: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
D: V-type proton ATPase subunit D
b: V-type proton ATPase subunit E 1
c: V-type proton ATPase subunit E 1
d: V-type proton ATPase subunit E 1
e: V-type proton ATPase subunit G 1
f: V-type proton ATPase subunit G 1
g: V-type proton ATPase subunit G 1
F: V-type proton ATPase subunit F
C: V-type proton ATPase subunit C 1
H: V-type proton ATPase subunit H
k: V-type proton ATPase subunit d 1
m: V-type proton ATPase subunit e 1
n: Ribonuclease kappa
s: V-type proton ATPase subunit S1
r: ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2
8: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
9: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
1: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
2: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
3: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
4: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
5: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
6: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
7: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
0: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,115,11551
ポリマ－1,104,78133
非ポリマー10,33518
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
V-type proton ATPase ... , 14種, 30分子 aLMNOPQDbcdefgFCHkms8923456701

#1: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 4 / V-ATPase 116 kDa isoform a 4 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 4 / ...V-ATPase 116 kDa isoform a 4 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 4 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a kidney isoform


分子量: 98530.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP6V0A4, ATP6N1B, ATP6N2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBG4
#3: タンパク質 V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar ATPase isoform VA68 / Vacuolar proton pump ...V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar ATPase isoform VA68 / Vacuolar proton pump subunit alpha


分子量: 68379.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38606, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / HO57 / Vacuolar proton pump subunit B 2


分子量: 56561.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21281
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D / V-ATPase 28 kDa accessory protein / Vacuolar proton pump subunit D


分子量: 28311.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5K8
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / V-ATPase 31 kDa subunit / p31 / Vacuolar proton pump subunit E 1


分子量: 26183.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36543
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G 1 / V-ATPase subunit G 1 / V-ATPase 13 kDa subunit 1 / Vacuolar proton pump subunit G 1 / Vacuolar ...V-ATPase subunit G 1 / V-ATPase 13 kDa subunit 1 / Vacuolar proton pump subunit G 1 / Vacuolar proton pump subunit M16


分子量: 13781.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75348
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13388.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16864
#9: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C 1 / V-ATPase subunit C 1 / Vacuolar proton pump subunit C 1


分子量: 43999.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21283
#10: タンパク質 V-type proton ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / Nef-binding protein 1 / NBP1 / Protein VMA13 homolog / V-ATPase 50/57 kDa ...V-ATPase subunit H / Nef-binding protein 1 / NBP1 / Protein VMA13 homolog / V-ATPase 50/57 kDa subunits / Vacuolar proton pump subunit H / Vacuolar proton pump subunit SFD


分子量: 55949.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UI12
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 ...V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / p39 / Vacuolar proton pump subunit d 1


分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61421
#12: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 1 / V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / ...V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / Vacuolar proton pump subunit e 1


分子量: 9380.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15342
#14: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 52067.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15904
#16: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15743.655 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27449
#17: タンパク質 V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit / hATPL


分子量: 21418.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99437

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タンパク質 , 3種, 3分子 Unr

#2: タンパク質 KIAA1609 protein, isoform CRA_a


分子量: 51096.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D3DUL8
#13: タンパク質 Ribonuclease kappa / RNase kappa


分子量: 15435.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q6P5S7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#15: タンパク質 ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / Renin receptor / Renin/prorenin receptor


分子量: 38421.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1B0GVW0

-
糖 , 3種, 8分子

#18: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#19: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#21: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 10分子

#20: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#22: 化合物
ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CryoEM structure of mEAK7 bound human V-ATPase complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24984 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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