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万見
- PDB-7ul2: CryoEM Structure of Inactive NTSR1 Bound to SR48692 and Nb6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ul2
タイトルCryoEM Structure of Inactive NTSR1 Bound to SR48692 and Nb6
要素
  • Nanobody 6
  • Neurotensin receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Antagonist / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled neurotensin receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / inositol phosphate catabolic process / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion ...dynorphin receptor activity / response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / G protein-coupled neurotensin receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / inositol phosphate catabolic process / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / symmetric synapse / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of dopamine secretion / regulation of membrane depolarization / sensory perception / L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of arachidonic acid secretion / conditioned place preference / regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / maternal behavior / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of glutamate secretion / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / eating behavior / temperature homeostasis / response to lipid / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral response to cocaine / estrous cycle / neuropeptide signaling pathway / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / adult locomotory behavior / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / dendritic shaft / learning / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / cellular response to glucose stimulus / response to nicotine / response to insulin / terminal bouton / cytoplasmic side of plasma membrane / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / cellular response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / perikaryon / response to ethanol / defense response to virus / dendritic spine / neuron projection / immune response / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / G protein-coupled receptor signaling pathway / dendrite / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Opioid receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Q6Q / Neurotensin receptor type 1 / Kappa-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Robertson, M.J. / Skiniotis, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure determination of inactive-state GPCRs with a universal nanobody.
著者: Michael J Robertson / Makaía M Papasergi-Scott / Feng He / Alpay B Seven / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Maria Claudia Peroto / Tao Che / Georgios Skiniotis /
要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite representing one of the largest classes of therapeutic targets, most inactive-state G protein-coupled receptors (GPCRs) have remained inaccessible for cryo-EM because their small size and membrane-embedded nature impedes projection alignment for high-resolution map reconstructions. Here we demonstrate that the same single-chain camelid antibody (nanobody) recognizing a grafted intracellular loop can be used to obtain cryo-EM structures of inactive-state GPCRs at resolutions comparable or better than those obtained by X-ray crystallography. Using this approach, we obtained structures of neurotensin 1 receptor bound to antagonist SR48692, μ-opioid receptor bound to alvimopan, apo somatostatin receptor 2 and histamine receptor 2 bound to famotidine. We expect this rapid, straightforward approach to facilitate the broad exploration of GPCR inactive states without the need for extensive engineering and crystallization.
履歴
登録2022年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Neurotensin receptor 1
D: Nanobody 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4254
ポリマ－61,8152
非ポリマー6102
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Neurotensin receptor 1 / NT-R-1 / NTR1 / High-affinity levocabastine-insensitive neurotensin receptor / NTRH / K-OR-1 / KOR-1


分子量: 47084.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTSR1, NTRR, OPRK1, OPRK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P30989, UniProt: P41145
#2: 抗体 Nanobody 6


分子量: 14730.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-Q6Q / 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid


分子量: 587.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H31ClN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of NTSR1 and Nb6COMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2NTSR1COMPLEX#11RECOMBINANT
3Nb6COMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
33Lama glama (ラマ)9844
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60.82 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 372987 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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