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- EMDB-26589: CryoEM Structure of Inactive NTSR1 Bound to SR48692 and Nb6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26589
タイトルCryoEM Structure of Inactive NTSR1 Bound to SR48692 and Nb6
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of NTSR1 and Nb6
    • 複合体: NTSR1
      • タンパク質・ペプチド: Neurotensin receptor 1
    • 複合体: Nb6
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 6
  • リガンド: 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードAntagonist / Complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / G protein-coupled neurotensin receptor activity / positive regulation of eating behavior / inositol phosphate catabolic process / G protein-coupled opioid receptor activity ...response to acrylamide / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / dynorphin receptor activity / regulation of saliva secretion / negative regulation of luteinizing hormone secretion / sensory perception of temperature stimulus / G protein-coupled neurotensin receptor activity / positive regulation of eating behavior / inositol phosphate catabolic process / G protein-coupled opioid receptor activity / symmetric synapse / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of dopamine secretion / regulation of membrane depolarization / positive regulation of arachidonate secretion / L-glutamate import across plasma membrane / sensory perception / regulation of respiratory gaseous exchange / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / receptor serine/threonine kinase binding / maternal behavior / conditioned place preference / neuropeptide binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / response to lipid / temperature homeostasis / eating behavior / behavioral response to cocaine / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / sensory perception of pain / T-tubule / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / dendritic shaft / Peptide ligand-binding receptors / adult locomotory behavior / sarcoplasmic reticulum / learning / locomotory behavior / response to insulin / response to nicotine / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / terminal bouton / G protein-coupled receptor activity / cytoplasmic side of plasma membrane / response to estrogen / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / cellular response to lipopolysaccharide / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / defense response to virus / dendritic spine / perikaryon / response to ethanol / postsynaptic membrane / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of apoptotic process / membrane raft / dendrite / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / Opioid receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurotensin receptor type 1 / Kappa-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Robertson MJ / Skiniotis G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
The G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Structure determination of inactive-state GPCRs with a universal nanobody.
著者: Michael J Robertson / Makaía M Papasergi-Scott / Feng He / Alpay B Seven / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Maria Claudia Peroto / Tao Che / Georgios Skiniotis /
要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite representing one of the largest classes of therapeutic targets, most inactive-state G protein-coupled receptors (GPCRs) have remained inaccessible for cryo-EM because their small size and membrane-embedded nature impedes projection alignment for high-resolution map reconstructions. Here we demonstrate that the same single-chain camelid antibody (nanobody) recognizing a grafted intracellular loop can be used to obtain cryo-EM structures of inactive-state GPCRs at resolutions comparable or better than those obtained by X-ray crystallography. Using this approach, we obtained structures of neurotensin 1 receptor bound to antagonist SR48692, μ-opioid receptor bound to alvimopan, apo somatostatin receptor 2 and histamine receptor 2 bound to famotidine. We expect this rapid, straightforward approach to facilitate the broad exploration of GPCR inactive states without the need for extensive engineering and crystallization.
履歴
登録2022年4月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 277.664 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 277.664 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 277.664 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8677 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-4.67052 - 6.512369
平均 (標準偏差)-0.0009262758 (±0.0880241)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 277.664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_26589_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26589_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26589_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of NTSR1 and Nb6

全体名称: Complex of NTSR1 and Nb6
要素
  • 複合体: Complex of NTSR1 and Nb6
    • 複合体: NTSR1
      • タンパク質・ペプチド: Neurotensin receptor 1
    • 複合体: Nb6
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody 6
  • リガンド: 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of NTSR1 and Nb6

超分子名称: Complex of NTSR1 and Nb6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: NTSR1

超分子名称: NTSR1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Nb6

超分子名称: Nb6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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分子 #1: Neurotensin receptor 1

分子名称: Neurotensin receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.084391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAV YLALFVVGTV GNTVTLFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA G CRGYYFLR ...文字列:
DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAV YLALFVVGTV GNTVTLFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA G CRGYYFLR DACTYATALN VASLSVERYL AICHPFKAKT LMSRSRTKKF ISAIWLASAL LAVPMLFTMG EQNRSADGQH AG GLVCTPT IHTATVKVVI QVNTFMSFIF PMVVISVLYT LMILRLKSVR LLSGSREKDR NLRRITRLVL AVVIAFVVCW LPY HVRRLM FCYISDEQWT PFLYDFYHYF YMVTNALFYV SSTINPILYN LVSANFRHIF LATLACLCPV WRRRRKRPAF SRKA DSVSS NHTLSSNATR ETLY

UniProtKB: Neurotensin receptor type 1, Kappa-type opioid receptor, Neurotensin receptor type 1

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分子 #2: Nanobody 6

分子名称: Nanobody 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.730255 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAQVQLQESG GGLVQAGESL RLSCAASGTI FRLYDMGWYR RVSGNQRELV ASITSGGSTK YGDSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMSSLKP EDTAVYYCNA EYRTGIWEEL LDGWGQGTQV TVSSHHHHHH EPEA

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分子 #3: 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3...

分子名称: 2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: Q6Q
分子量理論値: 587.065 Da
Chemical component information

ChemComp-Q6Q:
2-[[1-(7-chloranylquinolin-4-yl)-5-(2,6-dimethoxyphenyl)pyrazol-3-yl]carbonylamino]adamantane-2-carboxylic acid

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分子 #4: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 13 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.82 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 372987
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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