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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uik | ||||||
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タイトル | Mediator-PIC Early (Tail A + Upstream DNA & Activator) | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Divergent transcription / Mediator / RNA Polymerase II / PIC / Pre-Initiation / Activation / Transcription Factor / Gal4 / Gal4VP16 | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / galactose metabolic process / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / core mediator complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / galactose metabolic process / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / core mediator complex / TFIIH-class transcription factor complex binding / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription repressor complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | ||||||
![]() | Gorbea Colon, J.J. / Chen, S.-F. / Tsai, K.L. / Murakami, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter. 著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami / ![]() 要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 513.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 380.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 104.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26547MC ![]() 7ui9C ![]() 7uicC ![]() 7uifC ![]() 7uigC ![]() 7uilC ![]() 7uioC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#1: DNA鎖 | 分子量: 11666.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 11424.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 6種, 6分子 obcnep
#4: タンパク質 | 分子量: 120432.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P19659 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 47754.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12124 |
#6: タンパク質 | 分子量: 43116.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P40356 |
#7: タンパク質 | 分子量: 27535.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P19263 |
#8: タンパク質 | 分子量: 128918.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53114 |
#9: タンパク質 | 分子量: 111423.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32259 |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 TU![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#10: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: タンパク質 | 分子量: 16895.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GAL4, YPL248C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Med-PICEarly (TailA+Activator & DNA Class 1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2, #4-#6, #3, #8-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 倍率(補正後): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 40900 |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199834 / 対称性のタイプ: POINT |