+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uif | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mediator-PIC Early (Core B) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / Divergent transcription / Mediator / RNA Polymerase II / PIC / Pre-Initiation / Activation / Transcription Factor / Gal4 / Gal4VP16 | ||||||
機能・相同性 | ![]() meiotic gene conversion / RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / RPB4-RPB7 complex / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter ...meiotic gene conversion / RNA polymerase II complex recruiting activity / regulation of mRNA 3'-end processing / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / RPB4-RPB7 complex / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / mediator complex / transcription preinitiation complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / protein phosphatase activator activity / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / TFIID-class transcription factor complex binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / cellular response to nutrient levels / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / transcription coregulator activity / translation initiation factor binding / TBP-class protein binding / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / transcription corepressor activity / ribosome biogenesis / peroxisome / protein-macromolecule adaptor activity / single-stranded DNA binding / cellular response to heat / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / transcription coactivator activity / nucleic acid binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / DNA repair / DNA-templated transcription / mRNA binding / nucleotide binding / regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
![]() | Gorbea Colon, J.J. / Chen, S.-F. / Tsai, K.L. / Murakami, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter. 著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami / ![]() 要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26544MC ![]() 7ui9C ![]() 7uicC ![]() 7uigC ![]() 7uikC ![]() 7uilC ![]() 7uioC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 8分子 AzBCDGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P16370 #4: タンパク質 | | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20433 #7: タンパク質 | | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34087 #9: タンパク質 | | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P27999 #11: タンパク質 | | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38902 |
---|
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434 |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422 |
-Transcription ... , 4種, 4分子 MPQS
#13: タンパク質 | 分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUA7, YPR086W, P9513.4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#14: タンパク質 | 分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41895 |
#15: タンパク質 | 分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41896, DNA helicase |
#16: タンパク質 | 分子量: 34903.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DST1, PPR2, YGL043W / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 16種, 16分子 adfghijknqrstuvw
#17: タンパク質 | 分子量: 64314.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12321 |
---|---|
#18: タンパク質 | 分子量: 32244.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12343 |
#19: タンパク質 | 分子量: 32844.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38782 |
#20: タンパク質 | 分子量: 25616.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08278 |
#21: タンパク質 | 分子量: 25297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38304 |
#22: タンパク質 | 分子量: 17400.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33308 |
#23: タンパク質 | 分子量: 17927.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06213 |
#24: タンパク質 | 分子量: 13324.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99278 |
#25: タンパク質 | 分子量: 123500.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P19263 |
#26: タンパク質 | 分子量: 78582.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32569 |
#27: タンパク質 | 分子量: 34316.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32585 |
#28: タンパク質 | 分子量: 24885.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25046 |
#29: タンパク質 | 分子量: 22918.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34162 |
#30: タンパク質 | 分子量: 16093.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47822 |
#31: タンパク質 | 分子量: 13875.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32570 |
#32: タンパク質 | 分子量: 14747.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38633 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Mediator-PIC Early / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 倍率(補正後): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.4 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 40900 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package |
---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91293 / 対称性のタイプ: POINT |