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万見
- PDB-7u5c: Cryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-prim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u5c
タイトルCryo-EM structure of human CST bound to DNA polymerase alpha-primase in a recruitment state
要素
  • (CST complex subunit ...) x 3
  • (DNA polymerase alpha ...) x 2
  • DNA primase large subunit
  • DNA primase small subunit
  • canonical telomeric DNA sequence
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Fill-in / Telomere / Replication / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CST complex / positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / telomere maintenance via telomere lengthening / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 ...CST complex / positive regulation of DNA primase activity / DNA primase AEP / ribonucleotide binding / telomerase inhibitor activity / DNA replication initiation / DNA/RNA hybrid binding / telomere maintenance via telomere lengthening / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / alpha DNA polymerase:primase complex / Polymerase switching / regulation of type I interferon production / Processive synthesis on the lagging strand / DNA primase activity / Removal of the Flap Intermediate / single-stranded telomeric DNA binding / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / lagging strand elongation / G-rich strand telomeric DNA binding / DNA replication, synthesis of primer / telomere capping / mitotic DNA replication initiation / bone marrow development / intermediate filament cytoskeleton / hematopoietic stem cell proliferation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA synthesis involved in DNA repair / G1/S-Specific Transcription / telomeric DNA binding / leading strand elongation / DNA replication origin binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / replicative senescence / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / spleen development / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / thymus development / positive regulation of DNA replication / Defective pyroptosis / multicellular organism growth / fibrillar center / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / protein import into nucleus / positive regulation of fibroblast proliferation / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleotide binding / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / protein kinase binding / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / Replication factor A protein-like ...CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / Replication factor A protein-like / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal domain superfamily / DNA polymerase alpha subunit B N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / DNA primase, small subunit, eukaryotic/archaeal / DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase, small subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / DNA polymerase alpha catalytic subunit, N-terminal domain / DNA polymerase alpha, zinc finger domain superfamily / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit / DNA Polymerase alpha zinc finger / DNA polymerase alpha subunit p180 N terminal / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha catalytic subunit, catalytic domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA primase small subunit / DNA primase large subunit / DNA polymerase alpha subunit B / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit TEN1 / CST complex subunit STN1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Cai, S.W. / Zinder, J.C. / Svetlov, V. / Bush, M.W. / Nudler, E. / Walz, T. / de Lange, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5 R35 CA210036 米国
Breast Cancer Research FoundationBCRF-19-036 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human CST-Polα/primase complex in a recruitment state.
著者: Sarah W Cai / John C Zinder / Vladimir Svetlov / Martin W Bush / Evgeny Nudler / Thomas Walz / Titia de Lange /
要旨: The CST-Polα/primase complex is essential for telomere maintenance and functions to counteract resection at double-strand breaks. We report a 4.6-Å resolution cryo-EM structure of human CST- ...The CST-Polα/primase complex is essential for telomere maintenance and functions to counteract resection at double-strand breaks. We report a 4.6-Å resolution cryo-EM structure of human CST-Polα/primase, captured prior to catalysis in a recruitment state stabilized by chemical cross-linking. Our structure reveals an evolutionarily conserved interaction between the C-terminal domain of the catalytic POLA1 subunit and an N-terminal expansion in metazoan CTC1. Cross-linking mass spectrometry and negative-stain EM analysis provide insight into CST binding by the flexible POLA1 N-terminus. Finally, Coats plus syndrome disease mutations previously characterized to disrupt formation of the CST-Polα/primase complex map to protein-protein interfaces observed in the recruitment state. Together, our results shed light on the architecture and stoichiometry of the metazoan fill-in machinery.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase small subunit
B: DNA primase large subunit
C: DNA polymerase alpha catalytic subunit
D: DNA polymerase alpha subunit B
E: CST complex subunit CTC1
F: CST complex subunit STN1
G: CST complex subunit TEN1
H: canonical telomeric DNA sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)502,11513
ポリマ－501,5028
非ポリマー6135
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, cross-linking, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA primase small subunit / DNA primase 49 kDa subunit / p49


分子量: 49981.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P49642, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 DNA primase large subunit / DNA primase 58 kDa subunit / p58


分子量: 59092.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM2, PRIM2A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P49643, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA polymerase alpha ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 DNA polymerase alpha catalytic subunit / DNA polymerase alpha catalytic subunit p180


分子量: 129635.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA1, POLA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09884, DNA-directed DNA polymerase
#4: タンパク質 DNA polymerase alpha subunit B / DNA polymerase alpha 70 kDa subunit


分子量: 66015.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLA2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14181

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CST complex subunit ... , 3種, 3分子 EFG

#5: タンパク質 CST complex subunit CTC1 / Conserved telomere maintenance component 1 / HBV DNAPTP1-transactivated protein B


分子量: 135050.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTC1, C17orf68 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2NKJ3
#6: タンパク質 CST complex subunit STN1 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 1 / Suppressor of cdc thirteen homolog


分子量: 42172.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STN1, OBFC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H668
#7: タンパク質 CST complex subunit TEN1 / Protein telomeric pathways with STN1 homolog / Telomere length regulation protein TEN1 homolog


分子量: 13872.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEN1, C17orf106 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86WV5

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DNA鎖 , 1種, 1分子 H

#8: DNA鎖 canonical telomeric DNA sequence


分子量: 5682.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 2種, 5分子

#9: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human CST bound to DNA polymerase alpha(POLA1 delta N)-primase in a recruitment state
タイプ: COMPLEX / 詳細: Sample was GraFix cross-linked with glutaraldehyde. / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.075 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was cross-linked with glutaraldehyde (GraFix)
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.56粒子像選択
2SerialEM画像取得
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
8UCSF ChimeraX0.93.0モデルフィッティング
9ISOLDE1モデルフィッティング
11RELION3初期オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
14RELION3３次元再構成
15PHENIX1.17.1モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 131850 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15EXR

5exr

15EXR1PDBexperimental model
26W6W

6w6w

16W6W2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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