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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tth | ||||||
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タイトル | Human potassium-chloride cotransporter 1 in inward-open state | ||||||
![]() | Solute carrier family 12 member 4 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / SLC12A4 / Potassium-chloride transport / Inward-open state | ||||||
機能・相同性 | ![]() ammonium import across plasma membrane / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport ...ammonium import across plasma membrane / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / chemical synaptic transmission / lysosomal membrane / synapse / protein kinase binding / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
![]() | Zhao, Y.X. / Cao, E.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the human cation-chloride cotransport KCC1 in an outward-open state. 著者: Yongxiang Zhao / Jiemin Shen / Qinzhe Wang / Manuel Jose Ruiz Munevar / Pietro Vidossich / Marco De Vivo / Ming Zhou / Erhu Cao / ![]() ![]() 要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) catalyze electroneutral symport of Cl with Na and/or K across membranes. CCCs are fundamental in cell volume homeostasis, transepithelia ion movement, ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) catalyze electroneutral symport of Cl with Na and/or K across membranes. CCCs are fundamental in cell volume homeostasis, transepithelia ion movement, maintenance of intracellular Cl concentration, and neuronal excitability. Here, we present a cryoelectron microscopy structure of human K-Cl cotransporter (KCC)1 bound with the VU0463271 inhibitor in an outward-open state. In contrast to many other amino acid-polyamine-organocation transporter cousins, our first outward-open CCC structure reveals that opening the KCC1 extracellular ion permeation path does not involve hinge-bending motions of the transmembrane (TM) 1 and TM6 half-helices. Instead, rocking of TM3 and TM8, together with displacements of TM4, TM9, and a conserved intracellular loop 1 helix, underlie alternate opening and closing of extracellular and cytoplasmic vestibules. We show that KCC1 intriguingly exists in one of two distinct dimeric states via different intersubunit interfaces. Our studies provide a blueprint for understanding the mechanisms of CCCs and their inhibition by small molecule compounds. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 298.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 234.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26115MC ![]() 7ttiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 120770.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human Potassium-chloride cotransporter 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4073077 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 粒子像の数: 79153 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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