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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tqs | ||||||
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タイトル | Coxsackievirus A21 capsid subdomain in complex with mouse polyclonal antibody pAbC-3 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / polyclonal antibodies (ポリクローナル抗体) / immune complex / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell ...: / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Antanasijevic, A. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022 タイトル: High-resolution structural analysis of enterovirus-reactive polyclonal antibodies in complex with whole virions. 著者: Aleksandar Antanasijevic / Autumn J Schulze / Vijay S Reddy / Andrew B Ward / 要旨: Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 ...Non-polio enteroviruses (NPEVs) cause serious illnesses in young children and neonates, including aseptic meningitis, encephalitis, and inflammatory muscle disease, among others. While over 100 serotypes have been described to date, vaccine only exists for EV-A71. Efforts toward rationally designed pan-NPEV vaccines would greatly benefit from structural biology methods for rapid and comprehensive evaluation of vaccine candidates and elicited antibody responses. Toward this goal, we introduced a cryo-electron-microscopy-based approach for structural analysis of virus- or vaccine-elicited polyclonal antibodies (pAbs) in complex with whole NPEV virions. We demonstrated the feasibility using coxsackievirus A21 and reconstructed five structurally distinct pAbs bound to the virus. The pAbs targeted two immunodominant epitopes, one overlapping with the receptor binding site. These results demonstrate that our method can be applied to map broad-spectrum polyclonal immune responses against intact virions and define potentially cross-reactive epitopes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tqs.cif.gz | 817.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tqs.ent.gz | 674.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tqs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/7tqs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 26068MC 7tqtC 7tquC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 22分子 LHaeimqbfjnrcgkosdhlpt
#1: タンパク質 | 分子量: 8188.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light Chain of the polyclonal antibody pAbC-3 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 9039.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Light Chain of the polyclonal antibody pAbC-3 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 33234.238 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP1 protein of the coxsackievirus A21 capsid 由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ #4: タンパク質 | 分子量: 29918.537 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP2 protein of the coxsackievirus A21 capsid 由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ #5: タンパク質 | 分子量: 26596.703 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP3 protein of the coxsackievirus A21 capsid 由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: Q71LY2, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ #6: タンパク質 | 分子量: 7442.118 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VP4 protein of the coxsackievirus A21 capsid 由来: (天然) Coxsackievirus A21 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: Q7T7N6, ピコルナイン2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA依存性RNAポリメラーゼ |
-非ポリマー , 1種, 5分子
#7: 化合物 | ChemComp-MYR / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Immune complex featuring subdomains of coxsackievirus A21 (CV-A21) viral particles in complex with mouse polyclonal antibodies タイプ: COMPLEX 詳細: The complexes were assembled by combining purified CV-A21 particles and polyclonal antibodies isolated from mice (as Fab fragments) Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS, 0.2um filtered | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The complex was generated by incubation of mouse polyclonal antibodies with recombinantly expressed CV-A21 virions and subsequent SEC purification. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 10 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: 3-7s blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3862 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 45 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 22937 詳細: Cryosparc template picker. Following the 2D classification and symmetry expansion the number of particles was 1334700. Symmetry-expanded particles were used for 3D classification and refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29282 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: 19748 symmetry expanded particles. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1Z7S |