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- PDB-7tql: CryoEM structure of the human 40S small ribosomal subunit in comp... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7tql
タイトルCryoEM structure of the human 40S small ribosomal subunit in complex with translation initiation factors eIF1A and eIF5B.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 19
  • (ribosomal protein ...) x 12
  • 18S ribosomal RNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 5B
  • Human Met-tRNAiMet
  • Isoform 3 of 40S ribosomal protein S24
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Translation initiation factor eIF1A
キーワードRIBOSOME / eIF5B / translation / initiation / eIF1A
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-synthesizing GTPase / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage ...protein-synthesizing GTPase / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / nucleolus organization / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / oxidized purine DNA binding / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of translational initiation / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / pigmentation / positive regulation of mitochondrial depolarization / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / iron-sulfur cluster binding / regulation of cell division / Protein hydroxylation / monocyte chemotaxis / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / T cell proliferation involved in immune response / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Protein methylation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / translation regulator activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of cell cycle / signaling adaptor activity / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / stress granule assembly / Mitotic Prometaphase / cytosolic ribosome / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rough endoplasmic reticulum / positive regulation of JUN kinase activity / Maturation of protein E / Maturation of protein E / gastrulation / ER Quality Control Compartment (ERQC) / MDM2/MDM4 family protein binding
類似検索 - 分子機能
Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily ...Elongation factor Tu-type domain / Elongation factor Tu domain 4 / Translation initiation factor IF- 2, domain 3 / Translation-initiation factor 2 / Translation initiation factor IF- 2 / Translation initiation factor IF-2, domain 3 superfamily / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / : / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S10 / Eukaryotic translation initiation factor 5B / Small ribosomal subunit protein uS5 ...GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S10 / Eukaryotic translation initiation factor 5B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lapointe, C.P. / Grosely, R. / Sokabe, M. / Alvarado, C. / Wang, J. / Montabana, E. / Villa, N. / Shin, B. / Dever, T. / Fraser, C. ...Lapointe, C.P. / Grosely, R. / Sokabe, M. / Alvarado, C. / Wang, J. / Montabana, E. / Villa, N. / Shin, B. / Dever, T. / Fraser, C. / Fernandez, I.S. / Puglisi, J.D.
資金援助 米国, スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRG-#2321-18 米国
Knut and Alice Wallenberg Foundation(KAW2015.0406 スウェーデン
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)(GM011378 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: eIF5B and eIF1A reorient initiator tRNA to allow ribosomal subunit joining.
著者: Christopher P Lapointe / Rosslyn Grosely / Masaaki Sokabe / Carlos Alvarado / Jinfan Wang / Elizabeth Montabana / Nancy Villa / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / Christopher S Fraser / Israel ...著者: Christopher P Lapointe / Rosslyn Grosely / Masaaki Sokabe / Carlos Alvarado / Jinfan Wang / Elizabeth Montabana / Nancy Villa / Byung-Sik Shin / Thomas E Dever / Christopher S Fraser / Israel S Fernández / Joseph D Puglisi /
要旨: Translation initiation defines the identity and quantity of a synthesized protein. The process is dysregulated in many human diseases. A key commitment step is when the ribosomal subunits join at a ...Translation initiation defines the identity and quantity of a synthesized protein. The process is dysregulated in many human diseases. A key commitment step is when the ribosomal subunits join at a translation start site on a messenger RNA to form a functional ribosome. Here, we combined single-molecule spectroscopy and structural methods using an in vitro reconstituted system to examine how the human ribosomal subunits join. Single-molecule fluorescence revealed when the universally conserved eukaryotic initiation factors eIF1A and eIF5B associate with and depart from initiation complexes. Guided by single-molecule dynamics, we visualized initiation complexes that contained both eIF1A and eIF5B using single-particle cryo-electron microscopy. The resulting structure revealed how eukaryote-specific contacts between the two proteins remodel the initiation complex to orient the initiator aminoacyl-tRNA in a conformation compatible with ribosomal subunit joining. Collectively, our findings provide a quantitative and architectural framework for the molecular choreography orchestrated by eIF1A and eIF5B during translation initiation in humans.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年12月14日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_d_res_high
改定 1.42024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Eukaryotic translation initiation factor 5B
2: 18S ribosomal RNA
3: Human Met-tRNAiMet
4: Translation initiation factor eIF1A
B: ribosomal protein uS2
C: ribosomal protein uS2
D: 40S ribosomal protein S2
E: 40S ribosomal protein S4, X isoform
F: 40S ribosomal protein S3
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: 40S ribosomal protein S9
K: 40S ribosomal protein S5
L: 40S ribosomal protein S11
M: 40S ribosomal protein S10
N: ribosomal protein uS15
O: ribosomal protein eS12
P: ribosomal protein uS11
Q: 40S ribosomal protein S15
R: 40S ribosomal protein S16
S: ribosomal protein eS17
T: ribosomal protein uS13
U: 40S ribosomal protein S19
V: ribosomal protein uS10
W: 40S ribosomal protein S15a
X: 40S ribosomal protein S23
Y: Isoform 3 of 40S ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S21
a: ribosomal protein eS25
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S26
d: ribosomal protein eS28
e: ribosomal protein eS30
f: ribosomal protein uS14
g: 40S ribosomal protein S27a
h: ribosomal protein eL41
j: Receptor of activated protein C kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,234,81943
ポリマ－1,233,73838
非ポリマー1,0825
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 14Yj

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5B / eIF-5B / Translation initiation factor IF-2


分子量: 69868.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF5B, IF2, KIAA0741 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60841, protein-synthesizing GTPase
#4: タンパク質 Translation initiation factor eIF1A


分子量: 10384.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#27: タンパク質 Isoform 3 of 40S ribosomal protein S24 / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 14361.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS24 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#37: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34726.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RACK1, GNB2L1, HLC7, PIG21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 23

#2: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 534544.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 Human Met-tRNAiMet


分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 174924

-
Ribosomal protein ... , 12種, 13分子 BCNOPSTVadefh

#5: タンパク質 ribosomal protein uS2


分子量: 47843.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#16: タンパク質 ribosomal protein uS15


分子量: 16340.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#17: タンパク質 ribosomal protein eS12


分子量: 13347.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#18: タンパク質 ribosomal protein uS11


分子量: 14344.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#21: タンパク質 ribosomal protein eS17


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#22: タンパク質 ribosomal protein uS13


分子量: 16496.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#24: タンパク質 ribosomal protein uS10


分子量: 11508.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#29: タンパク質 ribosomal protein eS25


分子量: 8182.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#32: タンパク質 ribosomal protein eS28


分子量: 6451.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#33: タンパク質 ribosomal protein eS30


分子量: 5640.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#34: タンパク質 ribosomal protein uS14


分子量: 6502.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#36: タンパク質・ペプチド ribosomal protein eL41


分子量: 2683.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
40S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 DEFGHIJKLMQRUWXZbcg

#6: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 24091.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS2, RPS4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29164.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS4X, CCG2, RPS4, SCAR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 24970.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS3, OK/SW-cl.26 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 26157.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6, OK/SW-cl.2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 21187.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 23945.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS8, OK/SW-cl.83 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 21279.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 21327.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 17170.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 11616.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2R8Y7H1
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 13586.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS15, RIG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 15765.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 15409.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS19 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS15A, OK/SW-cl.82 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS23 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 8977.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9210.843 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27, MPS1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 11341.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS26 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S27a / Small ribosomal subunit protein eS31


分子量: 7623.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979

-
非ポリマー , 3種, 5分子

#38: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#39: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#40: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human 40S ribosomal subunit in complex with eIF1A and eIF5B
タイプ: CELL / Entity ID: #2-#30, #32-#33, #36-#37 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.2→237.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / SU B: 23.665 / SU ML: 0.345 / ESU R: 0.539
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.28181 --
obs0.28181 579558 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 131.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å21.04 Å20.57 Å2
2--0.36 Å2-0.75 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 80976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0030.01286105
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.01862050
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1091.531124527
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.0931.885144915
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.69955471
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg29.2920.1292402
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.662158758
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg13.29815466
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0480.212703
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0030.0269898
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.0218624
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.95914.40421995
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.95914.40321993
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it5.11721.61127429
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other5.11721.61127429
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.66213.85564110
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other2.66213.85564110
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other4.61720.75497099
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined7.667100934
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other7.667100935
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.484 42867 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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