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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tn9 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Inmazeb cocktail and resistance to escape against Ebola virus | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Ebola / antiviral / therapeutics / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス) Zaire (エボラウイルス) 1976 | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rayaprolu, V. / Fulton, B. / Rafique, A. / Arturo, E. / Williams, D. / Hariharan, C. / Callaway, H. / Parvate, A. / Schendel, S.L. / Parekh, D. ...Rayaprolu, V. / Fulton, B. / Rafique, A. / Arturo, E. / Williams, D. / Hariharan, C. / Callaway, H. / Parvate, A. / Schendel, S.L. / Parekh, D. / Hui, S. / Shaffer, K. / Pascal, K.E. / Wloga, E. / Giordano, S. / Copin, R. / Franklin, M. / Boytz, R.M. / Donahue, C. / Davey, R. / Baum, A. / Kyratsous, C.A. / Saphire, E.O. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: Structure of the Inmazeb cocktail and resistance to Ebola virus escape. 著者: Vamseedhar Rayaprolu / Benjamin O Fulton / Ashique Rafique / Emilia Arturo / Dewight Williams / Chitra Hariharan / Heather Callaway / Amar Parvate / Sharon L Schendel / Diptiben Parekh / Sean ...著者: Vamseedhar Rayaprolu / Benjamin O Fulton / Ashique Rafique / Emilia Arturo / Dewight Williams / Chitra Hariharan / Heather Callaway / Amar Parvate / Sharon L Schendel / Diptiben Parekh / Sean Hui / Kelly Shaffer / Kristen E Pascal / Elzbieta Wloga / Stephanie Giordano / Nicole Negron / Min Ni / Richard Copin / Gurinder S Atwal / Matthew Franklin / Ruth Mabel Boytz / Callie Donahue / Robert Davey / Alina Baum / Christos A Kyratsous / Erica Ollmann Saphire / 要旨: Monoclonal antibodies can provide important pre- or post-exposure protection against infectious disease for those not yet vaccinated or in individuals that fail to mount a protective immune response ...Monoclonal antibodies can provide important pre- or post-exposure protection against infectious disease for those not yet vaccinated or in individuals that fail to mount a protective immune response after vaccination. Inmazeb (REGN-EB3), a three-antibody cocktail against Ebola virus, lessened disease and improved survival in a controlled trial. Here, we present the cryo-EM structure at 3.1 Å of the Ebola virus glycoprotein, determined without symmetry averaging, in a simultaneous complex with the antibodies in the Inmazeb cocktail. This structure allows the modeling of previously disordered portions of the glycoprotein glycan cap, maps the non-overlapping epitopes of Inmazeb, and illuminates the basis for complementary activities and residues critical for resistance to escape by these and other clinically relevant antibodies. We further provide direct evidence that Inmazeb protects against the rapid emergence of escape mutants, whereas monotherapies even against conserved epitopes do not, supporting the benefit of a cocktail versus a monotherapy approach. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tn9.cif.gz | 526.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tn9.ent.gz | 420.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tn9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tn9_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tn9_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tn9_validation.xml.gz | 102 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tn9_validation.cif.gz | 154.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tn9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26005MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 TSUWVX
#2: タンパク質 | 分子量: 35605.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q05320 #5: タンパク質 | 分子量: 15795.782 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) 株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q05320 |
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-抗体 , 6種, 16分子 ACERNPFBDQMOGIHJ
#1: 抗体 | 分子量: 23020.711 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 23228.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #4: 抗体 | 分子量: 24172.803 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #6: 抗体 | 分子量: 22856.572 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #7: 抗体 | 分子量: 23187.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #8: 抗体 | 分子量: 23474.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
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-糖 , 2種, 11分子
#9: 多糖 | #10: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 52.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6360 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3154 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 276715 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5JQ3 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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