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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7til | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of JetD from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
要素 | JetD | |||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Wadjet / Bacterial defense systems / JetD / Anti-plasmid defense system / EptD / MksG / Toprim domain / Nuclease / Topoisomerase | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterised conserved protein UCP028408 / Wadjet protein JetD, C-terminal / Domain of unknown function DUF3322 / Wadjet protein JetD, C-terminal / Uncharacterized protein conserved in bacteria N-term (DUF3322) / DUF3322 and DUF2220 domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Deep, A. / Gu, Y. / Gao, Y. / Ego, K. / Herzik, M. / Zhou, H. / Corbett, K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: The SMC-family Wadjet complex protects bacteria from plasmid transformation by recognition and cleavage of closed-circular DNA. 著者: Amar Deep / Yajie Gu / Yong-Qi Gao / Kaori M Ego / Mark A Herzik / Huilin Zhou / Kevin D Corbett / 要旨: Self versus non-self discrimination is a key element of innate and adaptive immunity across life. In bacteria, CRISPR-Cas and restriction-modification systems recognize non-self nucleic acids through ...Self versus non-self discrimination is a key element of innate and adaptive immunity across life. In bacteria, CRISPR-Cas and restriction-modification systems recognize non-self nucleic acids through their sequence and their methylation state, respectively. Here, we show that the Wadjet defense system recognizes DNA topology to protect its host against plasmid transformation. By combining cryoelectron microscopy with cross-linking mass spectrometry, we show that Wadjet forms a complex similar to the bacterial condensin complex MukBEF, with a novel nuclease subunit similar to a type II DNA topoisomerase. Wadjet specifically cleaves closed-circular DNA in a reaction requiring ATP hydrolysis by the structural maintenance of chromosome (SMC) ATPase subunit JetC, suggesting that the complex could use DNA loop extrusion to sense its substrate's topology, then specifically activate the nuclease subunit JetD to cleave plasmid DNA. Overall, our data reveal how bacteria have co-opted a DNA maintenance machine to specifically recognize and destroy foreign DNAs through topology sensing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7til.cif.gz | 137 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7til.ent.gz | 106.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7til.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7til_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7til_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7til_validation.xml.gz | 43.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7til_validation.cif.gz | 62.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7til ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7til | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45132.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Pseudomonas aeruginosa PA14 JetD protein with N-terminal TEV cleavable 6XHis tag. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_03285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2ZM47 配列の詳細 | Pseudomonas aeruginosa PA14 JetD protein with N-terminal TEV cleavable 6XHis tag. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: JetD / タイプ: COMPLEX / 詳細: A Pseudomonas aeruginosa protein. / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 85.6 kDa/nm / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Prepared using deionized water and filtered strelized. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 62 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.3.1 / カテゴリ: CTF補正 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51336 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |