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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t8t | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of PLCg1 | ||||||
要素 | 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma | ||||||
キーワード | HYDROLASE / 1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 cryo EM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoinositide phospholipase C / phospholipid catabolic process / phosphatidylinositol phospholipase C activity / positive regulation of epithelial cell migration / phosphatidylinositol-mediated signaling / release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | ||||||
データ登録者 | Endo-Streeter, S. / Sondek, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of PLCg1 著者: Endo-Streeter, S. / Sondek, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t8t.cif.gz | 381.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t8t.ent.gz | 301.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t8t_validation.pdf.gz | 818 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t8t_full_validation.pdf.gz | 822.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7t8t_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t8t_validation.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25745MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138185.391 Da / 分子数: 1 / 変異: H335A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Plcg1, rCG_32419 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G3V845, phosphoinositide phospholipase C |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4450 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 238458 / クラス平均像の数: 13 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 135.93 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC fit and model metrics | |||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6PBC PDB chain-ID: A / Accession code: 6PBC / Pdb chain residue range: 21-1215 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 135.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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