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万見
- EMDB-25745: CryoEM structure of PLCg1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25745
タイトルCryoEM structure of PLCg1
マップデータ
試料
  • 複合体: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワード1-phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1 cryo EM / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoinositide phospholipase C / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phospholipid catabolic process / intracellular signal transduction / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / PLCG EF-hand motif 1 / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1, SH3 domain / PLCG EF-hand motif 1 / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase gamma / PLC-gamma, C-terminal SH2 domain / PLC-gamma, N-terminal SH2 domain / PLCG EF-hand motif 2 / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Endo-Streeter S / Sondek J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM057391 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of PLCg1
著者: Endo-Streeter S / Sondek J
履歴
登録2021年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25745.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.91 Å/pix.
x 280 pix.
= 254.8 Å		0.91 Å/pix.
x 280 pix.
= 254.8 Å		0.91 Å/pix.
x 280 pix.
= 254.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.91 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.35502547 - 0.66968733
平均 (標準偏差)-0.000033381737 (±0.015356888)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 254.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

全体名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
要素
  • 複合体: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
    • タンパク質・ペプチド: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1

超分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma

分子名称: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphoinositide phospholipase C
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 138.185391 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AEVLHLCRSL EVGTVMTLFY SKKSQRPERK TFQVKLETRQ ITWSRGADKI EGSIDIREIK EIRPGKTSRD FDRYQEDPAF RPDQSHCFV ILYGMEFRLK TLSLQATSED EVNMWIKGLT WLMEDTLQAA TPLQIERWLR KQFYSVDRNR EDRISAKDLK N MLSQVNYR ...文字列:
AEVLHLCRSL EVGTVMTLFY SKKSQRPERK TFQVKLETRQ ITWSRGADKI EGSIDIREIK EIRPGKTSRD FDRYQEDPAF RPDQSHCFV ILYGMEFRLK TLSLQATSED EVNMWIKGLT WLMEDTLQAA TPLQIERWLR KQFYSVDRNR EDRISAKDLK N MLSQVNYR VPNMRFLRER LTDLEQRSGD ITYGQFAQLY RSLMYSAQKT MDLPFLETNT LRTGERPELC QVSLSEFQQF LL EYQGELW AVDRLQVQEF MLSFLRDPLR EIEEPYFFLD ELVTFLFSKE NSVWNSQLDA VCPETMNNPL SHYWISSSAN TYL TGDQFS SESSLEAYAR CLRMGCRCIE LDCWDGPDGM PVIYHGHTLT TKIKFSDVLH TIKEHAFVAS EYPVILSIED HCSI AQQRN MAQHFRKVLG DTLLTKPVDI AADGLPSPNQ LKRKILIKHK KLAEGSAYEE VPTSVMYSEN DISNSIKNGI LYLED PVNH EWYPHYFVLT SSKIYYSEET SSDQGNEDEE EPKEASGSTE LHSSEKWFHG KLGAGRDGRH IAERLLTEYC IETGAP DGS FLVRESETFV GDYTLSFWRN GKVQHCRIHS RQDAGTPKFF LTDNLVFDSL YDLITHYQQV PLRCNEFEMR LSEPVPQ TN AHESKEWYHA SLTRAQAEHM LMRVPRDGAF LVRKRNEPNS YAISFRAEGK IKHCRVQQEG QTVMLGNSEF DSLVDLIS Y YEKHPLYRKM KLRYPINEEA LEKIGTAEPD YGALYEGRNP GFYVEANPMP TFKCAVKALF DYKAQREDEL TFTKSAIIQ NVEKQDGGWW RGDYGGKKQL WFPSNYVEEM INPAILEPER EHLDENSPLG DLLRGVLDVP ACQIAIRPEG KNNRLFVFSI SMPSVAQWS LDVAADSQEE LQDWVKKIRE VAQTADARLT EGKMMERRKK IALELSELVV YCRPVPFDEE KIGTERACYR D MSSFPETK AEKYVNKAKG KKFLQYNRLQ LSRIYPKGQR LDSSNYDPLP MWICGSQLVA LNFQTPDKPM QMNQALFMAG GH CGYVLQP STMRDEAFDP FDKSSLRGLE PCVICIEVLG ARHLPKNGRG IVCPFVEIEV AGAEYDSTKQ KTEFVVDNGL NPV WPAKPF HFQISNPEFA FLRFVVYEED MFSDQNFLAQ ATFPVKGLKT GYRAVPLKNN YSEDLELASL LIKIDIFPAK

UniProtKB: 1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase gamma

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaClNaCl
10.0 mMMgCl2MgCl2
2.0 mMC4H10O2S2DTT
0.15 mMC24H46O11n-Dodecyl-B-D-Maltoside
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4450 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 13 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 238458
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6pbc


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 21-1215 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 135.93 / 当てはまり具合の基準: CC fit and model metrics
得られたモデル

PDB-7t8t:
CryoEM structure of PLCg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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