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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t6x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009, and IGH505 Fabs | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / hepatitis C virus / E1E2 / viral protein-immune system complex / antibody-antigen complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope / virion membrane ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / lipid droplet / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope / virion membrane / structural molecule activity / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | ||||||
![]() | Torrents de la Pena, A. / Ward, A.B. / Eshun-Wilson, L. / Lander, G.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the hepatitis C virus E1E2 glycoprotein complex. 著者: Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Lisa Eshun-Wilson / Maddy L Newby / Joel D Allen / Ian Zon / Sylvie Koekkoek / Ana Chumbe / Max Crispin / Janke Schinkel / Gabriel C Lander / ...著者: Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Lisa Eshun-Wilson / Maddy L Newby / Joel D Allen / Ian Zon / Sylvie Koekkoek / Ana Chumbe / Max Crispin / Janke Schinkel / Gabriel C Lander / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / ![]() ![]() ![]() 要旨: Hepatitis C virus (HCV) infection is a leading cause of chronic liver disease, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma in humans and afflicts more than 58 million people worldwide. The HCV envelope ...Hepatitis C virus (HCV) infection is a leading cause of chronic liver disease, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma in humans and afflicts more than 58 million people worldwide. The HCV envelope E1 and E2 glycoproteins are essential for viral entry and comprise the primary antigenic target for neutralizing antibody responses. The molecular mechanisms of E1E2 assembly, as well as how the E1E2 heterodimer binds broadly neutralizing antibodies, remain elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the membrane-extracted full-length E1E2 heterodimer in complex with three broadly neutralizing antibodies-AR4A, AT1209, and IGH505-at ~3.5-angstrom resolution. We resolve the interface between the E1 and E2 ectodomains and deliver a blueprint for the rational design of vaccine immunogens and antiviral drugs. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 265.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 201.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 75.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25730MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 UE
#1: タンパク質 | 分子量: 40156.699 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 216-578 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 20956.279 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-抗体 , 6種, 6分子 HLABDC
#2: 抗体 | 分子量: 29808.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 25290.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#4: 抗体 | 分子量: 52277.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#5: 抗体 | 分子量: 24974.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 24014.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: 抗体 | 分子量: 29151.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 5種, 15分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#9: 多糖 | #10: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #11: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #12: 多糖 | #13: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: cryoEM structure of full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein in complex with AR4A, AT12009 and IGH505 Fabs タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer, pH 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Full-length hepatitis C virus E1E2 glycoprotein complexed with AR4A, AT12009, and IGH505 Fabs and embedded in peptidiscs is diluted in TBS to a final concentration of 0.8 mg/ml. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 40 K 詳細: Blotting time: 5 s; Blotting force: 0; Waiting time: 7 s |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 倍率(補正後): 43478 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1120 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5121 詳細: images were collected at 250 ms per frame. 36 frames were collected. |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2017845 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48546 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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