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- EMDB-27578: nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein in complex with monoclonal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27578
タイトルnsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein in complex with monoclonal antibody AR4A
マップデータnsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein complexed with monoclonal antibody AR4A
試料
  • 複合体: nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein (Hepatitis C) in complex with AR4A Fab
キーワードHepatitis C virus / viral glycoprotein / antibody / complex / VIRAL PROTEIN
生物種Hepacivirus C (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Torrents de la Pena A / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-008352 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the hepatitis C virus E1E2 glycoprotein complex.
著者: Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Lisa Eshun-Wilson / Maddy L Newby / Joel D Allen / Ian Zon / Sylvie Koekkoek / Ana Chumbe / Max Crispin / Janke Schinkel / Gabriel C Lander / ...著者: Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Lisa Eshun-Wilson / Maddy L Newby / Joel D Allen / Ian Zon / Sylvie Koekkoek / Ana Chumbe / Max Crispin / Janke Schinkel / Gabriel C Lander / Rogier W Sanders / Andrew B Ward /
要旨: Hepatitis C virus (HCV) infection is a leading cause of chronic liver disease, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma in humans and afflicts more than 58 million people worldwide. The HCV envelope ...Hepatitis C virus (HCV) infection is a leading cause of chronic liver disease, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma in humans and afflicts more than 58 million people worldwide. The HCV envelope E1 and E2 glycoproteins are essential for viral entry and comprise the primary antigenic target for neutralizing antibody responses. The molecular mechanisms of E1E2 assembly, as well as how the E1E2 heterodimer binds broadly neutralizing antibodies, remain elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the membrane-extracted full-length E1E2 heterodimer in complex with three broadly neutralizing antibodies-AR4A, AT1209, and IGH505-at ~3.5-angstrom resolution. We resolve the interface between the E1 and E2 ectodomains and deliver a blueprint for the rational design of vaccine immunogens and antiviral drugs.
履歴
登録2022年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月2日-
マップ公開2022年11月2日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27578.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein complexed with monoclonal antibody AR4A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å		2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å		2.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 527.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.7
最小 - 最大-0.3757708 - 4.744189
平均 (標準偏差)-0.009025093 (±0.22434647)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 527.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: nsEM half map of E1E2 AMS0232 glycoprotein complexed...

ファイルemd_27578_half_map_1.map
注釈nsEM half map of E1E2 AMS0232 glycoprotein complexed with monoclonal antibody AR4A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: nsEM half map of E1E2 AMS0232 glycoprotein complexed...

ファイルemd_27578_half_map_2.map
注釈nsEM half map of E1E2 AMS0232 glycoprotein complexed with monoclonal antibody AR4A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein (Hepatitis C) in complex wi...

全体名称: nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein (Hepatitis C) in complex with AR4A Fab
要素
  • 複合体: nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein (Hepatitis C) in complex with AR4A Fab

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超分子 #1: nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein (Hepatitis C) in complex wi...

超分子名称: nsEM map of E1E2 AMS0232 glycoprotein (Hepatitis C) in complex with AR4A Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Fab fragment generated by cleavage of IgG antibody by papain
由来(天然)生物種: Hepacivirus C (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.018 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
詳細E1E2 viral glycoprotein was complexed with AR4A Fab in a ratio of 1:3 (E1E2:Fab)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 378
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 3340
初期 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Bayesian polishing
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 詳細: Bayesian polishing
最終 3次元分類クラス数: 3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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