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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t4q | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with neutralizing fabs 2C12, 7I13 and 13H11 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/Immune System / Human Cytomegalovirus / glycoprotein complex / antibody complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endosome / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
![]() | Kschonsak, M. / Johnson, M.C. / Schelling, R. / Green, E.M. / Rouge, L. / Ho, H. / Patel, N. / Kilic, C. / Kraft, E. / Arthur, C.P. ...Kschonsak, M. / Johnson, M.C. / Schelling, R. / Green, E.M. / Rouge, L. / Ho, H. / Patel, N. / Kilic, C. / Kraft, E. / Arthur, C.P. / Rohou, A.L. / Comps-Agrar, L. / Martinez-Martin, N. / Perez, L. / Payandeh, J. / Ciferri, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer receptor recognition and antibody neutralization. 著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia ...著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia Comps-Agrar / Nadia Martinez-Martin / Laurent Perez / Jian Payandeh / Claudio Ciferri / ![]() ![]() 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial ...Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial and endothelial cells. Upon infection, Pentamer elicits the most potent neutralizing response against HCMV, representing a key vaccine candidate. Despite its relevance, the structural basis for Pentamer receptor recognition and antibody neutralization is largely unknown. Here, we determine the structures of Pentamer bound to neuropilin 2 (NRP2) and a set of potent neutralizing antibodies against HCMV. Moreover, we identify thrombomodulin (THBD) as a functional HCMV receptor and determine the structures of the Pentamer-THBD complex. Unexpectedly, both NRP2 and THBD also promote dimerization of Pentamer. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, cell entry, antibody neutralization, and outline strategies for antiviral therapies against HCMV. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 368.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 294.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 875.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 887 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 54.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25685MC ![]() 7t4rC ![]() 7t4sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Envelope glycoprotein ... , 3種, 3分子 ABD
#1: タンパク質 | 分子量: 87311.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL75, gH / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30846.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL115, gL / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 28866.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL130 / 発現宿主: ![]() |
-Envelope protein ... , 2種, 2分子 CE
#3: タンパク質 | 分子量: 19746.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL128 / 発現宿主: ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 15011.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL131A, HHV5wtgp112 / 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 6種, 6分子 FGHIJK
#6: 抗体 | 分子量: 27001.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#7: 抗体 | 分子量: 25594.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#8: 抗体 | 分子量: 25844.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#9: 抗体 | 分子量: 27046.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#10: 抗体 | 分子量: 26600.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#11: 抗体 | 分子量: 25780.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 1種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#12: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to fabs of human neutralizing antibodies 2C12, 7I13 and 13H11 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.32 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.77 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse. | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: The grid was incubated with a thiol reactive self-assembling reaction mixture of 4mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol, (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, ...詳細: The grid was incubated with a thiol reactive self-assembling reaction mixture of 4mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethyleneglycol, (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, Inc., Bozeman, MT)[23]. Grids were incubated with this self-assembled, monolayer (SAM) solution for 24 hours. Prior to grid freezing, grids were removed from the SAM solution and rinsed with EtOH. グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot for 3.5s before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18326 詳細: Images were collected in movie-mode at 5 frames/second. |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Movie frames were corrected for motion and aligned. Images with a CTF fit resolution of 8.0 A or better were selected for particle picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 5128264 / 詳細: template-matching particle picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4792984 詳細: A composite map was generated from the three individual focused 3D maps using phenix combine_focused_maps クラス平均像の数: 39 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5VOB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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