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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7swx | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike in complex with neutralizing Fab SARS2-57 (three down conformation) | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Glycoprotein / Antibody / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å | |||||||||
データ登録者 | Adams, L.J. / Fremont, D.H. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A protective antibody targeting the N-terminal domain of SARS-CoV-2 spike recognizes most emerging variants 著者: Adams, L.J. / VanBlargan, L.A. / Liu, Z. / Gilchuk, P. / Zhao, H. / Chen, R.E. / Raju, S. / Whitener, B. / Shrihari, S. / Jethva, P.N. / Gross, M.L. / Crowe, J.E. / Whelan, S.P.J. / Diamond, M.S. / Fremont, D.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7swx.cif.gz | 702.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7swx.ent.gz | 578.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7swx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7swx_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7swx_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7swx_validation.xml.gz | 90.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7swx_validation.cif.gz | 142.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/7swx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/7swx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25488MC 7swwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 125519.125 Da / 分子数: 3 / 変異: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | | 分子量: 12955.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | | 分子量: 12383.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 spike bound by SARS2-57 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 66.9 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_4379: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 241481 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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