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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7slq | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 7SK core RNP with circular RNA | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / non-coding RNA / La-related protein / methylphosphate capping enzyme / transcription regulation / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing ...RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / RNA methyltransferase activity / RNA methylation / negative regulation of viral transcription / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / O-methyltransferase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U6 snRNA binding / RNA splicing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Yang, Y. / Liu, S. / Zhou, Z.H. / Feigon, J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis of RNA conformational switching in the transcriptional regulator 7SK RNP. 著者: Yuan Yang / Shiheng Liu / Sylvain Egloff / Catherine D Eichhorn / Tanya Hadjian / James Zhen / Tamás Kiss / Z Hong Zhou / Juli Feigon / 要旨: 7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is ...7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is hijacked by HIV-1 for viral transcription and replication. Methylphosphate capping enzyme (MePCE) and La-related protein 7 (Larp7) constitutively associate with 7SK to form a core RNP, while P-TEFb and other proteins dynamically assemble to form different complexes. Here, we present the cryo-EM structures of 7SK core RNP formed with two 7SK conformations, circular and linear, and uncover a common RNA-dependent MePCE-Larp7 complex. Together with NMR, biochemical, and cellular data, these structures reveal the mechanism of MePCE catalytic inactivation in the core RNP, unexpected interactions between Larp7 and RNA that facilitate a role as an RNP chaperone, and that MePCE-7SK-Larp7 core RNP serves as a scaffold for switching between different 7SK conformations essential for RNP assembly and regulation of P-TEFb sequestration and release. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7slq.cif.gz | 144.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7slq.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7slq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7slq_validation.pdf.gz | 955.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7slq_full_validation.pdf.gz | 962.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7slq_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7slq_validation.cif.gz | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/7slq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/7slq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25198MC 7slpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35122.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEPCE, BCDIN3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7L2J0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55109.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP7, HDCMA18P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4G0J3 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 21032.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2926: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 294504 / 対称性のタイプ: POINT |