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- EMDB-25198: Cryo-EM structure of 7SK core RNP with circular RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25198
タイトルCryo-EM structure of 7SK core RNP with circular RNA
マップデータ7SK core RNP with circular RNA
試料
  • 複合体: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA
    • 複合体: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7
      • タンパク質・ペプチド: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
      • タンパク質・ペプチド: La-related protein 7
    • 複合体: RNA
      • RNA: Minimal circular 7SK RNA
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
キーワードnon-coding RNA / La-related protein / methylphosphate capping enzyme / transcription regulation / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / snRNA binding / RNA methylation ...RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / snRNA binding / RNA methylation / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / RNA methyltransferase activity / negative regulation of viral transcription / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / O-methyltransferase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U6 snRNA binding / RNA splicing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA methyltransferase bin3, C-terminal / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine binding domain / RNA methyltransferase Bin3-like / Bicoid-interacting protein 3 (Bin3) / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine (SAM) domain profile. / RNA binding motif / Lupus La protein ...LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA methyltransferase bin3, C-terminal / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine binding domain / RNA methyltransferase Bin3-like / Bicoid-interacting protein 3 (Bin3) / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine (SAM) domain profile. / RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
La-related protein 7 / 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yang Y / Liu S
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131901 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI155170 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
American Heart Association20POST35210850 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis of RNA conformational switching in the transcriptional regulator 7SK RNP.
著者: Yuan Yang / Shiheng Liu / Sylvain Egloff / Catherine D Eichhorn / Tanya Hadjian / James Zhen / Tamás Kiss / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: 7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is ...7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is hijacked by HIV-1 for viral transcription and replication. Methylphosphate capping enzyme (MePCE) and La-related protein 7 (Larp7) constitutively associate with 7SK to form a core RNP, while P-TEFb and other proteins dynamically assemble to form different complexes. Here, we present the cryo-EM structures of 7SK core RNP formed with two 7SK conformations, circular and linear, and uncover a common RNA-dependent MePCE-Larp7 complex. Together with NMR, biochemical, and cellular data, these structures reveal the mechanism of MePCE catalytic inactivation in the core RNP, unexpected interactions between Larp7 and RNA that facilitate a role as an RNP chaperone, and that MePCE-7SK-Larp7 core RNP serves as a scaffold for switching between different 7SK conformations essential for RNP assembly and regulation of P-TEFb sequestration and release.
履歴
登録2021年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25198.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈7SK core RNP with circular RNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.15056393 - 0.22277316
平均 (標準偏差)0.000028287692 (±0.004668345)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA

全体名称: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA
要素
  • 複合体: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA
    • 複合体: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7
      • タンパク質・ペプチド: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
      • タンパク質・ペプチド: La-related protein 7
    • 複合体: RNA
      • RNA: Minimal circular 7SK RNA
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

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超分子 #1: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA

超分子名称: 7SK circular core RNP with MePCE, Larp7 and circular 7SK RNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7

超分子名称: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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分子 #1: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

分子名称: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.122797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSP LPAAGFKKQQ RKFQYGNYCK YYGYRNPSCE DGRLRVLKPE WFRGRDVLDL GCNVGHLTLS IACKWGPSR MVGLDIDSRL IHSARQNIRH YLSEELRLPP QTLEGDPGAE GEEGTTTVRK RSCFPASLTA SRGPIAAPQV P LDGADTSV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSP LPAAGFKKQQ RKFQYGNYCK YYGYRNPSCE DGRLRVLKPE WFRGRDVLDL GCNVGHLTLS IACKWGPSR MVGLDIDSRL IHSARQNIRH YLSEELRLPP QTLEGDPGAE GEEGTTTVRK RSCFPASLTA SRGPIAAPQV P LDGADTSV FPNNVVFVTG NYVLDRDDLV EAQTPEYDVV LCLSLTKWVH LNWGDEGLKR MFRRIYRHLR PGGILVLEPQ PW SSYGKRK TLTETIYKNY YRIQLKPEQF SSYLTSPDVG FSSYELVATP HNTSKGFQRP VYLFHKARSP SH

UniProtKB: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme

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分子 #2: La-related protein 7

分子名称: La-related protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.109129 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GMETESGNQE KVMEEESTEK KKEVEKKKRS RVKQVLADIA KQVDFWFGDA NLHKDRFLRE QIEKSRDGYV DISLLVSFNK MKKLTTDGK LIARALRSSA VVELDLEGTR IRRKKPLGER PKDEDERTVY VELLPKNVNH SWIERVFGKC GNVVYISIPH Y KSTGDPKG ...文字列:
GMETESGNQE KVMEEESTEK KKEVEKKKRS RVKQVLADIA KQVDFWFGDA NLHKDRFLRE QIEKSRDGYV DISLLVSFNK MKKLTTDGK LIARALRSSA VVELDLEGTR IRRKKPLGER PKDEDERTVY VELLPKNVNH SWIERVFGKC GNVVYISIPH Y KSTGDPKG FAFVEFETKE QAAKAIEFLN NPPEEAPRKP GIFPKTVKNK PIPALRVVEE KKKKKKKKGR MKKEDNIQAK EE NMDTSNT SISKMKRSRP TSEGSDIEST GEEVIPLRVL SKSEWMDLKK EYLALQKASM ASLKKTISQI KSESEMETDS GVP QNTGMK NEKTANREEC RTQEKVNATG PQFVSGVIVK IISTEPLPGR KQVRDTLAAI SEVLYVDLLE GDTECHARFK TPED AQAVI NAYTEINKKH CWKLEILSGD HEQRYWQKIL VDRQAKLNQP REKKRGTEKL ITKAEKIRLA KTQQASKHIR FSEYD

UniProtKB: La-related protein 7

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分子 #3: Minimal circular 7SK RNA

分子名称: Minimal circular 7SK RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.032305 KDa
配列文字列:
(G5J)GAUGUGAGG CUUCGGCCAG ACACAUCCAA AUGAGGCGCU GCAUGUGGCA GUCUGCCUUU CUUUU

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分子 #4: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.00933 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 294504
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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