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- PDB-7slp: Cryo-EM structure of 7SK core RNP with linear RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7slp
タイトルCryo-EM structure of 7SK core RNP with linear RNA
要素
  • 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
  • La-related protein 7
  • Linear 7SK RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / non-coding RNA / La-related protein / methylphosphate capping enzyme / transcription regulation / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / snRNA binding / RNA methylation ...RNA 5'-gamma-phosphate methyltransferase activity / U6 2'-O-snRNA methylation / snRNA metabolic process / snRNA modification / 7SK snRNP / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / 7SK snRNA binding / positive regulation of protein localization to Cajal body / snRNA binding / RNA methylation / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / RNA methyltransferase activity / negative regulation of viral transcription / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / O-methyltransferase activity / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U6 snRNA binding / RNA splicing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA processing / spermatogenesis / cell differentiation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA methyltransferase bin3, C-terminal / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine binding domain / RNA methyltransferase Bin3-like / Bicoid-interacting protein 3 (Bin3) / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine (SAM) domain profile. / RNA binding motif / Lupus La protein ...LARP7, RNA recognition motif 1 / LARP7, RNA recognition motif 2 / La-related protein 7, La domain / RNA methyltransferase bin3, C-terminal / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine binding domain / RNA methyltransferase Bin3-like / Bicoid-interacting protein 3 (Bin3) / Bin3-type S-adenosyl-L-methionine (SAM) domain profile. / RNA binding motif / Lupus La protein / La protein, xRRM domain / xRRM domain profile. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / La-related protein 7 / 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Yang, Y. / Liu, S. / Zhou, Z.H. / Feigon, J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131901 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI155170 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
American Heart Association20POST35210850 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis of RNA conformational switching in the transcriptional regulator 7SK RNP.
著者: Yuan Yang / Shiheng Liu / Sylvain Egloff / Catherine D Eichhorn / Tanya Hadjian / James Zhen / Tamás Kiss / Z Hong Zhou / Juli Feigon /
要旨: 7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is ...7SK non-coding RNA (7SK) negatively regulates RNA polymerase II (RNA Pol II) elongation by inhibiting positive transcription elongation factor b (P-TEFb), and its ribonucleoprotein complex (RNP) is hijacked by HIV-1 for viral transcription and replication. Methylphosphate capping enzyme (MePCE) and La-related protein 7 (Larp7) constitutively associate with 7SK to form a core RNP, while P-TEFb and other proteins dynamically assemble to form different complexes. Here, we present the cryo-EM structures of 7SK core RNP formed with two 7SK conformations, circular and linear, and uncover a common RNA-dependent MePCE-Larp7 complex. Together with NMR, biochemical, and cellular data, these structures reveal the mechanism of MePCE catalytic inactivation in the core RNP, unexpected interactions between Larp7 and RNA that facilitate a role as an RNP chaperone, and that MePCE-7SK-Larp7 core RNP serves as a scaffold for switching between different 7SK conformations essential for RNP assembly and regulation of P-TEFb sequestration and release.
履歴
登録2021年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年3月30日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年3月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42025年5月21日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / em_admin ...chem_comp / em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme
B: La-related protein 7
R: Linear 7SK RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7134
ポリマ－116,3283
非ポリマー3841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 7SK snRNA methylphosphate capping enzyme / MePCE / Bicoid-interacting protein 3 homolog / Bin3 homolog


分子量: 35122.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEPCE, BCDIN3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7L2J0, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 La-related protein 7 / La ribonucleoprotein domain family member 7 / hLARP7 / P-TEFb-interaction protein for 7SK stability / PIP7S


分子量: 55109.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP7, HDCMA18P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4G0J3
#3: RNA鎖 Linear 7SK RNA


分子量: 26096.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
17SK linear core RNP with MePCE,Larp7 and linear 7SK RNACOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
27SK snRNA methylphosphate capping enzyme, La-related protein 7COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#31SYNTHETIC
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc3_3805: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 159349 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0085372
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.167450
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.7741071
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06867
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.009809

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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