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- PDB-7skx: Ab initio structure of proteinase K from electron-counted MicroED data -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7skx
タイトルAb initio structure of proteinase K from electron-counted MicroED data
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I3C / Proteinase K
類似検索 - 構成要素
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Martynowycz, M.W. / Clabbers, M.T.B. / Hattne, J. / Gonen, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022
タイトル: Ab initio phasing macromolecular structures using electron-counted MicroED data.
著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Hattne / Tamir Gonen /
要旨: Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals ...Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals were identified using a scanning electron microscope (SEM) and thinned with a focused ion beam (FIB) to produce crystalline lamellae of ideal thickness. Continuous-rotation data were collected using an ultra-low exposure rate to enable electron counting in diffraction. For the first sample, triclinic lysozyme extending to a resolution of 0.87 Å, an ideal helical fragment of only three alanine residues provided initial phases. These phases were improved using density modification, allowing the entire atomic structure to be built automatically. A similar approach was successful on a second macromolecular sample, proteinase K, which is much larger and diffracted to a resolution of 1.5 Å. These results demonstrate that macromolecules can be determined to sub-ångström resolution by MicroED and that ab initio phasing can be successfully applied to counting data.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2498
ポリマ－28,9311
非ポリマー1,3187
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.080, 67.080, 106.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-460-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 化合物 ChemComp-I3C / 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid / 5-Amino-2,4,6-triiodoisophthalic acid / 5-アミノ-2,4,6-トリヨ-ドイソフタル酸


分子量: 558.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4I3NO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.028 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Milled microcrystals
試料支持詳細: NEGATIVE / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 0.001 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 840 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1
詳細: 0.15 degrees per second, 0.5 second readout, 30 to -30 degrees
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1738 mm / Tilt angle list: -30,30
EM回折 シェル解像度: 1.53→1.5 Å / フーリエ空間範囲: 89.3 % / 多重度: 8.9 / 構造因子数: 1758 / 位相残差: 30 °
EM回折 統計詳細: Phases were determined by placing 4 ideal helix fragments. These were extended by chain tracing and density modifications.
フーリエ空間範囲: 98.87 % / 再高解像度: 1.5 Å / 測定した強度の数: 416133 / 構造因子数: 39303 / 位相誤差: 20 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 0.277 / Rsym: 0.087

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020-24-08
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
8REFMACモデル精密化
12AIMLESScrystallography merging
13REFMAC３次元再構成
画像処理詳細: Binned by 2.
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.08 Å / B: 67.08 Å / C: 106.78 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 14.137 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood
精密化解像度: 1.5→43.386 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.529 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.078 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2046 2001 5.091 %Random
Rwork0.1495 37302 --
all0.152 ---
obs-39303 98.848 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---0.939 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2029 0 37 234 2300
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0160.0132102
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0010.0181858
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.6911.6372862
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg1.7211.5774266
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg6.7585278
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg34.94121.89595
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg12.28615299
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg21.8371512
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0830.2279
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0090.022497
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0010.02499
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.2210.2554
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_other0.2020.22047
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.1870.21155
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbtor_other0.090.21002
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2218
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0980.21
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_metal_ion_refined0.0390.24
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.3330.220
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other0.2390.242
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.4050.217
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_other0.1270.22
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it1.8771.1631115
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other1.8581.161114
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it2.351.7531392
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other2.351.7571393
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it3.6241.701987
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other3.5891.683981
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it4.4932.3981470
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other4.4912.3991471
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it5.13717.2642729
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_other4.91916.6342661
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_rigid_bond_restr2.67933960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.3231560.3312501ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY92.4817
1.539-1.5810.3291270.282673ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4318
1.581-1.6270.3031410.2382595ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.7085
1.627-1.6770.2841200.2262538ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.476
1.677-1.7320.2541410.1922413ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4161
1.732-1.7930.251240.1732360ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4794
1.793-1.8610.2371340.1542295ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4269
1.861-1.9370.2221220.1332187ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.483
1.937-2.0230.2061140.1272120ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.51
2.023-2.1210.1961100.1182034ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4896
2.121-2.2360.165900.1061950ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4637
2.236-2.3720.195890.1141847ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.1295
2.372-2.5350.189910.1181720ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.3963
2.535-2.7380.215840.1171627ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.4189
2.738-2.9990.174890.1231492ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.1844
2.999-3.3530.165750.1291370ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.381
3.353-3.8710.15600.131208ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.9852
3.871-4.740.136710.1291039ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98.9305
4.74-6.6960.159430.138834ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99.2081
6.696-43.380.374200.27499ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY96.8284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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