PDB-7skw: Ab initio structure of triclinic lysozyme from electron-counted M...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7skw

タイトル

Ab initio structure of triclinic lysozyme from electron-counted MicroED data

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 0.87 Å

データ登録者

Martynowycz, M.W. / Clabbers, M.T.B. / Hattne, J. / Gonen, T.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022
タイトル: Ab initio phasing macromolecular structures using electron-counted MicroED data.
著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Hattne / Tamir Gonen /

要旨: Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals ...

履歴

登録	2021年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7skw.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7skw.ent.gz	79.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7skw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7skw_validation.pdf.gz	374.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7skw_full_validation.pdf.gz	375.1 KB	表示
XML形式データ	7skw_validation.xml.gz	4.1 KB	表示
CIF形式データ	7skw_validation.cif.gz	7.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/7skw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	25184MC 25185C 7skxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.420, 30.720, 33.010
Angle α, β, γ (deg.)	88.319, 109.095, 112.075
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子線結晶学
EM実験	試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

-
試料調製

構成要素	名称: Lysozyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量	値: 0.0144 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
緩衝液	pH: 4.7
試料	濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Milled microcrystals
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
データ収集

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K
撮影	平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 0.001 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) Num. of diffraction images: 840 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 詳細: 0.15 degrees per second, 0.5 second readout, 30 to -30 degrees
画像スキャン	サンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折	カメラ長: 1202 mm / Tilt angle list: -30,30
EM回折シェル	解像度: 0.87→0.9 Å / フーリエ空間範囲: 37.64 % / 多重度: 2.1 / 構造因子数: 2783 / 位相残差: 30 °
EM回折統計	フーリエ空間範囲: 87.58 % / 再高解像度: 0.87 Å / 測定した強度の数: 569407 / 構造因子数: 64974 / 位相誤差: 30 ° / 位相誤差の除外基準: None / R_merge: 0.236 / R_sym: 0.073

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020-24-08
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
8	REFMAC	モデル精密化
12	AIMLESS	crystallography merging
13	REFMAC	３次元再構成

画像処理

詳細: Binned by 2

EM 3D crystal entity

∠α: 88.319 ° / ∠β: 109.095 ° / ∠γ: 112.075 ° / A: 26.42 Å / B: 30.72 Å / C: 33.01 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL

原子モデル構築

B value: 12.188 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood

精密化

解像度: 0.87→19.876 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.263 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2214	3168	4.876 %	Random selection
R_work	0.1969	61806	-	-
all	0.198	-	-	-
obs	-	64974	87.578 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.188 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	-0.32 Å²	-0.122 Å²
2-	-	0.143 Å²	-0.056 Å²
3-	-	-	0.652 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_bond_refined_d	0.033	0.013	1050
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_bond_other_d	0	0.018	955
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_angle_refined_deg	2.288	1.635	1420
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_angle_other_deg	2.078	1.598	2180
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_dihedral_angle_1_deg	7.011	5	131
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_dihedral_angle_2_deg	31.154	20.806	62
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_dihedral_angle_3_deg	12.114	15	171
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_dihedral_angle_4_deg	17.978	15	11
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_chiral_restr	0.153	0.2	132
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1243
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_gen_planes_other	0.002	0.02	283
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_nbd_refined	0.242	0.2	357
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_symmetry_nbd_other	0.22	0.2	1343
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_nbtor_refined	0.225	0.2	630
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_symmetry_nbtor_other	0.107	0.2	775
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	142
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	1
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	43
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_nbd_other	0.231	0.2	93
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.32	0.2	56
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_mcbond_it	1.33	0.924	519
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_mcbond_other	1.291	0.918	518
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_mcangle_it	1.584	1.39	647
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_mcangle_other	1.584	1.397	648
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_scbond_it	1.928	1.187	531
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_scbond_other	1.803	1.178	519
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_scangle_it	2.377	1.699	771
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_scangle_other	2.208	1.686	759
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_lrange_it	5.786	20.548	5494
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_lrange_other	2.52	18.802	5325
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY	r_rigid_bond_restr	3.001	3	2005

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.87-0.893	0.41	94	0.397	1854	0.397	5493	0.051	0.063	35.4633	0.399
0.893-0.917	0.462	166	0.463	3145	0.463	5367	0.016	0.027	61.6918	0.475
0.917-0.943	0.448	185	0.436	3730	0.436	5201	0.036	0.027	75.274	0.44
0.943-0.972	0.399	193	0.388	3850	0.388	5004	0.251	0.268	80.7954	0.38
0.972-1.004	0.373	246	0.352	4120	0.353	4894	0.809	0.813	89.2113	0.338
1.004-1.039	0.312	208	0.304	4118	0.304	4714	0.647	0.649	91.7692	0.286
1.039-1.079	0.243	212	0.218	4171	0.219	4553	0.942	0.937	96.2662	0.199
1.079-1.122	0.2	227	0.176	4084	0.177	4397	0.944	0.954	98.0441	0.157
1.122-1.172	0.201	189	0.155	3940	0.157	4213	0.949	0.956	98.0062	0.134
1.172-1.229	0.19	174	0.153	3862	0.154	4046	0.951	0.955	99.7528	0.131
1.229-1.295	0.172	192	0.141	3624	0.143	3816	0.955	0.96	100	0.123
1.295-1.374	0.185	178	0.154	3446	0.155	3624	0.95	0.958	100	0.141
1.374-1.468	0.186	176	0.16	3268	0.162	3446	0.95	0.96	99.942	0.153
1.468-1.585	0.216	142	0.178	2996	0.18	3140	0.927	0.946	99.9363	0.172
1.585-1.735	0.197	150	0.177	2777	0.178	2934	0.949	0.949	99.7614	0.17
1.735-1.938	0.211	110	0.177	2522	0.179	2645	0.919	0.937	99.5085	0.169
1.938-2.234	0.224	100	0.175	2204	0.177	2324	0.901	0.931	99.1394	0.162
2.234-2.728	0.2	94	0.164	1859	0.166	1973	0.935	0.945	98.9863	0.161
2.728-3.822	0.207	89	0.213	1431	0.213	1535	0.937	0.931	99.0228	0.208
3.822-19.876	0.304	43	0.316	805	0.315	864	0.926	0.91	98.1481	0.31

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関連情報:EMDBヘッダ

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