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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sjn | ||||||
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タイトル | HtrA1:Fab15H6.v4 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/Immune System / HtrA1 / allosteric inhibition / Age-related macular degeneration / Geographic Atrophy / Antibody complex / HYDROLASE / HYDROLASE-Immune System complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / molecular function activator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / placenta development ...chorionic trophoblast cell differentiation / programmed cell death / growth factor binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / negative regulation of BMP signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / molecular function activator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / placenta development / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Gerhardy, S. / Green, E. / Estevez, A. / Arthur, C.P. / Ultsch, M. / Rohou, A. / Kirchhofer, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Allosteric inhibition of HTRA1 activity by a conformational lock mechanism to treat age-related macular degeneration. 著者: Stefan Gerhardy / Mark Ultsch / Wanjian Tang / Evan Green / Jeffrey K Holden / Wei Li / Alberto Estevez / Chris Arthur / Irene Tom / Alexis Rohou / Daniel Kirchhofer / 要旨: The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric ...The trimeric serine protease HTRA1 is a genetic risk factor associated with geographic atrophy (GA), a currently untreatable form of age-related macular degeneration. Here, we describe the allosteric inhibition mechanism of HTRA1 by a clinical Fab fragment, currently being evaluated for GA treatment. Using cryo-EM, X-ray crystallography and biochemical assays we identify the exposed LoopA of HTRA1 as the sole Fab epitope, which is approximately 30 Å away from the active site. The cryo-EM structure of the HTRA1:Fab complex in combination with molecular dynamics simulations revealed that Fab binding to LoopA locks HTRA1 in a non-competent conformational state, incapable of supporting catalysis. Moreover, grafting the HTRA1-LoopA epitope onto HTRA2 and HTRA3 transferred the allosteric inhibition mechanism. This suggests a conserved conformational lock mechanism across the HTRA family and a critical role of LoopA for catalysis, which was supported by the reduced activity of HTRA1-3 upon LoopA deletion or perturbation. This study reveals the long-range inhibition mechanism of the clinical Fab and identifies an essential function of the exposed LoopA for activity of HTRA family proteases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sjn.cif.gz | 397.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sjn.ent.gz | 330.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sjn_validation.pdf.gz | 988.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sjn_full_validation.pdf.gz | 1000.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sjn_validation.xml.gz | 44.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sjn_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22434.699 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HTRA1, HTRA, PRSS11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q92743, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ #2: 抗体 | 分子量: 12906.205 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 11421.634 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HtrA1PD bound by Fab15H6.v4 at LoopA epitope / タイプ: COMPLEX 詳細: HtrA1PD bound by clinical Fab15H6.v4 at LoopA epitope Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.22 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: HtrA1PD:Fab15H6.v4 complex | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: SAM: Grids were incubated in 4 mM monothiolalkane(C11)PEG6-OH (11-mercaptoundecyl) hexaethylenglycol (SPT-0011P6, SensoPath Technologies, Inc., Bozeman, MT) for 24h and rinsed in EtOH before sample application グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3.5s blot time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5345 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1-4122_final: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 566088 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184782 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3TJN PDB chain-ID: A / Accession code: 3TJN / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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