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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rnn | ||||||
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タイトル | Human ASIC1a-Nb.C1 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Channel Proton-gated Nanobody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sensory perception of sour taste / monoatomic ion-gated channel activity / pH-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / response to acidic pH / sodium ion transport / protein homotrimerization ...sensory perception of sour taste / monoatomic ion-gated channel activity / pH-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / neurotransmitter secretion / response to acidic pH / sodium ion transport / protein homotrimerization / associative learning / behavioral fear response / sodium ion transmembrane transport / response to amphetamine / regulation of membrane potential / calcium ion transmembrane transport / postsynaptic density membrane / Stimuli-sensing channels / memory / presynapse / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / cell surface / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vicugna pacos (アルパカ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Chen, Z. / Sigworth, F.J. / Canessa, C.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Structure and analysis of nanobody binding to the human ASIC1a ion channel. 著者: Yangyu Wu / Zhuyuan Chen / Fred J Sigworth / Cecilia M Canessa / 要旨: ASIC1a is a proton-gated sodium channel involved in modulation of pain, fear, addiction, and ischemia-induced neuronal injury. We report isolation and characterization of alpaca-derived nanobodies ...ASIC1a is a proton-gated sodium channel involved in modulation of pain, fear, addiction, and ischemia-induced neuronal injury. We report isolation and characterization of alpaca-derived nanobodies (Nbs) that specifically target human ASIC1a. Cryo-electron microscopy of the human ASIC1a channel at pH 7.4 in complex with one of these, Nb.C1, yielded a structure at 2.9 Å resolution. It is revealed that Nb.C1 binds to a site overlapping with that of the Texas coral snake toxin (MitTx1) and the black mamba venom Mambalgin-1; however, the Nb.C1-binding site does not overlap with that of the inhibitory tarantula toxin psalmotoxin-1 (PcTx1). Fusion of Nb.C1 with PcTx1 in a single polypeptide markedly enhances the potency of PcTx1, whereas competition of Nb.C1 and MitTx1 for binding reduces channel activation by the toxin. Thus, Nb.C1 is a molecular tool for biochemical and structural studies of hASIC1a; a potential antidote to the pain-inducing component of coral snake bite; and a candidate to potentiate PcTx1-mediated inhibition of hASIC1a in vivo for therapeutic applications. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rnn.cif.gz | 101.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rnn.ent.gz | 75.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rnn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rnn_validation.pdf.gz | 761.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rnn_full_validation.pdf.gz | 765.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rnn_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rnn_validation.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/7rnn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/7rnn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 12762.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pADL-22c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 60001.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 遺伝子: ASIC1, ACCN2, BNAC2 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78348 | ||
#3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human ASIC1a in complex with Nb.C1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Solutions were filtered with 0.22um to avoid contamination. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 3s before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 7318 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were high-pass filtered and normalized. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1287029 / 詳細: Template (emd_7009) based particle picking. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84500 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 200 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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