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万見
- PDB-7r0w: 2.8 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f-PetP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7r0w
タイトル2.8 Angstrom cryo-EM structure of the dimeric cytochrome b6f-PetP complex from Synechocystis sp. PCC 6803 with natively bound lipids and plastoquinone molecules
要素
  • (Cytochrome b6-f complex subunit ...) x 4
  • Cytochrome B6
  • Cytochrome b6
  • Cytochrome f
  • Rieske domain, PetC
  • Uncharacterized protein Cp097, conserved in cyanobacteria
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Complex / cytochrome / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome b6f complex / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding ...cytochrome b6f complex / cytochrome complex assembly / photosynthetic electron transport chain / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b6f, subunit Tsr0524-like / Cytochrome b6f, subunit Tsr0524-like / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 ...Cytochrome b6f, subunit Tsr0524-like / Cytochrome b6f, subunit Tsr0524-like / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 / Cytochrome b6/f complex, subunit IV / PetM of cytochrome b6/f complex subunit 7 / Cytochrome b6, PetB / Cytochrome b6/f complex, subunit 5 superfamily / Cytochrome b6-f complex, subunit 8 superfamily / Cytochrome B6-F complex subunit 5 / PetN / PetM family of cytochrome b6f complex subunit 7 / Cytochrome f transmembrane anchor / Cytochrome f / Cytochrome f large domain / Cytochrome f large domain superfamily / Apocytochrome F, C-terminal / Apocytochrome F, N-terminal / Cytochrome f family profile. / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / : / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rudiment single hybrid motif / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2WA / Chem-6PL / CHLOROPHYLL A / beta,beta-caroten-4-one / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / EICOSANE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-PGV ...Chem-2WA / Chem-6PL / CHLOROPHYLL A / beta,beta-caroten-4-one / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / EICOSANE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-PGV / Chem-PL9 / Chem-SQD / Uncharacterized protein Cp097, conserved in cyanobacteria / Cytochrome B6 / Cytochrome f / Cytochrome b6-f complex subunit 4 / Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis (バクテリア)
Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Farmer, D.F. / Proctor, M.S. / Malone, L.A. / Swainsbury, D.P.K. / Hawkings, F.R. / Hitchcock, A. / Johnson, M.P.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011151/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006630/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2019-045 英国
Wellcome Trustnr21005 英国
引用ジャーナル: Biochem J / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytochrome b6f complex with and without the regulatory PetP subunit.
著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew ...著者: Matthew S Proctor / Lorna A Malone / David A Farmer / David J K Swainsbury / Frederick R Hawkings / Federica Pastorelli / Thomas Z Emrich-Mills / C Alistair Siebert / C Neil Hunter / Matthew P Johnson / Andrew Hitchcock /
要旨: In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via ...In oxygenic photosynthesis, the cytochrome b6f (cytb6f) complex links the linear electron transfer (LET) reactions occurring at photosystems I and II and generates a transmembrane proton gradient via the Q-cycle. In addition to this central role in LET, cytb6f also participates in a range of processes including cyclic electron transfer (CET), state transitions and photosynthetic control. Many of the regulatory roles of cytb6f are facilitated by auxiliary proteins that differ depending upon the species, yet because of their weak and transient nature the structural details of these interactions remain unknown. An apparent key player in the regulatory balance between LET and CET in cyanobacteria is PetP, a ∼10 kDa protein that is also found in red algae but not in green algae and plants. Here, we used cryogenic electron microscopy to determine the structure of the Synechocystis sp. PCC 6803 cytb6f complex in the presence and absence of PetP. Our structures show that PetP interacts with the cytoplasmic side of cytb6f, displacing the C-terminus of the PetG subunit and shielding the C-terminus of cytochrome b6, which binds the heme cn cofactor that is suggested to mediate CET. The structures also highlight key differences in the mode of plastoquinone binding between cyanobacterial and plant cytb6f complexes, which we suggest may reflect the unique combination of photosynthetic and respiratory electron transfer in cyanobacterial thylakoid membranes. The structure of cytb6f from a model cyanobacterial species amenable to genetic engineering will enhance future site-directed mutagenesis studies of structure-function relationships in this crucial ET complex.
履歴
登録2022年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月6日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年7月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年7月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update
改定 1.32025年10月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details ...em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年10月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Uncharacterized protein Cp097, conserved in cyanobacteria
I: Cytochrome b6
J: Cytochrome b6-f complex subunit 4
K: Cytochrome f
M: Cytochrome B6
N: Cytochrome b6-f complex subunit 7
O: Cytochrome b6-f complex subunit 5
P: Cytochrome b6-f complex subunit 8
A: Cytochrome b6
B: Cytochrome b6-f complex subunit 4
C: Cytochrome f
D: Rieske domain, PetC
E: Cytochrome B6
F: Cytochrome b6-f complex subunit 7
G: Cytochrome b6-f complex subunit 5
H: Cytochrome b6-f complex subunit 8
L: Rieske domain, PetC
V: Uncharacterized protein Cp097, conserved in cyanobacteria
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,01645
ポリマ－240,58818
非ポリマー17,42827
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Blue native PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 XVIAKCDL

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Cp097, conserved in cyanobacteria


分子量: 7231.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis (バクテリア) / 株: PCC 6714 / 遺伝子: cp097, D082_20950 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): 5' 6xHis tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A068MZK2
#2: タンパク質 Cytochrome b6


分子量: 25075.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: Q57038
#4: タンパク質 Cytochrome f


分子量: 35259.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P26287
#9: タンパク質 Rieske domain, PetC


分子量: 20562.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

-
Cytochrome b6-f complex subunit ... , 4種, 8分子 JBNFOGPH

#3: タンパク質 Cytochrome b6-f complex subunit 4 / 17 kDa polypeptide


分子量: 17455.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P27589
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 7 / Cytochrome b6-f complex subunit PetM / Cytochrome b6-f complex subunit VII


分子量: 3827.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74810
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 5 / Cytochrome b6-f complex subunit PetG / Cytochrome b6-f complex subunit V


分子量: 4177.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P74149
#8: タンパク質・ペプチド Cytochrome b6-f complex subunit 8 / Cytochrome b6-f complex subunit PetN / Cytochrome b6-f complex subunit VIII


分子量: 3328.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 参照: UniProt: P72717

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 ME

#5: タンパク質・ペプチド Cytochrome B6


分子量: 3376.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6P1VG96

-
非ポリマー , 13種, 29分子

#10: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#12: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone


分子量: 550.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#13: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#14: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#17: 化合物 ChemComp-6PL / (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / 1-PALMITOYL-2-STEAROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 763.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H85NO8P / コメント: リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-2WA / (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol


分子量: 570.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H70O5
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#21: 化合物 ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 282.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#22: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytochrome b6f complex in association with PetP / タイプ: COMPLEX
詳細: strep-PetA used to purify cytochrome b6f complex from Synechocystis sp. PCC 6803. 6xHis-PetP recombinantly expressed in E. coli used to pull down cytochrome b6f complex and form the cytochrome b6f-PetP complex.
Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mLSodium phosphateNa3PO41
210 mMMagnesium chlorideMgCl21
3150 mMSodium chlorideNaCl1
40.02 % (w/v)glyco-diosgeninC56H92O251
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was monodisperse but not present in every hole
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20133
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20_4459精密化
PHENIX1.20_4459精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7Coot0.9.2モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1169445
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152860 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7PPW

7ppw
PDB 未公開エントリ


Accession code: 7PPW / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 93 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004517270
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.946823519
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1252557
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00632866
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.44122688

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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