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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qxw | ||||||
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タイトル | Proteasome-ZFAND5 Complex Z+D state | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / proteasome / ZFAND5 / Activation | ||||||
機能・相同性 | ![]() Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / respiratory system process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / integrator complex / smooth muscle tissue development / proteasome accessory complex / purine ribonucleoside triphosphate binding ...Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / respiratory system process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / integrator complex / smooth muscle tissue development / proteasome accessory complex / purine ribonucleoside triphosphate binding / meiosis I / fibroblast migration / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / vasculature development / metal-dependent deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / proteasome regulatory particle, base subcomplex / regulation of endopeptidase activity / negative regulation of programmed cell death / skeletal system morphogenesis / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Somitogenesis / K63-linked deubiquitinase activity / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / immune system process / myofibril / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / face development / proteasome storage granule / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / blastocyst development / transcription factor binding / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / general transcription initiation factor binding / NF-kappaB binding / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / mRNA export from nucleus / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / inclusion body / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to organonitrogen compound / sarcomere / proteasome complex / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / ciliary basal body / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / proteolysis involved in protein catabolic process / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Degradation of DVL / stem cell differentiation / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Hh mutants are degraded by ERAD / lipopolysaccharide binding / Degradation of AXIN / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Hedgehog ligand biogenesis / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / G2/M Checkpoints / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Hedgehog 'on' state / Regulation of RUNX3 expression and activity / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / double-strand break repair via homologous recombination 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
![]() | Zhu, Y. / Lu, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of 26S proteasome activation by the 19S-interacting protein ZFAND5 著者: Zhu, Y. / Lu, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 290.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 459.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14204MC ![]() 7qxnC ![]() 7qxpC ![]() 7qxuC ![]() 7qxxC ![]() 7qy7C ![]() 7qyaC ![]() 7qybC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-26S proteasome non-ATPase regulatory subunit ... , 11種, 11分子 UVWXYZabcdf
#1: タンパク質 | 分子量: 105958.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 60935.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 52979.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 47526.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 45592.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 37086.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 42995.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 40781.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 34488.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: O00487, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ |
#10: タンパク質 | 分子量: 39536.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 100313.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-26S protease regulatory subunit ... , 3種, 3分子 ADF
#12: タンパク質 | 分子量: 48700.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#15: タンパク質 | 分子量: 47426.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 49266.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-26S proteasome regulatory subunit ... , 2種, 2分子 BE
#13: タンパク質 | 分子量: 48429.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#16: タンパク質 | 分子量: 45867.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 4種, 5分子 CeLlv
#14: タンパク質 | 分子量: 44852.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#18: タンパク質 | 分子量: 8284.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#24: タンパク質 | 分子量: 30150.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #33: タンパク質 | | 分子量: 23160.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 GgHhIiJjKkMm
#19: タンパク質 | 分子量: 27301.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 25796.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 29394.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 27798.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #23: タンパク質 | 分子量: 26304.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #25: タンパク質 | 分子量: 28338.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 NnOoPpQqRrSsTt
#26: タンパク質 | 分子量: 25246.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #27: タンパク質 | 分子量: 29869.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #28: タンパク質 | 分子量: 22841.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #29: タンパク質 | 分子量: 22864.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #30: タンパク質 | 分子量: 28379.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #31: タンパク質 | 分子量: 26391.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #32: タンパク質 | 分子量: 29099.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 9分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#34: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#35: 化合物 | #36: 化合物 | #37: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human proteasome zfand5 complex Z+D state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8, #10-#11, #14, #18-#33 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 28928 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28928 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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