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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qvf | ||||||
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タイトル | TMEM106B filaments with Fold I-d from Multiple system atrophy (case 18) | ||||||
![]() | Transmembrane protein 106B | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Amyloid / neurodegeneration / filament / TMEM106B | ||||||
機能・相同性 | ![]() lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | ||||||
![]() | Lovestam, S. / Schweighauser, M. / Scheres, S.H.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Age-dependent formation of TMEM106B amyloid filaments in human brains. 著者: Manuel Schweighauser / Diana Arseni / Mehtap Bacioglu / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Yang Shi / Yang Yang / Wenjuan Zhang / Abhay Kotecha / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Grace I ...著者: Manuel Schweighauser / Diana Arseni / Mehtap Bacioglu / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Yang Shi / Yang Yang / Wenjuan Zhang / Abhay Kotecha / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Grace I Hallinan / Kathy L Newell / Airi Tarutani / Shigeo Murayama / Masayuki Miyazaki / Yuko Saito / Mari Yoshida / Kazuko Hasegawa / Tammaryn Lashley / Tamas Revesz / Gabor G Kovacs / John van Swieten / Masaki Takao / Masato Hasegawa / Bernardino Ghetti / Maria Grazia Spillantini / Benjamin Ryskeldi-Falcon / Alexey G Murzin / Michel Goedert / Sjors H W Scheres / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Many age-dependent neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's and Parkinson's, are characterized by abundant inclusions of amyloid filaments. Filamentous inclusions of the proteins tau, amyloid- ...Many age-dependent neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's and Parkinson's, are characterized by abundant inclusions of amyloid filaments. Filamentous inclusions of the proteins tau, amyloid-β, α-synuclein and transactive response DNA-binding protein (TARDBP; also known as TDP-43) are the most common. Here we used structure determination by cryogenic electron microscopy to show that residues 120-254 of the lysosomal type II transmembrane protein 106B (TMEM106B) also form amyloid filaments in human brains. We determined the structures of TMEM106B filaments from a number of brain regions of 22 individuals with abundant amyloid deposits, including those resulting from sporadic and inherited tauopathies, amyloid-β amyloidoses, synucleinopathies and TDP-43 proteinopathies, as well as from the frontal cortex of 3 individuals with normal neurology and no or only a few amyloid deposits. We observed three TMEM106B folds, with no clear relationships between folds and diseases. TMEM106B filaments correlated with the presence of a 29-kDa sarkosyl-insoluble fragment and globular cytoplasmic inclusions, as detected by an antibody specific to the carboxy-terminal region of TMEM106B. The identification of TMEM106B filaments in the brains of older, but not younger, individuals with normal neurology indicates that they form in an age-dependent manner. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14176MC ![]() 7qvcC ![]() 7qwgC ![]() 7qwlC ![]() 7qwmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.0 TB Data #1: Unaligned multi-frame movies [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31156.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TMEM106B / タイプ: TISSUE / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | |||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -0.41 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.78 Å / らせん対称軸の対称性: C2 | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12057 / 対称性のタイプ: HELICAL |