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- PDB-7qtt: Structural organization of a late activated human spliceosome (Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qtt
タイトルStructural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region)
要素
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 2
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (Splicing factor 3A subunit ...) x 2
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 5
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • BUD13 homolog
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Crooked neck-like protein 1
  • G-patch domain and KOW motifs-containing protein
  • MINX
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Pleiotropic regulator 1
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Protein BUD31 homolog
  • Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
  • RING finger protein 113A
  • RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2
  • SNW domain-containing protein 1
  • Serine/arginine repetitive matrix protein 2
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • U2snRNA
  • U5 snRNA
  • U6snRNA
キーワードSPLICING / Spliceosome / helicase / Prp2 / Aquarius / catalytic activation
機能・相同性
機能・相同性情報


RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP ...RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / B-WICH complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / embryonic brain development / splicing factor binding / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / nuclear retinoic acid receptor binding / 7-methylguanosine cap hypermethylation / Prp19 complex / positive regulation of androgen receptor activity / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / SMN-Sm protein complex / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / telomerase holoenzyme complex / positive regulation by host of viral transcription / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / nuclear vitamin D receptor binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / Notch binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / U4 snRNP / RUNX3 regulates NOTCH signaling / U2 snRNP / Basigin interactions / RNA Polymerase II Transcription Termination / SAGA complex / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U1 snRNP / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / pattern recognition receptor activity / WD40-repeat domain binding / positive regulation of neurogenesis / U2-type prespliceosome / cyclosporin A binding / nuclear androgen receptor binding / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Notch-HLH transcription pathway / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Formation of paraxial mesoderm / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / SMAD binding / regulation of RNA splicing / antiviral innate immune response / mRNA 3'-splice site recognition / protein peptidyl-prolyl isomerization / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / retinoic acid receptor signaling pathway / U5 snRNA binding / U5 snRNP / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / regulation of DNA repair / Cajal body / pre-mRNA intronic binding / cellular response to retinoic acid / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / positive regulation of protein export from nucleus
類似検索 - 分子機能
G-patch domain and KOW motifs-containing protein, KOW 1 / G-patch domain and KOW motifs-containing protein, KOW 2 / PPIL4-like, cyclophilin domain / Cyclophilin-RNA interacting protein / Pre-mRNA-splicing factor Spp2-like / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2, U-box domain / Spp2/MOS2, G-patch domain / G-patch domain / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Bud13 ...G-patch domain and KOW motifs-containing protein, KOW 1 / G-patch domain and KOW motifs-containing protein, KOW 2 / PPIL4-like, cyclophilin domain / Cyclophilin-RNA interacting protein / Pre-mRNA-splicing factor Spp2-like / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase like 2, U-box domain / Spp2/MOS2, G-patch domain / G-patch domain / Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Bud13 / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / : / : / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / : / : / : / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / mRNA splicing factor Cwf21 domain / : / cwf21 domain / Replication stress response SDE2 C-terminal / G-patch domain profile. / SF3A2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / : / STL11, N-terminal / SF3B4, RNA recognition motif 1 / : / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Splicing factor 3B, subunit 5 / WD repeat Prp46/PLRG1-like / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / Splicing factor 3B subunit 1 / : / Splicing factor 3B subunit 1 / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / Myb-like DNA-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Zinc-finger of C2H2 type / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / MIF4G domain / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / SAP domain / SAP motif profile. / zinc finger / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Snu114, GTP-binding domain / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / Splicing factor 3B subunit 1 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3A subunit 3 / RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 / Splicing factor 3B subunit 2 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4 / G-patch domain and KOW motifs-containing protein / Cell division cycle 5-like protein / BUD13 homolog / Splicing factor 3B subunit 5 / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified adenovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cretu, C. / Pena, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)241796087 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of catalytic activation in human splicing.
著者: Jana Schmitzová / Constantin Cretu / Christian Dienemann / Henning Urlaub / Vladimir Pena /
要旨: Pre-mRNA splicing follows a pathway driven by ATP-dependent RNA helicases. A crucial event of the splicing pathway is the catalytic activation, which takes place at the transition between the ...Pre-mRNA splicing follows a pathway driven by ATP-dependent RNA helicases. A crucial event of the splicing pathway is the catalytic activation, which takes place at the transition between the activated B and the branching-competent B spliceosomes. Catalytic activation occurs through an ATP-dependent remodelling mediated by the helicase PRP2 (also known as DHX16). However, because PRP2 is observed only at the periphery of spliceosomes, its function has remained elusive. Here we show that catalytic activation occurs in two ATP-dependent stages driven by two helicases: PRP2 and Aquarius. The role of Aquarius in splicing has been enigmatic. Here the inactivation of Aquarius leads to the stalling of a spliceosome intermediate-the B complex-found halfway through the catalytic activation process. The cryogenic electron microscopy structure of B reveals how PRP2 and Aquarius remodel B and B, respectively. Notably, PRP2 translocates along the intron while it strips away the RES complex, opens the SF3B1 clamp and unfastens the branch helix. Translocation terminates six nucleotides downstream of the branch site through an assembly of PPIL4, SKIP and the amino-terminal domain of PRP2. Finally, Aquarius enables the dissociation of PRP2, plus the SF3A and SF3B complexes, which promotes the relocation of the branch duplex for catalysis. This work elucidates catalytic activation in human splicing, reveals how a DEAH helicase operates and provides a paradigm for how helicases can coordinate their activities.
履歴
登録2022年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Splicing factor 3B subunit 3
B: Splicing factor 3B subunit 5
C: Splicing factor 3B subunit 1
D: PHD finger-like domain-containing protein 5A
E: Splicing factor 3B subunit 2
F: Splicing factor 3B subunit 4
G: G-patch domain and KOW motifs-containing protein
I: Splicing factor 3A subunit 2
J: Splicing factor 3A subunit 3
L: BUD13 homolog
N: Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16
O: Pleiotropic regulator 1
P: Cell division cycle 5-like protein
Q: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
T: Protein BUD31 homolog
U: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
V: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4
W: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
X: Crooked neck-like protein 1
Y: SNW domain-containing protein 1
Z: RING finger protein 113A
a: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
b: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
d: U6snRNA
e: U5 snRNA
f: U2snRNA
g: MINX
h: Small nuclear ribonucleoprotein F
i: Small nuclear ribonucleoprotein E
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
k: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
m: Small nuclear ribonucleoprotein G
n: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
p: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
q: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
u: RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,495,69258
ポリマ－2,493,55437
非ポリマー2,13821
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 ABCEF

#1: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#2: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5
#3: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533
#5: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / SF3b145 / Spliceosome-associated protein 145 / SAP 145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435
#6: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427

-
タンパク質 , 16種, 16分子 DGLNOPQTXYZabnqu

#4: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0
#7: タンパク質 G-patch domain and KOW motifs-containing protein / G-patch domain-containing protein 5 / Protein MOS2 homolog / Protein T54


分子量: 52299.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92917
#10: タンパク質 BUD13 homolog


分子量: 70669.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRD0
#11: タンパク質 Putative pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / ATP-dependent RNA helicase #3 / DEAH-box protein 16


分子量: 119443.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60231, RNA helicase
#12: タンパク質 Pleiotropic regulator 1


分子量: 57280.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43660
#13: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein / Cdc5-like protein / Pombe cdc5-related protein


分子量: 92406.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99459
#14: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26674.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P013
#15: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein EDG-2 / Protein G10 homolog


分子量: 17032.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41223
#19: タンパク質 Crooked neck-like protein 1 / Crooked neck homolog / hCrn


分子量: 100610.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZJ0
#20: タンパク質 SNW domain-containing protein 1 / Nuclear protein SkiP / Nuclear receptor coactivator NCoA-62 / Ski-interacting protein


分子量: 61610.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13573
#21: タンパク質 RING finger protein 113A / Zinc finger protein 183


分子量: 38847.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15541
#22: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 273974.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#23: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 109560.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#34: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#36: タンパク質 Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / 300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix ...300 kDa nuclear matrix antigen / Serine/arginine-rich splicing factor-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Ser/Arg-related nuclear matrix protein of 300 kDa / Splicing coactivator subunit SRm300 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 803 / TaxREB803


分子量: 300255.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQ35
#37: タンパク質 RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 / CYC4 / Cyclophilin-60 / Cyclophilin-like protein Cyp-60 / Cyp60 / hCyP-60 / Probable inactive ...CYC4 / Cyclophilin-60 / Cyclophilin-like protein Cyp-60 / Cyp60 / hCyP-60 / Probable inactive peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 2 / PPIase / Rotamase PPIL2


分子量: 58910.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13356, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
Splicing factor 3A subunit ... , 2種, 2分子 IJ

#8: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 2 / SF3a66 / Spliceosome-associated protein 62 / SAP 62


分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15428
#9: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 3 / SF3a60 / Spliceosome-associated protein 61 / SAP 61


分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 2種, 2分子 UW

#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 16


分子量: 46959.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NW64
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Nucampholin homolog / fSAPb


分子量: 105646.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCG8

-
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like ... , 2種, 2分子 Vp

#17: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 4 / PPIase / Cyclophilin-like protein PPIL4 / Rotamase PPIL4


分子量: 57324.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WUA2, peptidylprolyl isomerase
#35: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / PPIase / Rotamase PPIL1


分子量: 18257.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C6, peptidylprolyl isomerase

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 defg

#24: RNA鎖 U6snRNA


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#25: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 20330981
#26: RNA鎖 U2snRNA


分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 36516
#27: RNA鎖 MINX


分子量: 102348.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The MINX pre-mRNA substrate was obtained by in vitro transcription with T7 RNA polymerase. The full-length transcript contains three MS2 aptamer sequences at its 3' end for affinity purification.
由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス)

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 6分子 hijklm

#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#32: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#33: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308

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非ポリマー , 4種, 21分子

#38: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#39: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#40: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#41: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Late human activated spliceosome arrested with a dominant-negative mutant of the splicing helicase Aquarius (Aquarius K829A)
タイプ: COMPLEX
詳細: The spliceosome complex was assembled in vitro in the HeLa nuclear extract on a model pre-mRNA substrate (MINX) tagged with three MS2 aptamer sequences for affinity purification.
Entity ID: #1-#37 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.9
詳細: All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)HEPES1
2120 mMSodium ChlorideNaCl1
31.5 mMMagnesium AcetateMg(CH3COO)21
42 % (w/v)GlycerolC3H8O31
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The Baqr spliceosome was purified by affinity selection and gradient ultracentrifugation and crosslinked with 0.1% (v/v) glutaraldehyde in batch for cryo-EM grid preparation.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and ...詳細: Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 45.47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 10013
詳細: Automated data acquisition for dataset 1 (untilted, 5229 micrographs) and dataset 2 (tilted, 25 degrees, 4784 micrographs) was performed with FEI EPU software package at a nominal ...詳細: Automated data acquisition for dataset 1 (untilted, 5229 micrographs) and dataset 2 (tilted, 25 degrees, 4784 micrographs) was performed with FEI EPU software package at a nominal magnification of 130,000 (1.05 A per pixel). Micrographs for these two datasets, dose fractionated over 40 frames, were collected at a dose rate of 5.04 or 5.06 e/A2/s-1 over 9 s, resulting in a total dose of 45.38 and 45.55 e/A2, respectively.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 30 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Warp粒子像選択
2EPU画像取得
4WarpCTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
19PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 734691
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146157 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 177.21 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16FF4

6ff4

16FF41PDBexperimental model
26FF7

6ff7

16FF72PDBexperimental model
35Z57

5z57

15Z573PDBexperimental model
46QDV

6qdv

16QDV4PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 180.35 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00475501
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.833104676
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.03814411
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0512560
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00712556

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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