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- PDB-7qh7: Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qh7
タイトルCryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4
要素
  • (39S ribosomal protein ...) x 41
  • 16S ribosomal RNA
  • Acyl carrier protein, mitochondrial
  • Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
  • MIEF1 upstream open reading frame protein
  • Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
  • Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
  • Ribosomal protein 63, mitochondrial
  • mitochondrial tRNAVal
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / Assembly / Methyltransferase / MRM2 / RNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / rRNA import into mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial translational elongation ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / Protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / rRNA import into mitochondrion / Respiratory electron transport / mitochondrial translational elongation / iron-sulfur cluster assembly complex / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit binding / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal large subunit binding / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / acyl binding / acyl carrier activity / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / ribosomal large subunit biogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / cell cycle / translation / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / calcium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MIEF1-MP, LYR domain / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 ...MIEF1-MP, LYR domain / Ribosomal silencing factor during starvation / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / : / Acyl carrier protein (ACP) / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / NTF2-like domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Rebelo-Guiomar, P. / Pellegrino, S. / Dent, K.C. / Warren, A.J. / Minczuk, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/4 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A late-stage assembly checkpoint of the human mitochondrial ribosome large subunit.
著者: Pedro Rebelo-Guiomar / Simone Pellegrino / Kyle C Dent / Aldema Sas-Chen / Leonor Miller-Fleming / Caterina Garone / Lindsey Van Haute / Jack F Rogan / Adam Dinan / Andrew E Firth / Byron ...著者: Pedro Rebelo-Guiomar / Simone Pellegrino / Kyle C Dent / Aldema Sas-Chen / Leonor Miller-Fleming / Caterina Garone / Lindsey Van Haute / Jack F Rogan / Adam Dinan / Andrew E Firth / Byron Andrews / Alexander J Whitworth / Schraga Schwartz / Alan J Warren / Michal Minczuk /
要旨: Many cellular processes, including ribosome biogenesis, are regulated through post-transcriptional RNA modifications. Here, a genome-wide analysis of the human mitochondrial transcriptome shows that ...Many cellular processes, including ribosome biogenesis, are regulated through post-transcriptional RNA modifications. Here, a genome-wide analysis of the human mitochondrial transcriptome shows that 2'-O-methylation is limited to residues of the mitoribosomal large subunit (mtLSU) 16S mt-rRNA, introduced by MRM1, MRM2 and MRM3, with the modifications installed by the latter two proteins being interdependent. MRM2 controls mitochondrial respiration by regulating mitoribosome biogenesis. In its absence, mtLSU particles (visualized by cryo-EM at the resolution of 2.6 Å) present disordered RNA domains, partial occupancy of bL36m and bound MALSU1:L0R8F8:mtACP anti-association module, allowing five mtLSU biogenesis intermediates with different intersubunit interface configurations to be placed along the assembly pathway. However, mitoribosome biogenesis does not depend on the methyltransferase activity of MRM2. Disruption of the MRM2 Drosophila melanogaster orthologue leads to mitochondria-related developmental arrest. This work identifies a key checkpoint during mtLSU assembly, essential to maintain mitochondrial homeostasis.
履歴
登録2021年12月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
E: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
F: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
H: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
I: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
K: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
L: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
M: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
N: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
O: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
P: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
Q: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
R: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
S: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
T: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
U: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
V: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
W: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
X: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
Y: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
Z: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
0: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
1: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
2: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
3: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
5: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
6: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
7: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
9: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
a: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
b: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
c: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
d: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
f: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
g: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
h: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
i: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
j: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
o: Ribosomal protein 63, mitochondrial
p: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
q: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
r: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
s: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
u: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
v: MIEF1 upstream open reading frame protein
w: Acyl carrier protein, mitochondrial
A: 16S ribosomal RNA
B: mitochondrial tRNAVal
4: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,248,836102
ポリマ－1,247,42449
非ポリマー1,41153
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
39S ribosomal protein ... , 41種, 41分子 DEFHIKLMNOPQRSTUVWXYZ01235679a...

#1: タンパク質 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL2m


分子量: 23834.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T653
#2: タンパク質 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / L3mt / MRP-L3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL3m


分子量: 34023.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09001
#3: タンパク質 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / L4mt / MRP-L4 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL4m


分子量: 28528.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD3
#4: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / L9mt / MRP-L9 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL9m


分子量: 11127.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD2
#5: タンパク質・ペプチド 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / L8mt / MRP-L8 / Mitochondrial large ...L10mt / MRP-L10 / 39S ribosomal protein L8 / mitochondrial / L8mt / MRP-L8 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL10m


分子量: 3552.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z7H8
#6: タンパク質 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / L13mt / MRP-L13 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL13m


分子量: 20591.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYD1
#7: タンパク質 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ...L14mt / MRP-L14 / 39S ribosomal protein L32 / mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL14m


分子量: 12710.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P1L8
#8: タンパク質 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL15m


分子量: 32704.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P015
#9: タンパク質 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / L16mt / MRP-L16 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL16m


分子量: 23069.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX20
#10: タンパク質 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / L17mt / MRP-L17 / LYST-interacting protein 2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL17m


分子量: 17761.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRX2
#11: タンパク質 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / L18mt / MRP-L18 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL18m


分子量: 16335.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0U6
#12: タンパク質 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / L19mt / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ...L19mt / MRP-L19 / 39S ribosomal protein L15 / mitochondrial / L15mt / MRP-L15 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL19m


分子量: 25674.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49406
#13: タンパク質 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / L20mt / MRP-L20 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL20m


分子量: 16251.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC9
#14: タンパク質 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / L21mt / MRP-L21 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL21m


分子量: 17794.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z2W9
#15: タンパク質 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ...L22mt / MRP-L22 / 39S ribosomal protein L25 / mitochondrial / L25mt / MRP-L25 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL22m


分子量: 19466.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWU5
#16: タンパク質 39S ribosomal protein L23, mitochondrial


分子量: 14562.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#17: タンパク質・ペプチド 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / L24mt / MRP-L24 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL24m


分子量: 5751.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96A35
#18: タンパク質 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / L27mt / MRP-L27 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL27m


分子量: 11364.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0M9
#19: タンパク質 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / ...L28mt / MRP-L28 / Melanoma antigen p15 / Melanoma-associated antigen recognized by T-lymphocytes / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL28m


分子量: 28818.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13084
#20: タンパク質 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / L47mt / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma ...L47mt / MRP-L47 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL29m / Nasopharyngeal carcinoma metastasis-related protein 1


分子量: 21360.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HD33
#21: タンパク質 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / L30mt / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Mitochondrial large ...L30mt / MRP-L30 / 39S ribosomal protein L28 / mitochondrial / L28mt / MRP-L28 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein uL30m


分子量: 13332.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCC3
#22: タンパク質 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / L32mt / MRP-L32 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL32m


分子量: 12606.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYC8
#23: タンパク質・ペプチド 39S ribosomal protein L33, mitochondrial / L33mt / MRP-L33 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL33m


分子量: 5831.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75394
#24: タンパク質・ペプチド 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / L34mt / MRP-L34 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL34m


分子量: 5239.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQ48
#25: タンパク質 39S ribosomal protein L35, mitochondrial / L35mt / MRP-L35 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL35m


分子量: 11788.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZE8
#26: タンパク質 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / L37mt / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ...L37mt / MRP-L37 / 39S ribosomal protein L2 / mitochondrial / L2mt / MRP-L2 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL37


分子量: 45302.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE1
#27: タンパク質 39S ribosomal protein L38, mitochondrial


分子量: 34730.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#28: タンパク質 39S ribosomal protein L39, mitochondrial / L39mt / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / L5mt / MRP-L5 / Mitochondrial large ...L39mt / MRP-L39 / 39S ribosomal protein L5 / mitochondrial / L5mt / MRP-L5 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL39


分子量: 33289.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYK5
#29: タンパク質 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / L41mt / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal ...L41mt / MRP-L41 / 39S ribosomal protein L27 homolog / Bcl-2-interacting mitochondrial ribosomal protein L41 / Cell proliferation-inducing gene 3 protein / MRP-L27 homolog / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL41


分子量: 14032.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXM3
#30: タンパク質 39S ribosomal protein L42, mitochondrial


分子量: 9578.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#31: タンパク質 39S ribosomal protein L43, mitochondrial / L43mt / MRP-L43 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL43 / Mitochondrial ribosomal protein bMRP36a


分子量: 16741.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983
#32: タンパク質 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / L44mt / MRP-L44 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL44


分子量: 32773.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9H9J2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#33: タンパク質 39S ribosomal protein L45, mitochondrial / L45mt / MRP-L45 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL45


分子量: 19852.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRJ2
#34: タンパク質・ペプチド 39S ribosomal protein L48, mitochondrial


分子量: 2019.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#35: タンパク質 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / L49mt / MRP-L49 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL49 / Neighbor of FAU / NOF / Protein NOF1


分子量: 15087.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13405
#36: タンパク質 39S ribosomal protein L50, mitochondrial / L50mt / MRP-L50 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL50


分子量: 12107.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N5N7
#37: タンパク質 39S ribosomal protein L51, mitochondrial / L51mt / MRP-L51 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL51 / bMRP-64 / bMRP64


分子量: 11739.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4U2R6
#38: タンパク質 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / L52mt / MRP-L52 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL52


分子量: 9801.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q86TS9
#42: タンパク質 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / ...MRP-S18-a / Mrps18a / S18mt-a / 39S ribosomal protein S18-3 / mitochondrial / MRP-S18-3 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bS18a / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL66


分子量: 16351.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVS2
#43: タンパク質 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / MRP-S30 / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ...MRP-S30 / S30mt / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL65 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mS30 / Programmed cell death protein 9


分子量: 45204.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP92
#49: タンパク質・ペプチド 39S ribosomal protein L36, mitochondrial / L36mt / MRP-L36 / BRCA1-interacting protein 1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein bL36m


分子量: 4768.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0J6

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タンパク質 , 6種, 6分子 opquvw

#39: タンパク質 Ribosomal protein 63, mitochondrial / hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / ...hMRP63 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL63 / Mitochondrial ribosomal protein 63 / Mitochondrial ribosomal protein L57


分子量: 9768.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6
#40: タンパク質 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial


分子量: 14901.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#41: タンパク質 Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 / 39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6- ...39S ribosomal protein L59 / mitochondrial / MRP-L59 / CKII beta-associating protein / CR6-interacting factor 1 / CRIF1 / Mitochondrial large ribosomal subunit protein mL64 / Papillomavirus L2-interacting nuclear protein 1 / PLINP / PLINP-1 / p53-responsive gene 6 protein


分子量: 11942.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8
#44: タンパク質 Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1


分子量: 13280.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EH3
#45: タンパク質 MIEF1 upstream open reading frame protein / Alternative MIEF1 protein / AltMIEF1 / MIEF1 microprotein / MIEF1-MP


分子量: 8329.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L0R8F8
#46: タンパク質 Acyl carrier protein, mitochondrial / ACP / CI-SDAP / NADH-ubiquinone oxidoreductase 9.6 kDa subunit


分子量: 9144.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O14561

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#47: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 403061.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#48: RNA鎖 mitochondrial tRNAVal


分子量: 19530.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 67分子

#50: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#51: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human mitochondrial ribosome large subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#49 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 52.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2709521
3次元再構成解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224933 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5OOL

5ool

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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