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- EMDB-13967: Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13967
タイトルCryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4
マップデータ
試料
  • 複合体: Human mitochondrial ribosome large subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 47種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードMitochondria / Ribosome / Assembly / Methyltransferase / MRM2 / RNA modification
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / positive regulation of mitochondrial translation / Respiratory electron transport / rRNA import into mitochondrion ...negative regulation of mitochondrial translation / mitochondrial large ribosomal subunit assembly / protein lipoylation / Complex I biogenesis / negative regulation of ribosome biogenesis / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / Protein lipoylation / positive regulation of mitochondrial translation / Respiratory electron transport / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial [2Fe-2S] assembly complex / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial large ribosomal subunit / mitochondrial fission / mitochondrial large ribosomal subunit binding / mitochondrial ribosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mitochondrial small ribosomal subunit / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial translation / iron-sulfur cluster assembly / acyl binding / acyl carrier activity / ribosomal large subunit binding / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / respiratory chain complex I / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / cellular response to leukemia inhibitory factor / aerobic respiration / ribosomal large subunit biogenesis / fatty acid binding / mitochondrial membrane / fatty acid biosynthetic process / double-stranded RNA binding / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / rRNA binding / nuclear body / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / protein domain specific binding / translation / ribonucleoprotein complex / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / calcium ion binding / mitochondrion / extracellular space / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / : / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 ...MIEF1-MP, LYR domain / Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal silencing factor during starvation / : / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L35, mitochondrial / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / : / MRPL44 dsRNA-binding domain / Large ribosomal subunit protein mL44, endonuclease domain / : / Large ribosomal subunit protein bL9m C-terminal domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / : / : / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal subunit 39S / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosomal protein L27 / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / TGS-like / TGS domain profile. / TGS / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Complex 1 LYR protein domain / Complex 1 protein (LYR family) / : / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Beta-grasp domain superfamily / Acyl carrier protein (ACP) / NTF2-like domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL14m ...Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1 / Acyl carrier protein, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein uL3m / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL28m / Large ribosomal subunit protein mL49 / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein uL2m / Large ribosomal subunit protein uL14m / Large ribosomal subunit protein bL21m / Large ribosomal subunit protein uL10m / Large ribosomal subunit protein mL52 / Large ribosomal subunit protein mL41 / Large ribosomal subunit protein mL50 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Large ribosomal subunit protein uL24m / Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Large ribosomal subunit protein mL63 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL32m / Large ribosomal subunit protein bL20m / Large ribosomal subunit protein uL13m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Large ribosomal subunit protein uL4m / Large ribosomal subunit protein mL37 / Large ribosomal subunit protein uL18m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL65 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein mL66 / Large ribosomal subunit protein uL22m / Large ribosomal subunit protein uL16m / Large ribosomal subunit protein mL39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein uL15m / Large ribosomal subunit protein bL36m / Large ribosomal subunit protein bL27m
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Rebelo-Guiomar P / Pellegrino S / Dent KC / Warren AJ / Minczuk M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/4 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A late-stage assembly checkpoint of the human mitochondrial ribosome large subunit.
著者: Pedro Rebelo-Guiomar / Simone Pellegrino / Kyle C Dent / Aldema Sas-Chen / Leonor Miller-Fleming / Caterina Garone / Lindsey Van Haute / Jack F Rogan / Adam Dinan / Andrew E Firth / Byron ...著者: Pedro Rebelo-Guiomar / Simone Pellegrino / Kyle C Dent / Aldema Sas-Chen / Leonor Miller-Fleming / Caterina Garone / Lindsey Van Haute / Jack F Rogan / Adam Dinan / Andrew E Firth / Byron Andrews / Alexander J Whitworth / Schraga Schwartz / Alan J Warren / Michal Minczuk /
要旨: Many cellular processes, including ribosome biogenesis, are regulated through post-transcriptional RNA modifications. Here, a genome-wide analysis of the human mitochondrial transcriptome shows that ...Many cellular processes, including ribosome biogenesis, are regulated through post-transcriptional RNA modifications. Here, a genome-wide analysis of the human mitochondrial transcriptome shows that 2'-O-methylation is limited to residues of the mitoribosomal large subunit (mtLSU) 16S mt-rRNA, introduced by MRM1, MRM2 and MRM3, with the modifications installed by the latter two proteins being interdependent. MRM2 controls mitochondrial respiration by regulating mitoribosome biogenesis. In its absence, mtLSU particles (visualized by cryo-EM at the resolution of 2.6 Å) present disordered RNA domains, partial occupancy of bL36m and bound MALSU1:L0R8F8:mtACP anti-association module, allowing five mtLSU biogenesis intermediates with different intersubunit interface configurations to be placed along the assembly pathway. However, mitoribosome biogenesis does not depend on the methyltransferase activity of MRM2. Disruption of the MRM2 Drosophila melanogaster orthologue leads to mitochondria-related developmental arrest. This work identifies a key checkpoint during mtLSU assembly, essential to maintain mitochondrial homeostasis.
履歴
登録2021年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13967.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.0165175 - 0.06569443
平均 (標準偏差)-0.000100456324 (±0.003870605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human mitochondrial ribosome large subunit

全体名称: Human mitochondrial ribosome large subunit
要素
  • 複合体: Human mitochondrial ribosome large subunit
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein 63, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
    • タンパク質・ペプチド: MIEF1 upstream open reading frame protein
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein, mitochondrial
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • RNA: mitochondrial tRNAVal
    • タンパク質・ペプチド: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Human mitochondrial ribosome large subunit

超分子名称: Human mitochondrial ribosome large subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#49
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.83448 KDa
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ANFVSWKSRT KYTITPVKMR KSGGRDHTGR IRVHGIGGGH KQRYRMIDFL RFRPEETKSG PFEEKVIQVR YDPCRSADIA LVAGGSRKR WIIATENMQA GDTILNSNHI GRMAVAAREG DAHPLGALPV GTLINNVESE PGRGAQYIRA AGTCGVLLRK V NGTAIIQL PSKRQMQVLE TCVATVGRVS NVDHNKRVIG KAGRNRWLGK RPNSGRW

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2m

+
分子 #2: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L3, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.023105 KDa
配列文字列: SGTWWDEHLS EENVPFIKQL VSDEDKAQLA SKLCPLKDEP WPIHPWEPGS FRVGLIALKL GMMPLWTKDG QKHVVTLLQV QDCHVLKYT SKENCNGKMA TLSVGGKTVS RFRKATSILE FYRELGLPPK QTVKIFNITD NAAIKPGTPL YAAHFRPGQY V DVTAKTIG ...文字列:
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UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3m

+
分子 #3: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.528051 KDa
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EPVLRKVELP VPTHRRPVQA WVESLRGFEQ ERVGLADLHP DVFATAPRLD ILHQVAMWQK NFKRISYAKT KTRAEVRGGG RKPWPQKGT GRARHGSIRS PLWRGGGVAH GPRGPTSYYY MLPMKVRALG LKVALTVKLA QDDLHIMDSL ELPTGDPQYL T ELAHYRRW GDSVLLVDLT HEEMPQSIVE ATSRLKTFNL IPAVGLNVHS MLKHQTLVLT LPTVAFLEDK LLWQDSRYRP LY PFSLPYS DFP

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4m

+
分子 #4: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.127014 KDa
配列文字列:
TVIVERWWKV PLAGEGRKPR LHRRHRVYKL VEDTKHRPKE NLELILTQSV ENVGVRGDLV SVKKSLGRNR LLPQGLAVYA SPENKKLFE EEKLLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9m

+
分子 #5: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.552307 KDa
配列文字列:
RRVMHFQRQK LMAVTEYIPP KPAIHPSCLP

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL10m

+
分子 #6: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.591789 KDa
配列文字列:
SSFSRAPQQW ATFARIWYLL DGKMQPPGKL AAMASIRLQG LHKPVYHALS DCGDHVVIMN TRHIAFSGNK WEQKVYSSHT GYPGGFRQV TAAQLHLRDP VAIVKLAIYG MLPKNLHRRT MMERLHLFPD EYIPEDILKN LVEELPQPRK IPKRLDEYTQ E EIDAFPRL WTPPEDYRL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13m

+
分子 #7: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L14, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.710934 KDa
配列文字列:
AIQKMTRVRV VDNSALGNSP YHRAPRCIHV YKKNGVGKVG DQILLAIKGQ KKKALIVGHC MPGPRMTPRF DSNNVVLIED NGNPVGTRI KTPIPTSLRK REGEYSKVLA IAQNFV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14m

+
分子 #8: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.704938 KDa
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ARALDLLRGL PRVSLANLKP NPGSKKPERR PRGRRRGRKC GRGHKGERQR GTRPRLGFEG GQTPFYIRIP KYGFNEGHSF RRQYKPLSL NRLQYLIDLG RVDPSQPIDL TQLVNGRGVT IQPLKRDYGV QLVEEGADTF TAKVNIEVQL ASELAIAAIE K NGGVVTTA FYDPRSLDIV CKPVPFFLRG QPIPKRMLPP EELVPYYTDA KNRGYLADPA KFPEARLELA RKYGYILPDI TK DELFKML CTRKDPRQIF FGLAPGWVVN MADKKILKPT DENLLKYYTS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15m

+
分子 #9: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.06982 KDa
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RFIERAPLVP KVRREPKNLS DIRGPSTEAT EFTEGNFAIL ALGGGYLHWG HFEMMRLTIN RSMDPKNMFA IWRVPAPFKP ITRKSVGHR MGGGKGAIDH YVTPVKAGRL VVEMGGRCEF EEVQGFLDQV AHKLPFAAKA VSRGTLEKMR KDQEERERNN Q NPWTFERI ATANMLGIRK VLSPYDLTHK GKYWGKFYMP KRV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16m

+
分子 #10: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.761713 KDa
配列文字列:
ISHGRVFRRM GLGPESRIHL LRNLLTGLVR HERIEAPWAR VDEMRGYAEK LIDYGKLGDT NERAMRMADF WLTEKDLIPK LFQVLAPRY KDQTGGYTRM LQIPNRSLDR AKMAVIEYKG NCLPPLPLPR RDSHLTLLNQ LLQGLRQDLR QSQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17m

+
分子 #11: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.335679 KDa
配列文字列:
VENEAVAPEF TNRNPRNLEL LSVARKERGW RTVFPSREFW HRLRVIRTQH HVEALVEHQN GKVVVSASTR EWAIKKHLYS TRNVVACES IGRVLAQRCL EAGINFMVYQ PTPWEAASDS MKRLQSAMTE GGVVLREPQR IY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18m

+
分子 #12: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.674828 KDa
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RFLSPEFIPR RGRTDPLKFQ IERKDMLERR KVLHIPEFYV GSILRVTTAD PYASGKISQF LGICIQRSGR GLGATFILRN VIEGQGVEI CFELYNPRVQ EIQVVKLEKR LDDSLLYLRD ALPEYSTFDV NMKPVVQEPN QKVPVNELKV KMKPKPWSKR W ERPNFNIK GIRFDLCLTE QQMKEAQKWN QPWLEFDMMR EYDTSKIEAA IWKEIEASK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19m

+
分子 #13: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.251168 KDa
配列文字列:
LRNRVTDRYF RIQEVLKHAR HFRGRKNRCY RLAVRTVIRA FVKCTKARYL KKKNMRTLWI NRITAASQEH GLKYPALIGN LVKCQVELN RKVLADLAIY EPKTFKSLAA LASRRRHEGF AAALGDGKEP EGIFSRVVQY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20m

+
分子 #14: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.794934 KDa
配列文字列:
GYVPKTSLSS PPWPEVVLPD PVEETRHHAE VVKKVNEMIV TGQYGRLFAV VHFASRQWKV TSEDLILIGN ELDLACGERI RLEKVLLVG ADNFTLLGKP LLGKDLVRVE ATVIEKTESW PRIIMRFRKR KNFKKKRIVT TPQTVLRINS IEIAPCL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21m

+
分子 #15: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.466799 KDa
配列文字列:
ISRKWEKKNK IVYPPQLPGE PRRPAEIYHC RRQIKYSKDK MWYLAKLIRG MSIDQALAQL EFNDKKGAKI IKEVLLEAQD MAVRDHNVE FRSNLYIAES TSGRGQCLKR IRYHGRGRFG IMEKVYCHYF VKLVEGPPPP PEPPKTAVAH AKEYIQQLRS R TIVHTL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22m

+
分子 #16: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.562766 KDa
配列文字列:
ARNVVYPLYR LGGPQLRVFR TNFFIQLVRP GVAQPEDTVQ FRIPMEMTRV DLRNYLEGIY NVPVAAVRTR VQHGSNKRRD HRNVRIKKP DYKVAYVQLA HGQTFTFPDL FPSDPRRGGV PSWFGL

+
分子 #17: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.751602 KDa
配列文字列:
TWIDGPKDTS VEDALERTYV PCLKTLQEEV MEAMGIKETR KYKKVYWY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24m

+
分子 #18: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.364354 KDa
配列文字列:
RRQGIKKMEG HYVHAGNIIA TQRHFRWHPG AHVGVGKNKC LYALEEGIVR YTKEVYVPHP RNTEAVDLIT RLPKGAVLYK TFVHVVPAK PEGTFKLVAM L

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27m

+
分子 #19: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.81826 KDa
配列文字列: PLHKYPVWLW KRLQLREGIC SRLPGHYLRS LEEERTPTPV HYRPHGAKFK INPKNGQRER VEDVPIPIYF PPESQRGLWG GEGWILGQI YANNDKLSKR LKKVWKPQLF EREFYSEILD KKFTVTVTMR TLDLIDEAYG LDFYILKTPK EDLCSKFGMD L KRGMLLRL ...文字列:
PLHKYPVWLW KRLQLREGIC SRLPGHYLRS LEEERTPTPV HYRPHGAKFK INPKNGQRER VEDVPIPIYF PPESQRGLWG GEGWILGQI YANNDKLSKR LKKVWKPQLF EREFYSEILD KKFTVTVTMR TLDLIDEAYG LDFYILKTPK EDLCSKFGMD L KRGMLLRL ARQDPQLHPE DPERRAAIYD KYKEFAIPEE EAEWVGLTLE EAIEKQRLLE EKDPVPLFKI YVAELIQQLQ QQ ALS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28m

+
分子 #20: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L47, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.360918 KDa
配列文字列:
GLEEFFDDPK NWGQEKVKSG AAWTCQQLRN KSNEDLHKLW YVLLKERNML LTLEQEAKRQ RLPMPSPERL DKVVDSMDAL DKVVQERED ALRLLQTGQE RARPGAWRRD IFGRIIWHKF KQWVIPWHLN KRYNRKRFFA LPYVDHFLRL EREKRARIKA R KENLERKK AKILLKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29m

+
分子 #21: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.332625 KDa
配列文字列:
KFTRSRIPEK VFQASPEDHE KYGGDPQNPH KLHIVTRIKS TRRRPYWEKD IIKMLGLEKA HTPQVHKNIP SVNAKLKVVK HLIRIKPLK LPQGLPAEEN MSNTCLKSTG ELVVQW

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30m

+
分子 #22: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L32, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.606611 KDa
配列文字列:
AAPKNRRTIE VNRCRRRNPQ KLIKVKNNID VCPECGHLKQ KHVLCAYCYE KVCKETAEIR RQIGKQEGGP FKAPTIETVV LYTGETPSE QDQGKRIIER DRKRPSWFT

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32m

+
分子 #23: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.831021 KDa
配列文字列:
KNILVRMVSE AGTGFCFNTK RNRLREKLTL LHYDPVVKQR VLFVEKKKI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33m

+
分子 #24: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.239168 KDa
配列文字列:
ARGNEYQPSN IKRKNKHGWV RRLSTPAGVQ VILRRMLKGR KSLSH

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34m

+
分子 #25: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.788066 KDa
配列文字列:
LTYFSARKGK RKTVKAVIDR FLRLHCGLWV RRKAGYKKKL WKKTPARKKR LREFVFCNKT QSKLLDKMTT SFWKRRNWYV DDPYQKYHD RTNLKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35m

+
分子 #26: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.302047 KDa
配列文字列: YEWGVRSTRK SEPPPLDRVY EIPGLEPITF AGKMHFVPWL ARPIFPPWDR GYKDPRFYRS PPLHEHPLYK DQACYIFHHR CRLLEGVKQ ALWLTKTKLI EGLPEKVLSL VDDPRNHIEN QDECVLNVIS HARLWQTTEE IPKRETYCPV IVDNLIQLCK S QILKHPSL ...文字列:
YEWGVRSTRK SEPPPLDRVY EIPGLEPITF AGKMHFVPWL ARPIFPPWDR GYKDPRFYRS PPLHEHPLYK DQACYIFHHR CRLLEGVKQ ALWLTKTKLI EGLPEKVLSL VDDPRNHIEN QDECVLNVIS HARLWQTTEE IPKRETYCPV IVDNLIQLCK S QILKHPSL ARRICVQNST FSATWNRESL LLQVRGSGGA RLSTKDPLPT IASREEIEAT KNHVLETFYP ISPIIDLHEC NI YDVKNDT GFQEGYPYPY PHTLYLLDKA NLRPHRLQPD QLRAKMILFA FGSALAQARL LYGNDAKVLE QPVVVQSVGT DGR VFHFLV FQLNTTDLDC NEGVKNLAWV DSDQLLYQHF WCLPVIKKRV VVEPVGPVGF KPETFRKFLA LYLHGA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL37

+
分子 #27: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.730168 KDa
配列文字列: RRTPPLGPMP NSDIDLSNLE RLEKYRSFDR YRRRAEQEAQ APHWWRTYRE YFGPLDAVRA EWERTCGPYH KQRLAEYYGL YRDLFHGAT FVPRVPLHVA YAVGEDDLMP VYCGNEVTPT EAAQAPEVTY EAELWTLLLT SLDGHLLEPD AEYLHWLLTN I PGNRVAEG ...文字列:
RRTPPLGPMP NSDIDLSNLE RLEKYRSFDR YRRRAEQEAQ APHWWRTYRE YFGPLDAVRA EWERTCGPYH KQRLAEYYGL YRDLFHGAT FVPRVPLHVA YAVGEDDLMP VYCGNEVTPT EAAQAPEVTY EAELWTLLLT SLDGHLLEPD AEYLHWLLTN I PGNRVAEG QVTCPYLPPF PARGSGIHRL AFLLFKQDQP IDFSYQLAQR TFRTFDFYKK HQETMTPAGL SFFQCRWDDS VT YIFHQLL DMREPVFEFV RPPPYHPKQK RFPHRQPLRY LDRYRDSHEP TYGIY

+
分子 #28: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L39, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.289535 KDa
配列文字列: SPTELTEMRN DLFNKEKARQ LSLTPRTEKI EVKHVGKTDP GTVFVMNKNI STPYSCAMHL SEWYCRKSIL ALVDGQPWDM YKPLTKSCE IKFLTFKDCD PGEVNKAYWR SCAMMMGCVI ERAFKDEYMV NLVRAPEVPV ISGAFCYDVV LDSKLDEWMP T KENLRSFT ...文字列:
SPTELTEMRN DLFNKEKARQ LSLTPRTEKI EVKHVGKTDP GTVFVMNKNI STPYSCAMHL SEWYCRKSIL ALVDGQPWDM YKPLTKSCE IKFLTFKDCD PGEVNKAYWR SCAMMMGCVI ERAFKDEYMV NLVRAPEVPV ISGAFCYDVV LDSKLDEWMP T KENLRSFT KDAHALIYKD LPFETLEVEA KVALEIFQHS KYKVDFIEEK ASQNPERIVK LHRIGDFIDV SEGPLIPRTS IC FQYEVSA VHNLQPTQPS LIRRFQGVSL PVHLRAHFTI WDKLLERSRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL39

+
分子 #29: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L41, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.032986 KDa
配列文字列:
ADRMSKWTSK RGPRSFRGRK GRGAKGIGFL TSGWRFVQIK EMVPEFVVPD LTGFKLKPYV SYLAPESEET PLTAAQLFSE AVAPAIEKD FKDGTFDPDN LEKYGFEPTQ EGKLFQLYPR NFLR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL41

+
分子 #30: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.578935 KDa
配列文字列:
LPDDYNCNVE LALTSDGRTI VCYHPSVDIP YEHTKPIPRH LEEGPMIEQL SKMFFTTKHR WYPHGRYHRC RKNLNPPKDR

+
分子 #31: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.741986 KDa
配列文字列:
TARGTPSRFL ASVLHNGLGR YVQQLQRLSF SVSRDGASSR GAREFVEREV IDFARRNPGV VIYVNSRPCC VPRVVAEYLN GAVREESIH CKSVEEISTL VQKLADQSGL DVIRIRKPFH TDNPSIQGQW HPFTNKPTTF RGLRPREVQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL43

+
分子 #32: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.77352 KDa
配列文字列: VKKGFRAAFR FQKELERQRL LRCPPPPVRR SEKPNWDYHA EIQAFGHRLQ ENFSLDLLKT AFVNSCYIKS EEAKRQQLGI EKEAVLLNL KSNQELSEQG TSFSQTCLTQ FLEDEYPDMP TEGIKNLVDF LTGEEVVCHV ARNLAVEQLT LSEEFPVPPA V LQQTFFAV ...文字列:
VKKGFRAAFR FQKELERQRL LRCPPPPVRR SEKPNWDYHA EIQAFGHRLQ ENFSLDLLKT AFVNSCYIKS EEAKRQQLGI EKEAVLLNL KSNQELSEQG TSFSQTCLTQ FLEDEYPDMP TEGIKNLVDF LTGEEVVCHV ARNLAVEQLT LSEEFPVPPA V LQQTFFAV IGALLQSSGP ERTALFIRDF LITQMTGKEL FEMWKIINPM GLLVEELKKR NVSAPESRLT RQSGGTTALP LY FVGLYCD KKLIAEGPGE TVLVAEEEAA RVALRKLYGF TENRRPWNYS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL44

+
分子 #33: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L45, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.852926 KDa
配列文字列:
ASQVSIRRIK DYDANFKIKD FPEKAKDIFI EAHLCLNNSD HDRLHTLVTE HCFPDMTWDI KYKTVRWSFV ESLEPSHVVQ VRCSSMMNQ GNVYGQITVR MHTRQTLAIY DRFGRLMYGQ EDVPKDVLEY VVFEKQLTNP YGSWRMHTKI VPPWAPPKQP I LKTVMIPG P

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL45

+
分子 #34: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.019455 KDa
配列文字列:
YKTKPTHGIG KYKHLIK

+
分子 #35: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.087213 KDa
配列文字列:
FVESVDEYQF VERLLPATRI PDPPKHEHYP TPSGWQPPRD PPPNLPYFVR RSRMHNIPVY KDITHGNRQM TVIRKVEGDI WALQKDVED FLSPLLGKTP VTQVNEVTGT LRIKGYFDQE LKAWLLEKGF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL49

+
分子 #36: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.10761 KDa
配列文字列:
PPLRSRAYTP PEDLQSRLES YVKEVFGSSL PSNWQDISLE DSRLKFNLLA HLADDLGHVV PNSRLHQMCR VRDVLDFYNV PIQDRSKFD ELSASNLPPN LKITWS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL50

+
分子 #37: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.73991 KDa
配列文字列:
IGIRLTLPPP KVVDRWNEKR AMFGVYDNIG ILGNFEKHPK ELIRGPIWLR GWKGNELQRC IRKRKMVGSR MFADDLHNLN KRIRYLYKH FNRHGKFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL51

+
分子 #38: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.801988 KDa
配列文字列:
AGGQWRLQQG LAANPSGYGP LTELPDWSYA DGRPAPPMKG QLRRKAERET FARRVVLLSQ EMDAGLQAWQ LRQQKLQEEQ RKQENA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL52

+
分子 #39: Ribosomal protein 63, mitochondrial

分子名称: Ribosomal protein 63, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.768266 KDa
配列文字列:
RRPRFVSLRA KQNMIRRLEI EAENHYWLSM PYMTREQERG HAAVRRREAF EAIKAAATSK FPPHRFIADQ LDHLNVTKKW S

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL63

+
分子 #40: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial

分子名称: Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.901154 KDa
配列文字列:
EFKSIYSLDK LYPESQGSDT AWRVDIPLDR LTISYCRNSK AEVRFHLATA EWIAEPVRQK IAITHKNKIN RLGELILTSE SSRYQFRNL ADCLQKIRDM ITEASQKLHR IRIENMNRER LRQKRI

+
分子 #41: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1

分子名称: Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.942498 KDa
配列文字列:
YRARPPPRRR PGPRWPDPED LLTPRWQLGP RYAAKQFARY GAASGVVPGS LWPSPEQLRE LEAEEREWYP SLATMQESLR VKQLAEEQK RREREQHIAE CM

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL64

+
分子 #42: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein S18a, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.351198 KDa
配列文字列:
PKESPNPPNP SGQCPICRWN LKHKYNYDDV LLLSQFIRPH GGMLPRKITG LCQEEHRKIE ECVKMAHRAG LLPNHRPRLP EGVVPKSKP QLNRYLTRWA PGSVKPIYKK GPRWNRVRMP VGSPLLRDNV CYSRTPWKLY H

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL66

+
分子 #43: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.204699 KDa
配列文字列: VARYPPIVAS MTADSKAARL RRIERWQATV HAAESVDEKL RILTKMQFMK YMVYPQTFAL NADRWYQYFT KTVFLSGLPP PPAEPEPEP EPEPEPALDL AALRAVACDC LLQEHFYLRR RRRVHRYEES EVISLPFLDQ LVSTLVGLLS PHNPALAAAA L DYRCPVHF ...文字列:
VARYPPIVAS MTADSKAARL RRIERWQATV HAAESVDEKL RILTKMQFMK YMVYPQTFAL NADRWYQYFT KTVFLSGLPP PPAEPEPEP EPEPEPALDL AALRAVACDC LLQEHFYLRR RRRVHRYEES EVISLPFLDQ LVSTLVGLLS PHNPALAAAA L DYRCPVHF YWVRGEEIIP RGHRRGRIDD LRYQIDDKPN NQIRISKQLA EFVPLDYSVP IEIPTIKCKP DKLPLFKRQY EN HIFVGSK TADPCCYGHT QFHLLPDKLR RERLLRQNCA DQIEVVFRAN AIASLFAWTG AQAMYQGFWS EADVTRPFVS QAV ITDGKY FSFFCYQLNT LALTTQADQN NPRKNICWGT QSKPLYETIE DNDVKGFNDD VLLQIVHFLL NRPK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein mL65

+
分子 #44: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1

分子名称: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.280472 KDa
配列文字列:
KFDIDMMVSL LRQENARDIC VIQVPPEMRY TDYFVIVSGT STRHLHAMAF YVVKMYKHLK CKRDPHVKIE GKDTDDWLCV DFGSMVIHL MLPETREIYE LEKLWTLRSY DD

UniProtKB: Mitochondrial assembly of ribosomal large subunit protein 1

+
分子 #45: MIEF1 upstream open reading frame protein

分子名称: MIEF1 upstream open reading frame protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.329592 KDa
配列文字列:
APWSREAVLS LYRALLRQGR QLRYTDRDFY FASIRREFRK NQKLEDAEAR ERQLEKGLVF LNGKLGRII

UniProtKB: Mitochondrial ribosome and complex I assembly factor AltMIEF1

+
分子 #46: Acyl carrier protein, mitochondrial

分子名称: Acyl carrier protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.144511 KDa
配列文字列:
LTLEGIQDRV LYVLKLYDKI DPEKLSVNSH FMKDLGLDSL DQVEIIMAME DEFGFEIPDI DAEKLMCPQE IVDYIADKK

UniProtKB: Acyl carrier protein, mitochondrial

+
分子 #49: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial

分子名称: 39S ribosomal protein L36, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.768773 KDa
配列文字列:
FKNKTVLKKR CKDCYLVKRR GRWYVYCKTH PRHKQRQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36m

+
分子 #47: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 47 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 403.061188 KDa
配列文字列: GCUAAACCUA GCCCCAAACC CCCACCUUAC UACCACAACU UAGCCAAACC AUUUACAUAA AGUAUAGGCG AUAGAAAUUG AUGGCGCAA UAGAUAUAGU ACCGCAAGGG AAAGACAAGC AUAAUAUAGC AAGGACUAAC CCCUAUACCU UCUGCAUAAU G AAUUAACU ...文字列:
GCUAAACCUA GCCCCAAACC CCCACCUUAC UACCACAACU UAGCCAAACC AUUUACAUAA AGUAUAGGCG AUAGAAAUUG AUGGCGCAA UAGAUAUAGU ACCGCAAGGG AAAGACAAGC AUAAUAUAGC AAGGACUAAC CCCUAUACCU UCUGCAUAAU G AAUUAACU AGAAAUAACU UUGCAAGGAG AGCCAAAGCU AAGACCCCCG AAACCAGACG AGCUACCUAA GAACAGCUAA AA GAGCACA CCCGUCUAUG UAGCAAAAUA GUGGGAAGAU UUAUAGGUAG AGGCGACAAA CCUACCGAGC CUGGUGAUAG CUG GUUGUC CAAGAUAGAA UCUUAGUUCA ACUUUAAAUU UGCCCACAGA ACCAAAUCCC CUUGUAAAUU UAACUGUUAG UCCA AAGAG GAACAGCUCU UUGGACACUA GGAAAAAACC UUGUAGAGAG AGUAAAAAAU GAUCCCAAAC AUAUAACUGA ACUCC UCAC ACCCAAUUGG ACCAAUCUAU CAUAUAGAAG AACUAAUGUU AGUAUAAGUA ACAUGAAAAC AUUCUCCUCC GCAUAA GCC UGCGUCAGAU CUGACAAUUA ACAGCCCAAU AUCUACAAUC AACCAACAAG UUAUUACCCU CACUGUCAAC CCAACCA GG CAUGCUCAUA AGGAAAGGUU AAAAAAAGUA AAAGGAACUC GGCAAAUCUU ACCCCGCCUG UUUACCAAAA ACAUCACC U CUAGCAUCAC CAGUAUUAGA GGCACCGCCU CCUUAAAUAG GCUCCACGAG GGUUCAGCUG UCUCUUACUU UUAACCAGU GAAAUUGACC UGCCCGUGAG GCGGGCAUAA CACAGCAAGA CGAAGACCCU AUGGAGCUUU AAUUUAUUAA UGCAAAACCU GCAUUAAAA AUUUCGGUUG GGGCGACCUC GGAGCAGAAC CCAACCUCCG AGGCUAAGAC UUCACCAGUC AAAGCGAAGA U CCAAUAAC UUGACCAACG GAACAAGUUA CCCUAGGGCA AUCCUAUUCU AGAGUCCAUA UCAACAAUAG GGUUUACUGG AU CAGGACA UCCCGAUGGU GCAGCCGCUA UUAAAGGUUC GUUUGUUCAA CGAUUAAAGU CCUCGUGAUC UGAGUUCAGA CCG GAGUAA UCCAGGUCGG UUUCUAUCUA CUUUAUUCCU CCCUGUACGA AAGGACAAGA GAAAUAAGGC CUACUUCACA AAGC GCCUU CUAAAUGAUA UCAUCUCAAC UUAAUACCCA CACCCACCCA AGAACAGGGU U

+
分子 #48: mitochondrial tRNAVal

分子名称: mitochondrial tRNAVal / タイプ: rna / ID: 48 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.530658 KDa
配列文字列:
AGAGUGUAGC UUAACACAAA GCACCCAACU UACACUUAGG AGAUUUCAAU UGACGCUCUG A

+
分子 #50: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 50 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #51: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #52: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 14 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 52.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2709521
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 224933
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5ool


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7qh7:
Cryo-EM structure of the human mtLSU assembly intermediate upon MRM2 depletion - class 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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