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- PDB-7qey: human Connexin 26 class 1 hexamer at 90mmHg PCO2, pH7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qey
タイトルhuman Connexin 26 class 1 hexamer at 90mmHg PCO2, pH7.4
要素Gap junction beta-2 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Gap junction / Ion Channel / carbon dioxide sensitive
機能・相同性PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brotherton, D.H. / Cameron, A.D. / Savva, C.G. / Ragan, T.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P010393/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2015-090 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Conformational changes and CO-induced channel gating in connexin26.
著者: Deborah H Brotherton / Christos G Savva / Timothy J Ragan / Nicholas Dale / Alexander D Cameron /
要旨: Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. ...Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. Opening or closing of the channels is controlled by a variety of stimuli, and dysregulation leads to multiple diseases. An increase in the partial pressure of carbon dioxide (PCO) has been shown to cause connexin26 (Cx26) gap junctions to close. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of human Cx26 gap junctions under increasing levels of PCO. We show a correlation between the level of PCO and the size of the aperture of the pore, governed by the N-terminal helices that line the pore. This indicates that CO alone is sufficient to cause conformational changes in the protein. Analysis of the conformational states shows that movements at the N terminus are linked to both subunit rotation and flexing of the transmembrane helices.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Gap junction beta-2 protein
H: Gap junction beta-2 protein
I: Gap junction beta-2 protein
J: Gap junction beta-2 protein
K: Gap junction beta-2 protein
L: Gap junction beta-2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,16236
ポリマ－126,5036
非ポリマー16,65930
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area27320 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area51340 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "H"
d_2ens_1chain "G"
d_3ens_1chain "I"
d_4ens_1chain "J"
d_5ens_1chain "K"
d_6ens_1chain "L"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ILETYRG1 - 182
d_12ens_1LMTLMTH
d_13ens_1LMTLMTI
d_14ens_1LMTLMTJ
d_15ens_1LMTLMTK
d_16ens_1PTYPTYL
d_21ens_1ILETYRA1 - 182
d_22ens_1LMTLMTB
d_23ens_1LMTLMTC
d_24ens_1LMTLMTD
d_25ens_1LMTLMTE
d_26ens_1PTYPTYF
d_31ens_1ILETYRM1 - 182
d_32ens_1LMTLMTN
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d_34ens_1LMTLMTP
d_35ens_1LMTLMTQ
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d_52ens_1LMTLMTZ
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d_61ens_1ILETYRE1 - 182
d_62ens_1LMTLMTF
d_63ens_1LMTLMTG
d_64ens_1LMTLMTH
d_65ens_1LMTLMTI
d_66ens_1PTYPTYJ

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要素

#1: タンパク質
Gap junction beta-2 protein


分子量: 21083.887 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJB2 / プラスミド: pfastbac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: hexameric assembly of human connexin 26 in 90mmHg PCO2, pH7.4
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
詳細: The buffer, except DDM and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of use. The basal buffer was filtered and de-gassed, and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of ...詳細: The buffer, except DDM and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of use. The basal buffer was filtered and de-gassed, and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of use to 7.4 using 15% CO2 in 85% N2.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
170 mMsodium chlorideNaCl1
25 %glycerolC3H8O31
31 mMDTTC4H10O2S21
40.03 %DDMC24H46O111
580 mMsodium hydrogen carbonateNaHCO31
61.25 mMsodium dihydrogen phosphateNaH2PO41
73 mMpotassium chlorideKCl1
81 mMmagnesium sulphateMgSO41
94 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample monodisperse
試料支持詳細: 3ul protein was applied, and blotted for 6 seconds prior to plunge-freezing in atmosphere of 15% CO2, 86% N2
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 microlitres protein applied to grid, blot time 6 seconds, in 15% CO2/85%N2 atmosphere

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11647
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU2.X画像取得collection with aberration-free image shift
4GctfCTF補正
7Coot0.8.9.2 ELモデルフィッティング
9PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
13RELION3.1-beta３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2655822 / 詳細: LoG picker implemented in Relion3.1-beta
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 414758 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 2ZW3

2zw3

精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 62.71 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029414
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.40812690
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.5123330
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0351422
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031500
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709576451878
ens_1d_3GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0812309730373
ens_1d_4GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0812274660866
ens_1d_5GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.114914566141
ens_1d_6GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000721225850813

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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