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タイトルConformational changes and CO-induced channel gating in connexin26.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 30, Issue 5, Page 697-706.e4, Year 2022
掲載日2022年5月5日
著者Deborah H Brotherton / Christos G Savva / Timothy J Ragan / Nicholas Dale / Alexander D Cameron /
PubMed 要旨Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. ...Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. Opening or closing of the channels is controlled by a variety of stimuli, and dysregulation leads to multiple diseases. An increase in the partial pressure of carbon dioxide (PCO) has been shown to cause connexin26 (Cx26) gap junctions to close. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of human Cx26 gap junctions under increasing levels of PCO. We show a correlation between the level of PCO and the size of the aperture of the pore, governed by the N-terminal helices that line the pore. This indicates that CO alone is sufficient to cause conformational changes in the protein. Analysis of the conformational states shows that movements at the N terminus are linked to both subunit rotation and flexing of the transmembrane helices.
リンクStructure / PubMed:35276081 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.9 - 2.9 Å
構造データ

EMDB-13935, PDB-7qeo:
human Connexin 26 at 55mm Hg PCO2, pH7.4: two masked subunits, class C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-13937, PDB-7qeq:
human Connexin 26 dodecamer at 90mmHg PCO2, pH7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.9 Å

EMDB-13938, PDB-7qer:
human Connexin 26 dodecamer at 55mm Hg PCO2, pH7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-13939, PDB-7qes:
human Connexin 26 at 55mm Hg PCO2, pH7.4: two masked subunits, class A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-13940, PDB-7qet:
human Connexin 26 dodecamer at 20mmHg PCO2, pH7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-13941, PDB-7qeu:
human Connexin 26 at 55mmHg PCO2, pH7.4: two masked subunits, class B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-13942, PDB-7qev:
human Connexin 26 at 55mm Hg PCO2, pH7.4:two masked subunits, class D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-13943, PDB-7qew:
human Connexin 26 class 2 hexamer at 90mmHg PCO2, pH7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-13944, PDB-7qey:
human Connexin 26 class 1 hexamer at 90mmHg PCO2, pH7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

化合物

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Gap junction (ギャップ結合) / Ion Channel (イオンチャネル) / carbon dioxide sensitive

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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