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万見
- PDB-7q5b: Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q5b
タイトルCryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene
要素
  • (Transcription factor ...) x 2
  • DNA (19-MER)
  • DNA (31-MER)
  • DNA (34-MER)
  • DNA (56-MER)
  • DNA (9-MER)
  • TATA-box-binding protein
  • Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription / RNA Pol III / Ty3 Retrotransposon / Intasome
機能・相同性
機能・相同性情報


retrotransposon nucleocapsid / RNA polymerase III core binding / retrotransposition / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding ...retrotransposon nucleocapsid / RNA polymerase III core binding / retrotransposition / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / ribonuclease H / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA nuclease activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / disordered domain specific binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase A2B, Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / Transcription factor TFIIIB component B'', fungi / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / Integrase zinc-binding domain ...Peptidase A2B, Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon peptidase / Ty3 transposon capsid-like protein / Ty3 transposon capsid-like protein / Transcription factor TFIIIB component B'', fungi / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / Transcription factor TFIIIB component B'', Myb domain / Myb DNA-binding like / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / Transcription factor TFIIIB component B'' / Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Abascal-Palacios, G. / Jochem, L. / Pla-Prats, C. / Beuron, F. / Vannini, A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKCR-UK C47547/A21536 英国
Wellcome Trust200818/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of Ty3 retrotransposon integration at RNA Polymerase III-transcribed genes.
著者: Guillermo Abascal-Palacios / Laura Jochem / Carlos Pla-Prats / Fabienne Beuron / Alessandro Vannini /
要旨: Retrotransposons are endogenous elements that have the ability to mobilise their DNA between different locations in the host genome. The Ty3 retrotransposon integrates with an exquisite specificity ...Retrotransposons are endogenous elements that have the ability to mobilise their DNA between different locations in the host genome. The Ty3 retrotransposon integrates with an exquisite specificity in a narrow window upstream of RNA Polymerase (Pol) III-transcribed genes, representing a paradigm for harmless targeted integration. Here we present the cryo-EM reconstruction at 4.0 Å of an active Ty3 strand transfer complex bound to TFIIIB transcription factor and a tRNA gene. The structure unravels the molecular mechanisms underlying Ty3 targeting specificity at Pol III-transcribed genes and sheds light into the architecture of retrotransposon machinery during integration. Ty3 intasome contacts a region of TBP, a subunit of TFIIIB, which is blocked by NC2 transcription regulator in RNA Pol II-transcribed genes. A newly-identified chromodomain on Ty3 integrase interacts with TFIIIB and the tRNA gene, defining with extreme precision the integration site position.
履歴
登録2021年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13831
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: DNA (56-MER)
S: DNA (31-MER)
r: DNA (34-MER)
s: DNA (9-MER)
A: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
B: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
C: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
D: Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein
X: Transcription factor TFIIIB component B''
Y: TATA-box-binding protein
Z: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
t: DNA (19-MER)
u: DNA (19-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)927,77913
ポリマ－927,77913
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superose 6 increase 10/300 GL column (GE Healthcare), native gel electrophoresis, Electrophoretic Mobility Shift Assay (EMSA)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "u"
d_2ens_1chain "t"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-ID
d_11ens_1DGDCM
d_21ens_1DGDCL

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.98414504866, -0.00966245960061, 0.17710211764), (0.0285295605382, -0.994136793859, 0.104298126878), (0.175055954979, 0.107697130738, 0.978650469094)ベクター: 297. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98414504866, -0.00966245960061, 0.17710211764), (0.0285295605382, -0.994136793859, 0.104298126878), (0.175055954979, 0.107697130738, 0.978650469094)
ベクター: 297.246593967, 307.092016465, -42.674799968)

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要素

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DNA鎖 , 5種, 6分子 RSrstu

#1: DNA鎖 DNA (56-MER)


分子量: 17165.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#2: DNA鎖 DNA (31-MER)


分子量: 9484.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#3: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10532.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#4: DNA鎖 DNA (9-MER)


分子量: 2751.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#9: DNA鎖 DNA (19-MER)


分子量: 5882.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDY

#5: タンパク質
Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein / Gag3-Pol3 / Transposon Ty3-1 TYA-TYB polyprotein


分子量: 178556.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99315
#7: タンパク質 TATA-box-binding protein / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor ...TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor D / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 27042.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393

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Transcription factor ... , 2種, 2分子 XZ

#6: タンパク質 Transcription factor TFIIIB component B'' / TFIIIB90


分子量: 67801.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46678
#8: タンパク質 Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / TFIIIB / B-related factor 1 / BRF-1


分子量: 67011.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: BRF1, PCF4, TDS4, YGR246C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29056

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ty3 retrotransposon engaged with TFIIIB transcription factor and tRNA promoterCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2DNACOMPLEX#1-#4, #91RECOMBINANT
3TFIIIB transcription factorCOMPLEX#5-#81RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)559292
23Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)559292
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
140 mMTris-HCl1
280 mMNaCl1
37 mMMgCl21
41 mMDTT1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse
試料支持詳細: Glow discharged at 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: FEI TITAN KRIOS / モード: BRIGHT FIELD / 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / Specimen-ID: 1

ID最大 デフォーカス（公称値） (nm)最小 デフォーカス（公称値） (nm)倍率（公称値） (X)
132001700130000
24000240081000
撮影
IDImaging-ID平均露光時間 (sec.)電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数
11750GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)14974
225.370GATAN K3 (6k x 4k)12437

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.1_3865精密化
PHENIX1.18.1_3865精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-ID
2EPU画像取得1
4CTFFIND4CTF補正
9EPU画像取得2
10RELION3.0.4初期オイラー角割当
11RELION3.0.4最終オイラー角割当
12RELION3.0.4分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 628998
3次元再構成解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101469 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 85.1 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004222550
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.852931213
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05233516
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00563378
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d30.64764145
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 0.000712025323096 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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