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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7px8 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of mammalian acylaminoacyl-peptidase | ||||||||||||||||||
要素 | Acylamino-acid-releasing enzyme | ||||||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / acylaminoacyl-peptidase / tetramer / aclypeptide-hydrolase / oxidized protein hydrolase / serine-protease | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acylaminoacyl-peptidase / omega peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kiss-Szeman, A.J. / Harmat, V. / Menyhard, D.K. / Straner, P. / Jakli, I. / Hosogi, N. / Perczel, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ハンガリー, 5件
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引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of acylpeptide hydrolase reveals substrate selection by multimerization and a multi-state serine-protease triad. 著者: Anna J Kiss-Szemán / Pál Stráner / Imre Jákli / Naoki Hosogi / Veronika Harmat / Dóra K Menyhárd / András Perczel / 要旨: The first structure of tetrameric mammalian acylaminoacyl peptidase, an enzyme that functions as an upstream regulator of the proteasome through the removal of terminal -acetylated residues from its ...The first structure of tetrameric mammalian acylaminoacyl peptidase, an enzyme that functions as an upstream regulator of the proteasome through the removal of terminal -acetylated residues from its protein substrates, was determined by cryo-EM and further elucidated by MD simulations. Self-association results in a toroid-shaped quaternary structure, guided by an amyloidogenic β-edge and unique inserts. With a Pro introduced into its central β-sheet, sufficient conformational freedom is awarded to the segment containing the catalytic Ser587 that the serine protease catalytic triad alternates between active and latent states. Active site flexibility suggests that the dual function of catalysis and substrate selection are fulfilled by a novel mechanism: substrate entrance is regulated by flexible loops creating a double-gated channel system, while binding of the substrate to the active site is required for stabilization of the catalytic apparatus - as a second filter before hydrolysis. The structure not only underlines that within the family of S9 proteases homo-multimerization acts as a crucial tool for substrate selection, but it will also allow drug design targeting of the ubiquitin-proteasome system. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7px8.cif.gz | 464.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7px8.ent.gz | 383.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7px8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7px8_validation.pdf.gz | 746.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7px8_full_validation.pdf.gz | 756.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7px8_validation.xml.gz | 65.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7px8_validation.cif.gz | 105.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7px8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/7px8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13691MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81324.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P19205 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homotetramer of acylaminoacyl-peptidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ) / 器官: liver |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 10 mM / 名称: TRIS / 式: C4H11NO3 |
試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1157 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | |||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50604 / 対称性のタイプ: POINT |