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- PDB-7pwo: Cryo-EM structure of Giardia lamblia ribosome at 2.75 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pwo
タイトルCryo-EM structure of Giardia lamblia ribosome at 2.75 A resolution
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 9
  • (60S ribosomal protein ...) x 5
  • (Ribosomal protein ...) x 51
  • E-site tRNA
  • P-site tRNA
  • Ribosomal L38e
  • SSU ribosomal protein S17P
  • Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
  • rRNA 18S
  • rRNA 28S
  • rRNA 5.8S
  • rRNA 5S
キーワードRIBOSOME / giardia / parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal ...Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L35 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L27 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S28 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein S24 / Ribosomal protein L30 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein S29A / Ribosomal protein L4 / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein L17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein L26 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein L35a / Ribosomal protein S9 / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L23A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L44 / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L24A / Ribosomal protein S10B / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L23 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Ribosomal protein S23 / 60S ribosomal protein L18a / 40S ribosomal protein S7 / Ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein eL22 / 50S ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L36e / 60S ribosomal protein L29 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein L27a / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein S15A / Ribosomal protein S14 / SSU ribosomal protein S17P / 60S ribosomal protein L41
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Hiregange, D.G. / Rivalta, A. / Bose, T. / Breiner-Goldstein, E. / Samiya, S. / Cimicata, G. / Kulakova, L. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Herzberg, O. / Yonath, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119788 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the ancient eukaryotic ribosome from the human parasite Giardia lamblia.
著者: Disha-Gajanan Hiregange / Andre Rivalta / Tanaya Bose / Elinor Breiner-Goldstein / Sarit Samiya / Giuseppe Cimicata / Liudmila Kulakova / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Osnat Herzberg / Ada Yonath /
要旨: Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating ...Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating giardiasis need to be developed. The G. lamblia ribosome may provide a promising therapeutic target due to its distinct sequence differences from ribosomes of most eukaryotes and prokaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the G. lamblia (WB strain) ribosome determined at 2.75 Å resolution. The ribosomal RNA is the shortest known among eukaryotes, and lacks nearly all the eukaryote-specific ribosomal RNA expansion segments. In contrast, the ribosomal proteins are typically eukaryotic with some species-specific insertions/extensions. Most typical inter-subunit bridges are maintained except for one missing contact site. Unique structural features are located mainly at the ribosome's periphery. These may be exploited as target sites for the design of new compounds that inhibit selectively the parasite's ribosomal activity.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
T1: Ribosomal protein S19e
N1: Ribosomal protein S13
J1: Ribosomal protein S9
D1: Ribosomal protein S3
X1: Ribosomal protein S23
S1: Ribosomal protein S18
Q1: Ribosomal protein S16
C1: Ribosomal protein S2
B1: 40S ribosomal protein S3a
b1: Ribosomal protein S27
a1: 40S ribosomal protein S26
V1: 40S ribosomal protein S21
R1: Ribosomal protein S17
K1: Ribosomal protein S10B
I1: 40S ribosomal protein S8
e1: 40S ribosomal protein S30
H1: 40S ribosomal protein S7
n1: Ribosomal protein eL41
c1: Ribosomal protein S28
O1: Ribosomal protein S14
W1: Ribosomal protein S15A
E1: 40S ribosomal protein S4
L1: SSU ribosomal protein S17P
U1: Ribosomal protein S20
1: rRNA 28S
3: rRNA 5S
42: rRNA 5.8S
A2: Ribosomal protein L2
B2: Ribosomal protein L3
C2: Ribosomal protein L4
D2: Ribosomal protein L5
F2: Ribosomal protein L7
G2: 60S ribosomal protein L7a
H2: Ribosomal protein L6
I2: Ribosomal protein L10
J2: Ribosomal protein L11
L2: 60S ribosomal protein L13
M2: Ribosomal protein L14
N2: Ribosomal protein L15
O2: Ribosomal protein L13a
P2: Ribosomal protein L17
Q2: Ribosomal protein L18
R2: Ribosomal protein L19
S2: 60S ribosomal protein L18a
T2: Ribosomal protein L21
U2: Ribosomal protein eL22
V2: Ribosomal protein L23
X2: Ribosomal protein L23A
Y2: Ribosomal protein L26
Z2: 60S ribosomal protein L27
a2: Ribosomal protein L27a
b2: 60S ribosomal protein L29
c2: Ribosomal protein L30
d2: Ribosomal protein L31B
e2: Ribosomal protein L32
f2: Ribosomal protein L35a
g2: Ribosomal protein L34
h2: Ribosomal protein L35
i2: Ribosomal protein L36-1
j2: Ribosomal protein L37
k2: Ribosomal L38e
l2: Ribosomal protein L39
m2: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
o2: Ribosomal protein L44
p2: Ribosomal protein L37a
w2: E-site tRNA
W2: Ribosomal protein L24A
E: P-site tRNA
d1: Ribosomal protein S29A
F1: Ribosomal protein S5
Y1: Ribosomal protein S24
G1: 40S ribosomal protein S6
2: rRNA 18S
A1: 40S ribosomal protein SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,699,464630
ポリマ－2,679,21974
非ポリマー20,244556
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
Ribosomal protein ... , 51種, 51分子 T1N1J1D1X1S1Q1C1b1R1K1n1c1O1W1U1A2B2C2D2F2H2I2J2M2N2O2P2Q2R2...

#1: タンパク質 Ribosomal protein S19e


分子量: 15463.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A0A644F964
#2: タンパク質 Ribosomal protein S13


分子量: 17627.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BE02
#3: タンパク質 Ribosomal protein S9


分子量: 21699.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BKS8
#4: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 24779.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B8Z2
#5: タンパク質 Ribosomal protein S23


分子量: 15897.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BS96
#6: タンパク質 Ribosomal protein S18


分子量: 17510.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BZ58
#7: タンパク質 Ribosomal protein S16


分子量: 17634.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BKC6
#8: タンパク質 Ribosomal protein S2


分子量: 26765.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMZ1
#10: タンパク質 Ribosomal protein S27


分子量: 14117.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BJL1
#13: タンパク質 Ribosomal protein S17


分子量: 15757.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRG5
#14: タンパク質 Ribosomal protein S10B


分子量: 15406.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRX3
#18: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL41


分子量: 5194.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: V6TX21
#19: タンパク質 Ribosomal protein S28


分子量: 7358.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B4F3
#20: タンパク質 Ribosomal protein S14


分子量: 15755.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: E2RU83
#21: タンパク質 Ribosomal protein S15A


分子量: 14770.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: E2RU77
#24: タンパク質 Ribosomal protein S20


分子量: 14073.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B4G0
#28: タンパク質 Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L8


分子量: 27090.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: E2RTN4
#29: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 42715.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRZ3
#30: タンパク質 Ribosomal protein L4


分子量: 35048.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B7H8
#31: タンパク質 Ribosomal protein L5


分子量: 33961.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: E2RU47
#32: タンパク質 Ribosomal protein L7


分子量: 27103.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRY6
#34: タンパク質 Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L9


分子量: 20889.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BNT5
#35: タンパク質 Ribosomal protein L10


分子量: 24283.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BM86
#36: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 19767.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BI95
#38: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 14785.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B4F8
#39: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24353.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B8Z6
#40: タンパク質 Ribosomal protein L13a


分子量: 22921.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BU75
#41: タンパク質 Ribosomal protein L17


分子量: 18722.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BE76
#42: タンパク質 Ribosomal protein L18


分子量: 20207.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B4T7
#43: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23199.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BH61
#45: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 18296.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B2Q4
#46: タンパク質 Ribosomal protein eL22


分子量: 19942.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BW84
#47: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 15450.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BS37
#48: タンパク質 Ribosomal protein L23A


分子量: 16053.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMP6
#49: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15621.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BFT3
#51: タンパク質 Ribosomal protein L27a


分子量: 17166.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BZ78
#53: タンパク質 Ribosomal protein L30


分子量: 11698.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B5N7
#54: タンパク質 Ribosomal protein L31B / Ribosomal protein L31e


分子量: 12184.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMP3
#55: タンパク質 Ribosomal protein L32


分子量: 15985.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMD9
#56: タンパク質 Ribosomal protein L35a


分子量: 13913.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BKK5
#57: タンパク質 Ribosomal protein L34


分子量: 13528.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMF7
#58: タンパク質 Ribosomal protein L35


分子量: 14292.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRG7
#59: タンパク質 Ribosomal protein L36-1 / Ribosomal protein L36e


分子量: 10586.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BYA6
#60: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10329.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BLV7
#62: タンパク質 Ribosomal protein L39


分子量: 6353.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A0A644EZB9
#64: タンパク質 Ribosomal protein L44


分子量: 12311.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BQU8
#65: タンパク質 Ribosomal protein L37a


分子量: 10508.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BN26
#67: タンパク質 Ribosomal protein L24A


分子量: 12005.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRH7
#69: タンパク質 Ribosomal protein S29A


分子量: 15499.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B7H6
#70: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21058.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BZD3
#71: タンパク質 Ribosomal protein S24


分子量: 14872.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B593

-
40S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 B1a1V1I1e1H1E1G1A1

#9: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 28413.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BS79
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12791.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BQZ7
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9686.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B484
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 19451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B252
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7932.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A0A644F843
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21786.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BT38
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30464.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BFE3
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28084.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B6L8
#74: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 28101.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BE86

-
タンパク質 , 3種, 3分子 L1k2m2

#23: タンパク質 SSU ribosomal protein S17P


分子量: 23244.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: UniProt: V6TVJ7
#61: タンパク質 Ribosomal L38e


分子量: 8605.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B481
#63: タンパク質 Ubiquitin/Ribosomal protein L40e / Ubiquitin/ribosomal protein CEP52


分子量: 14343.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BXE1

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 1342w2E2

#25: RNA鎖 rRNA 28S


分子量: 878238.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#26: RNA鎖 rRNA 5S


分子量: 38671.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#27: RNA鎖 rRNA 5.8S


分子量: 44971.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
参照: GenBank: 9351
#66: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 4459.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#68: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
#73: RNA鎖 rRNA 18S


分子量: 471124.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)

-
60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 G2L2S2Z2b2

#33: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 25427.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BLL7
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 26640.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B6M8
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20624.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BT04
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15374.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B1T3
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7363.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BYY2

-
非ポリマー , 2種, 556分子

#75: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#76: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Giardia lamblia ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#74 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5567

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91058 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0081174774
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1149255886
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.070231736
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006217304
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.532578126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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