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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pwg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of large subunit of Giardia lamblia ribosome at 2.7 A resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / giardia / parasite | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit ...maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Hiregange, D.G. / Rivalta, A. / Bose, T. / Breiner-Goldstein, E. / Samiya, S. / Cimicata, G. / Kulakova, L. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Herzberg, O. / Yonath, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the ancient eukaryotic ribosome from the human parasite Giardia lamblia. 著者: Disha-Gajanan Hiregange / Andre Rivalta / Tanaya Bose / Elinor Breiner-Goldstein / Sarit Samiya / Giuseppe Cimicata / Liudmila Kulakova / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Osnat Herzberg / Ada Yonath / 要旨: Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating ...Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating giardiasis need to be developed. The G. lamblia ribosome may provide a promising therapeutic target due to its distinct sequence differences from ribosomes of most eukaryotes and prokaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the G. lamblia (WB strain) ribosome determined at 2.75 Å resolution. The ribosomal RNA is the shortest known among eukaryotes, and lacks nearly all the eukaryote-specific ribosomal RNA expansion segments. In contrast, the ribosomal proteins are typically eukaryotic with some species-specific insertions/extensions. Most typical inter-subunit bridges are maintained except for one missing contact site. Unique structural features are located mainly at the ribosome's periphery. These may be exploited as target sites for the design of new compounds that inhibit selectively the parasite's ribosomal activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pwg.cif.gz | 3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pwg.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7pwg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pwg_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pwg_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pwg_validation.xml.gz | 179.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pwg_validation.cif.gz | 330 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/7pwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/7pwg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13681MC 7pwfC 7pwoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 5種, 5分子 134wE
#1: RNA鎖 | 分子量: 878254.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38671.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 |
#3: RNA鎖 | 分子量: 44971.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 |
#42: RNA鎖 | 分子量: 24500.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 |
#44: RNA鎖 | 分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 |
+Ribosomal protein ... , 32種, 32分子 ABCDFHIJMNOPQRTUVXYacdefghijlopW
-60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 GLSZb
#9: タンパク質 | 分子量: 25427.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BLL7 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 26640.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B6M8 |
#20: タンパク質 | 分子量: 20624.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BT04 |
#26: タンパク質 | 分子量: 15374.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B1T3 |
#28: タンパク質 | 分子量: 7363.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BYY2 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 km
#37: タンパク質 | 分子量: 8605.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B481 |
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#39: タンパク質 | 分子量: 14343.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし) 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BXE1 |
-非ポリマー , 4種, 4691分子
#45: 化合物 | ChemComp-MG / #46: 化合物 | ChemComp-K / #47: 化合物 | ChemComp-PGE / | #48: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Giardia lamblia ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91058 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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