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- PDB-7pwg: Cryo-EM structure of large subunit of Giardia lamblia ribosome at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pwg
タイトルCryo-EM structure of large subunit of Giardia lamblia ribosome at 2.7 A resolution
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 5
  • (Ribosomal protein ...) x 32
  • E-site tRNA
  • P-site tRNA
  • Ribosomal L38e
  • Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
  • rRNA 28S
  • rRNA 5.8S
  • rRNA 5S
キーワードRIBOSOME / giardia / parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding ...maturation of LSU-rRNA / cytosolic ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site ...Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 ...: / TRIETHYLENE GLYCOL / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L4 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L26 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein L35a / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L32 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L23A / Ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L24A / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L18a / Ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein eL22 / 50S ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L36e / 60S ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L27a / Ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L5
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Hiregange, D.G. / Rivalta, A. / Bose, T. / Breiner-Goldstein, E. / Samiya, S. / Cimicata, G. / Kulakova, L. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Herzberg, O. / Yonath, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119788 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the ancient eukaryotic ribosome from the human parasite Giardia lamblia.
著者: Disha-Gajanan Hiregange / Andre Rivalta / Tanaya Bose / Elinor Breiner-Goldstein / Sarit Samiya / Giuseppe Cimicata / Liudmila Kulakova / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Osnat Herzberg / Ada Yonath /
要旨: Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating ...Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating giardiasis need to be developed. The G. lamblia ribosome may provide a promising therapeutic target due to its distinct sequence differences from ribosomes of most eukaryotes and prokaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the G. lamblia (WB strain) ribosome determined at 2.75 Å resolution. The ribosomal RNA is the shortest known among eukaryotes, and lacks nearly all the eukaryote-specific ribosomal RNA expansion segments. In contrast, the ribosomal proteins are typically eukaryotic with some species-specific insertions/extensions. Most typical inter-subunit bridges are maintained except for one missing contact site. Unique structural features are located mainly at the ribosome's periphery. These may be exploited as target sites for the design of new compounds that inhibit selectively the parasite's ribosomal activity.
履歴
登録2021年10月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: rRNA 28S
3: rRNA 5S
4: rRNA 5.8S
A: Ribosomal protein L2
B: Ribosomal protein L3
C: Ribosomal protein L4
D: Ribosomal protein L5
F: Ribosomal protein L7
G: 60S ribosomal protein L7a
H: Ribosomal protein L6
I: Ribosomal protein L10
J: Ribosomal protein L11
L: 60S ribosomal protein L13
M: Ribosomal protein L14
N: Ribosomal protein L15
O: Ribosomal protein L13a
P: Ribosomal protein L17
Q: Ribosomal protein L18
R: Ribosomal protein L19
S: 60S ribosomal protein L18a
T: Ribosomal protein L21
U: Ribosomal protein eL22
V: Ribosomal protein L23
X: Ribosomal protein L23A
Y: Ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27
a: Ribosomal protein L27a
b: 60S ribosomal protein L29
c: Ribosomal protein L30
d: Ribosomal protein L31B
e: Ribosomal protein L32
f: Ribosomal protein L35a
g: Ribosomal protein L34
h: Ribosomal protein L29
i: Ribosomal protein L36-1
j: Ribosomal protein L37
k: Ribosomal L38e
l: Ribosomal protein L39
m: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
o: Ribosomal protein L44
p: Ribosomal protein L37a
w: E-site tRNA
W: Ribosomal protein L24A
E: P-site tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,716,901338
ポリマ－1,706,95244
非ポリマー9,949294
水79,2124397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 134wE

#1: RNA鎖 rRNA 28S


分子量: 878254.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
#2: RNA鎖 rRNA 5S


分子量: 38671.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
#3: RNA鎖 rRNA 5.8S


分子量: 44971.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
#42: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 24500.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
#44: RNA鎖 P-site tRNA


分子量: 894.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6

+
Ribosomal protein ... , 32種, 32分子 ABCDFHIJMNOPQRTUVXYacdefghijlopW

#4: タンパク質 Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L8


分子量: 27090.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: E2RTN4
#5: タンパク質 Ribosomal protein L3


分子量: 42715.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRZ3
#6: タンパク質 Ribosomal protein L4


分子量: 35048.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B7H8
#7: タンパク質 Ribosomal protein L5


分子量: 33961.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: E2RU47
#8: タンパク質 Ribosomal protein L7


分子量: 27103.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRY6
#10: タンパク質 Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L9


分子量: 20889.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BNT5
#11: タンパク質 Ribosomal protein L10


分子量: 24283.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BM86
#12: タンパク質 Ribosomal protein L11


分子量: 19767.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BI95
#14: タンパク質 Ribosomal protein L14


分子量: 14785.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B4F8
#15: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24353.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B8Z6
#16: タンパク質 Ribosomal protein L13a


分子量: 22921.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BU75
#17: タンパク質 Ribosomal protein L17


分子量: 18722.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BE76
#18: タンパク質 Ribosomal protein L18


分子量: 20207.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B4T7
#19: タンパク質 Ribosomal protein L19


分子量: 23199.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BH61
#21: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 18296.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B2Q4
#22: タンパク質 Ribosomal protein eL22


分子量: 19942.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BW84
#23: タンパク質 Ribosomal protein L23


分子量: 15450.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BS37
#24: タンパク質 Ribosomal protein L23A


分子量: 16053.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMP6
#25: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15621.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BFT3
#27: タンパク質 Ribosomal protein L27a


分子量: 17166.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BZ78
#29: タンパク質 Ribosomal protein L30


分子量: 11698.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B5N7
#30: タンパク質 Ribosomal protein L31B / Ribosomal protein L31e


分子量: 12184.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMP3
#31: タンパク質 Ribosomal protein L32


分子量: 15985.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMD9
#32: タンパク質 Ribosomal protein L35a


分子量: 13913.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BKK5
#33: タンパク質 Ribosomal protein L34


分子量: 13528.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BMF7
#34: タンパク質 Ribosomal protein L29


分子量: 14292.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A0A644FBK5
#35: タンパク質 Ribosomal protein L36-1 / Ribosomal protein L36e


分子量: 10586.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BYA6
#36: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10329.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BLV7
#38: タンパク質 Ribosomal protein L39


分子量: 6353.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A0A644EZB9
#40: タンパク質 Ribosomal protein L44


分子量: 12311.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BQU8
#41: タンパク質 Ribosomal protein L37a


分子量: 10508.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BN26
#43: タンパク質 Ribosomal protein L24A


分子量: 12005.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BRH7

-
60S ribosomal protein ... , 5種, 5分子 GLSZb

#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 25427.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BLL7
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 26640.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B6M8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20624.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BT04
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15374.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B1T3
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7363.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BYY2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 km

#37: タンパク質 Ribosomal L38e


分子量: 8605.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B481
#39: タンパク質 Ubiquitin/Ribosomal protein L40e / Ubiquitin/ribosomal protein CEP52


分子量: 14343.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BXE1

-
非ポリマー , 4種, 4691分子

#45: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#46: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#47: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#48: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Giardia lamblia ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7Cootモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91058 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0095112188
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9903164775
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.056320413
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006210797
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.535450574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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