+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pwf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of small subunit of Giardia lamblia ribosome at 2.9 A resolution | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | RIBOSOME / giardia / parasite | ||||||
機能・相同性 | ![]() endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
![]() | Hiregange, D.G. / Rivalta, A. / Bose, T. / Breiner-Goldstein, E. / Samiya, S. / Cimicata, G. / Kulakova, L. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Herzberg, O. / Yonath, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the ancient eukaryotic ribosome from the human parasite Giardia lamblia. 著者: Disha-Gajanan Hiregange / Andre Rivalta / Tanaya Bose / Elinor Breiner-Goldstein / Sarit Samiya / Giuseppe Cimicata / Liudmila Kulakova / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Osnat Herzberg / Ada Yonath / ![]() ![]() 要旨: Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating ...Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating giardiasis need to be developed. The G. lamblia ribosome may provide a promising therapeutic target due to its distinct sequence differences from ribosomes of most eukaryotes and prokaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the G. lamblia (WB strain) ribosome determined at 2.75 Å resolution. The ribosomal RNA is the shortest known among eukaryotes, and lacks nearly all the eukaryote-specific ribosomal RNA expansion segments. In contrast, the ribosomal proteins are typically eukaryotic with some species-specific insertions/extensions. Most typical inter-subunit bridges are maintained except for one missing contact site. Unique structural features are located mainly at the ribosome's periphery. These may be exploited as target sites for the design of new compounds that inhibit selectively the parasite's ribosomal activity. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 609.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 709.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 115 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 200.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13680MC ![]() 7pwgC ![]() 7pwoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
+Ribosomal protein ... , 21種, 21分子 dTNJDXSQCYbPRKHncOWUF
-40S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 ABaZVIeEG
#10: タンパク質 | 分子量: 28101.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BE86 |
---|---|
#11: タンパク質 | 分子量: 28413.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BS79 |
#14: タンパク質 | 分子量: 12791.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BQZ7 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10121.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B8H7 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9686.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B484 |
#20: タンパク質 | 分子量: 19451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B252 |
#21: タンパク質 | 分子量: 7932.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A0A644F843 |
#27: タンパク質 | 分子量: 30464.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8BFE3 |
#31: タンパク質 | 分子量: 28084.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 50803 / WB clone C6 / 参照: UniProt: A8B6L8 |
-RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 2L
#28: RNA鎖 | 分子量: 471124.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#29: タンパク質 | 分子量: 23244.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: V6TVJ7 |
-非ポリマー , 2種, 303分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#33: 化合物 | ChemComp-K / #34: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Giardia lamblia small subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91058 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|