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- PDB-7pmn: S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-strande... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pmn
タイトルS. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation II)
要素
  • (DNA polymerase epsilon ...) x 2
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • Cell division control protein 45,Cell division control protein 45
  • Chromosome segregation in meiosis protein 3
  • DNA polymerase alpha-binding protein
  • Lagging strand template DNA
  • Leading strand template DNA
  • Minichromosome maintenance protein 5
  • Protein DIA2
  • Suppressor of kinetochore protein 1
  • Topoisomerase 1-associated factor 1
キーワードREPLICATION / Genome stability / DNA replication / Ubiquitination / termination / replisome / cryo-EM / CMG / SCF(Dia2)
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / establishment of sister chromatid cohesion / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / maintenance of DNA repeat elements / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / establishment of sister chromatid cohesion / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / maintenance of DNA repeat elements / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / septin ring assembly / Unwinding of DNA / invasive growth in response to glucose limitation / replication fork arrest / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / DNA replication initiation / protein-containing complex disassembly / meiotic chromosome segregation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / regulation of exit from mitosis / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / kinetochore assembly / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / entrainment of circadian clock / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / nuclear pre-replicative complex / regulation of metabolic process / MCM complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / Termination of translesion DNA synthesis / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic DNA replication initiation / positive regulation of glucose transmembrane transport / protein neddylation / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / vacuolar acidification / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / exit from mitosis / mitochondrial fusion / single-stranded DNA helicase activity / SCF ubiquitin ligase complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear chromosome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / leading strand elongation / replication fork processing / Orc1 removal from chromatin / regulation of DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / 3'-5' DNA helicase activity / DNA replication origin binding / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / regulation of protein-containing complex assembly / endomembrane system / negative regulation of cytoplasmic translation / error-prone translesion synthesis / heterochromatin formation / regulation of mitotic cell cycle / helicase activity / base-excision repair, gap-filling / meiotic cell cycle / replication fork / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / kinetochore / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G1/S transition of mitotic cell cycle / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / nucleosome assembly
類似検索 - 分子機能
F-box domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / DNA polymerase epsilon, subunit B / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain ...F-box domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / DNA polymerase epsilon, subunit B / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / F-box domain profile. / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / MCM4, winged helix domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / F-box domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / Leucine Rich Repeat / DNA polymerase family B, thumb domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / TPR repeat region circular profile. / Leucine-rich repeat profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / Suppressor of kinetochore protein 1 / DNA replication licensing factor MCM6 / Topoisomerase 1-associated factor 1 / DNA polymerase alpha-binding protein / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Cell division control protein 45 / Protein DIA2 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jenkyn-Bedford, M. / Yeeles, J.T.P. / Deegan, T.D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/13 英国
Wellcome Trust204678/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A conserved mechanism for regulating replisome disassembly in eukaryotes.
著者: Michael Jenkyn-Bedford / Morgan L Jones / Yasemin Baris / Karim P M Labib / Giuseppe Cannone / Joseph T P Yeeles / Tom D Deegan /
要旨: Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily ...Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily diverse E3 ubiquitin ligases in different eukaryotes (SCF in budding yeast, CUL2 in metazoa), replisome disassembly is governed by a common regulatory principle, in which ubiquitylation of CMG is suppressed before replication termination, to prevent replication fork collapse. Recent evidence suggests that this suppression is mediated by replication fork DNA. However, it is unknown how SCF and CUL2 discriminate terminated from elongating replisomes, to selectively ubiquitylate CMG only after termination. Here we used cryo-electron microscopy to solve high-resolution structures of budding yeast and human replisome-E3 ligase assemblies. Our structures show that the leucine-rich repeat domains of Dia2 and LRR1 are structurally distinct, but bind to a common site on CMG, including the MCM3 and MCM5 zinc-finger domains. The LRR-MCM interaction is essential for replisome disassembly and, crucially, is occluded by the excluded DNA strand at replication forks, establishing the structural basis for the suppression of CMG ubiquitylation before termination. Our results elucidate a conserved mechanism for the regulation of replisome disassembly in eukaryotes, and reveal a previously unanticipated role for DNA in preserving replisome integrity.
履歴
登録2021年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: em_admin / pdbx_database_proc ...em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_entity_src_syn / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._em_admin.last_update / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年1月26日Group: Source and taxonomy
カテゴリ: em_entity_assembly_recombinant / entity_src_gen
Item: _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_recombinant.organism ..._em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id / _em_entity_assembly_recombinant.organism / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13539
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45,Cell division control protein 45
F: DNA polymerase alpha-binding protein
G: DNA polymerase alpha-binding protein
H: DNA polymerase alpha-binding protein
I: Leading strand template DNA
J: Lagging strand template DNA
K: Suppressor of kinetochore protein 1
L: Protein DIA2
Q: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
R: DNA polymerase epsilon subunit B
X: Topoisomerase 1-associated factor 1
Y: Chromosome segregation in meiosis protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,811,44833
ポリマ－1,809,93022
非ポリマー1,51911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 111987.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

-
タンパク質 , 7種, 9分子 5EFGHKLXY

#4: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase
#11: タンパク質 Cell division control protein 45,Cell division control protein 45


分子量: 75154.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032
#12: タンパク質 DNA polymerase alpha-binding protein / Chromosome replication protein CHL15 / Chromosome transmission fidelity protein 4 / Protein POB1


分子量: 108610.148 Da / 分子数: 3 / Fragment: Mcm6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF4, CHL15, POB1, YPR135W, P9659.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01454
#15: タンパク質 Suppressor of kinetochore protein 1 / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit D / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit SKP1


分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SKP1, CBF3D, YDR328C, D9798.14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P52286
#16: タンパク質 Protein DIA2 / Digs into agar protein 2


分子量: 85368.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DIA2, YOR080W, YOR29-31 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08496
#19: タンパク質 Topoisomerase 1-associated factor 1


分子量: 141296.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOF1, YNL273W, N0636 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53840
#20: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 3


分子量: 36588.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM3, YMR048W, YM9796.01 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04659

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DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#7: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1 / Partner of Sld five 1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / Fragment: Tof1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSF1, YDR013W, PZA208, YD8119.18 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12488
#8: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2 / Partner of Sld five 2


分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / Fragment: Csm3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PSF2, YJL072C, HRF213, J1086 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40359
#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3


分子量: 22004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5150, PACBIOSEQ_LOCUS5239, PACBIOSEQ_LOCUS5244, PACBIOSEQ_LOCUS5270, PACBIOSEQ_LOCUS5331
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BWJ4
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#13: DNA鎖 Leading strand template DNA


分子量: 37738.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 Lagging strand template DNA


分子量: 35259.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
DNA polymerase epsilon ... , 2種, 2分子 QR

#17: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 255890.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#18: タンパク質 DNA polymerase epsilon subunit B / DNA polymerase II subunit 2


分子量: 78425.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DPB2, YPR175W, P9705.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482

-
非ポリマー , 3種, 11分子

#21: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#22: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Budding yeast replisome on double-stranded DNA engaged with SCF(Dia2) (conformation II)COMPLEXComplex reconstituted in vitro from purified proteins and DNA#1-#200RECOMBINANT
2DNACOMPLEX#13-#141RECOMBINANT
3ReplisomeCOMPLEX#1-#12, #17-#201RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32DNA molecule (その他)2853804
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Manual plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 38.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 12730
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
4RELION3CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2160000
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 369254
詳細: Composite map produced from individual cryo-EM density maps (resolutions 3.2 - 4.0 A) using Phenix combine_focused_maps. See publication for details.
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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