[日本語] English
万見
- PDB-7pkr: Vault structure in primmed conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pkr
タイトルVault structure in primmed conformation
要素Major vault protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cytoskeleton / cell population proliferation / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm ...protein activation cascade / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cytoskeleton / cell population proliferation / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Guerra, P. / Gonzalez-Alamos, M. / Llauro, A. / Casanas, A. / Querol-Audi, J. / de Pablo, P. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish National Research Council20202CEX003 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2017-83906-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Symmetry disruption commits vault particles to disassembly.
著者: Pablo Guerra / María González-Alamos / Aida Llauró / Arnau Casañas / Jordi Querol-Audí / Pedro J de Pablo / Núria Verdaguer /
要旨: Vaults are ubiquitous ribonucleoprotein particles involved in a diversity of cellular processes, with promising applications as nanodevices for delivery of multiple cargos. The vault shell is ...Vaults are ubiquitous ribonucleoprotein particles involved in a diversity of cellular processes, with promising applications as nanodevices for delivery of multiple cargos. The vault shell is assembled by the symmetrical association of multiple copies of the major vault protein that, initially, generates half vaults. The pairwise, anti-parallel association of two half vaults produces whole vaults. Here, using a combination of vault recombinant reconstitution and structural techniques, we characterized the molecular determinants for the vault opening process. This process commences with a relaxation of the vault waist, causing the expansion of the inner cavity. Then, local disengagement of amino-terminal domains at the vault midsection seeds a conformational change that leads to the aperture, facilitating access to the inner cavity where cargo is hosted. These results inform a hitherto uncharacterized step of the vault cycle and will aid current engineering efforts leveraging vault for tailored cargo delivery.
履歴
登録2021年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-13478
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13478
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Major vault protein
B: Major vault protein
C: Major vault protein
D: Major vault protein
E: Major vault protein
F: Major vault protein
G: Major vault protein
H: Major vault protein
I: Major vault protein
J: Major vault protein
K: Major vault protein
L: Major vault protein
M: Major vault protein
N: Major vault protein
O: Major vault protein
P: Major vault protein
Q: Major vault protein
R: Major vault protein
S: Major vault protein
T: Major vault protein
V: Major vault protein
W: Major vault protein
X: Major vault protein
Y: Major vault protein
Z: Major vault protein
AA: Major vault protein
BA: Major vault protein
CA: Major vault protein
DA: Major vault protein
EA: Major vault protein
FA: Major vault protein
GA: Major vault protein
HA: Major vault protein
IA: Major vault protein
JA: Major vault protein
KA: Major vault protein
LA: Major vault protein
MA: Major vault protein
NA: Major vault protein
OA: Major vault protein
PA: Major vault protein
QA: Major vault protein
RA: Major vault protein
SA: Major vault protein
TA: Major vault protein
UA: Major vault protein
VA: Major vault protein
WA: Major vault protein
XA: Major vault protein
YA: Major vault protein
ZA: Major vault protein
AB: Major vault protein
BB: Major vault protein
CB: Major vault protein
DB: Major vault protein
EB: Major vault protein
FB: Major vault protein
GB: Major vault protein
HB: Major vault protein
IB: Major vault protein
JB: Major vault protein
KB: Major vault protein
LB: Major vault protein
MB: Major vault protein
NB: Major vault protein
OB: Major vault protein
PB: Major vault protein
QB: Major vault protein
RB: Major vault protein
SB: Major vault protein
TB: Major vault protein
UB: Major vault protein
VB: Major vault protein
WB: Major vault protein
XB: Major vault protein
YB: Major vault protein
ZB: Major vault protein
AC: Major vault protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,481,76978
ポリマ－7,481,76978
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "L"
d_2ens_1chain "AA"
d_3ens_1chain "AB"
d_4ens_1chain "AC"
d_5ens_1chain "B"
d_6ens_1chain "BA"
d_7ens_1chain "BB"
d_8ens_1chain "C"
d_9ens_1chain "CA"
d_10ens_1chain "CB"
d_11ens_1chain "D"
d_12ens_1chain "DA"
d_13ens_1chain "DB"
d_14ens_1chain "E"
d_15ens_1chain "EA"
d_16ens_1chain "EB"
d_17ens_1chain "F"
d_18ens_1chain "FA"
d_19ens_1chain "FB"
d_20ens_1chain "G"
d_21ens_1chain "GA"
d_22ens_1chain "GB"
d_23ens_1chain "H"
d_24ens_1chain "HA"
d_25ens_1chain "HB"
d_26ens_1chain "I"
d_27ens_1chain "IA"
d_28ens_1chain "IB"
d_29ens_1chain "J"
d_30ens_1chain "JA"
d_31ens_1chain "JB"
d_32ens_1chain "K"
d_33ens_1chain "KA"
d_34ens_1chain "KB"
d_35ens_1chain "A"
d_36ens_1chain "LA"
d_37ens_1chain "LB"
d_38ens_1chain "M"
d_39ens_1chain "MA"
d_40ens_1chain "MB"
d_41ens_1chain "N"
d_42ens_1chain "NA"
d_43ens_1chain "NB"
d_44ens_1chain "O"
d_45ens_1chain "OA"
d_46ens_1chain "OB"
d_47ens_1chain "P"
d_48ens_1chain "PA"
d_49ens_1chain "PB"
d_50ens_1chain "Q"
d_51ens_1chain "QA"
d_52ens_1chain "QB"
d_53ens_1chain "R"
d_54ens_1chain "RA"
d_55ens_1chain "RB"
d_56ens_1chain "S"
d_57ens_1chain "SA"
d_58ens_1chain "SB"
d_59ens_1chain "T"
d_60ens_1chain "TA"
d_61ens_1chain "TB"
d_62ens_1chain "UA"
d_63ens_1chain "UB"
d_64ens_1chain "V"
d_65ens_1chain "VA"
d_66ens_1chain "VB"
d_67ens_1chain "W"
d_68ens_1chain "WA"
d_69ens_1chain "WB"
d_70ens_1chain "X"
d_71ens_1chain "XA"
d_72ens_1chain "XB"
d_73ens_1chain "Y"
d_74ens_1chain "YA"
d_75ens_1chain "YB"
d_76ens_1chain "Z"
d_77ens_1chain "ZA"
d_78ens_1chain "ZB"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLUPROL1 - 782
d_21ens_1GLUPROL1 - 782
d_31ens_1GLUPROL1 - 782
d_41ens_1GLUPROL1 - 782
d_51ens_1GLUPROL1 - 782
d_61ens_1GLUPROL1 - 782
d_71ens_1GLUPROL1 - 782
d_81ens_1GLUPROL1 - 782
d_91ens_1GLUPROL1 - 782
d_101ens_1GLUPROL1 - 782
d_111ens_1GLUPROL1 - 782
d_121ens_1GLUPROL1 - 782
d_131ens_1GLUPROL1 - 782
d_141ens_1GLUPROL1 - 782
d_151ens_1GLUPROL1 - 782
d_161ens_1GLUPROL1 - 782
d_171ens_1GLUPROL1 - 782
d_181ens_1GLUPROL1 - 782
d_191ens_1GLUPROL1 - 782
d_201ens_1GLUPROL1 - 782
d_211ens_1GLUPROL1 - 782
d_221ens_1GLUPROL1 - 782
d_231ens_1GLUPROL1 - 782
d_241ens_1GLUPROL1 - 782
d_251ens_1GLUPROL1 - 782
d_261ens_1GLUPROL1 - 782
d_271ens_1GLUPROL1 - 782
d_281ens_1GLUPROL1 - 782
d_291ens_1GLUPROL1 - 782
d_301ens_1GLUPROL1 - 782
d_311ens_1GLUPROL1 - 782
d_321ens_1GLUPROL1 - 782
d_331ens_1GLUPROL1 - 782
d_341ens_1GLUPROL1 - 782
d_351ens_1GLUPROL1 - 782
d_361ens_1GLUPROL1 - 782
d_371ens_1GLUPROL1 - 782
d_381ens_1GLUPROL1 - 782
d_391ens_1GLUPROL1 - 782
d_401ens_1GLUPROL1 - 782
d_411ens_1GLUPROL1 - 782
d_421ens_1GLUPROL1 - 782
d_431ens_1GLUPROL1 - 782
d_441ens_1GLUPROL1 - 782
d_451ens_1GLUPROL1 - 782
d_461ens_1GLUPROL1 - 782
d_471ens_1GLUPROL1 - 782
d_481ens_1GLUPROL1 - 782
d_491ens_1GLUPROL1 - 782
d_501ens_1GLUPROL1 - 782
d_511ens_1GLUPROL1 - 782
d_521ens_1GLUPROL1 - 782
d_531ens_1GLUPROL1 - 782
d_541ens_1GLUPROL1 - 782
d_551ens_1GLUPROL1 - 782
d_561ens_1GLUPROL1 - 782
d_571ens_1GLUPROL1 - 782
d_581ens_1GLUPROL1 - 782
d_591ens_1GLUPROL1 - 782
d_601ens_1GLUPROL1 - 782
d_611ens_1GLUPROL1 - 782
d_621ens_1GLUPROL1 - 782
d_631ens_1GLUPROL1 - 782
d_641ens_1GLUPROL1 - 782
d_651ens_1GLUPROL1 - 782
d_661ens_1GLUPROL1 - 782
d_671ens_1GLUPROL1 - 782
d_681ens_1GLUPROL1 - 782
d_691ens_1GLUPROL1 - 782
d_701ens_1GLUPROL1 - 782
d_711ens_1GLUPROL1 - 782
d_721ens_1GLUPROL1 - 782
d_731ens_1GLUPROL1 - 782
d_741ens_1GLUPROL1 - 782
d_751ens_1GLUPROL1 - 782
d_761ens_1GLUPROL1 - 782
d_771ens_1GLUPROL1 - 782
d_781ens_1GLUPROL1 - 782

-
要素

#1: タンパク質 ...
Major vault protein / MVP


分子量: 95920.109 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mvp / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q62667

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: major vault protein from Rattus norvegicus / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris buffer pH 7.5Tris1
275 mMSodium ChlorideNaCl1
31 mMMagnesium ChlorideMgCl21
41 mMdithiothreitolDTT1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
12RELION分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9793 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 4HL8

4hl8


Accession code: 4HL8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 55.03 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0024487890
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6101661050
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042775192
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004887438
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.493366690
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707273335537
ens_1d_3LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706090904589
ens_1d_4LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405977792417
ens_1d_5LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405884233373
ens_1d_6LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070809543243
ens_1d_7LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706649056195
ens_1d_8LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405713856615
ens_1d_9LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707701616664
ens_1d_10LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709047801357
ens_1d_11LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706759028481
ens_1d_12LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706342081137
ens_1d_13LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706467570253
ens_1d_14LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573777537688
ens_1d_15LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708338597015
ens_1d_16LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.040568177975
ens_1d_17LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.040592080559
ens_1d_18LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705937939092
ens_1d_19LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573784273435
ens_1d_20LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573819507583
ens_1d_21LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703434682111
ens_1d_22LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405891081497
ens_1d_23LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405872603189
ens_1d_24LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705236844329
ens_1d_25LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573833501117
ens_1d_26LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573828896252
ens_1d_27LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706219194436
ens_1d_28LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573781680422
ens_1d_29LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707007200054
ens_1d_30LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708233635795
ens_1d_31LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707247989473
ens_1d_32LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573874449113
ens_1d_33LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705262505177
ens_1d_34LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705962125495
ens_1d_35LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405923382857
ens_1d_36LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000704780743614
ens_1d_37LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405889154204
ens_1d_38LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573818845279
ens_1d_39LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405983904418
ens_1d_40LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070905744613
ens_1d_41LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405919912427
ens_1d_42LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707191240798
ens_1d_43LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573786329541
ens_1d_44LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405911046562
ens_1d_45LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706310320235
ens_1d_46LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.057385598264
ens_1d_47LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405939078449
ens_1d_48LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709757893036
ens_1d_49LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573818089412
ens_1d_50LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706082789163
ens_1d_51LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000713642079712
ens_1d_52LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573588762584
ens_1d_53LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.040588603289
ens_1d_54LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708845343523
ens_1d_55LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708420859622
ens_1d_56LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405891616315
ens_1d_57LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705073824961
ens_1d_58LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703656217809
ens_1d_59LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405964047332
ens_1d_60LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070556371249
ens_1d_61LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703918602073
ens_1d_62LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707193915669
ens_1d_63LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405666267338
ens_1d_64LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000704628239949
ens_1d_65LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703128107359
ens_1d_66LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405884418258
ens_1d_67LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.040588735053
ens_1d_68LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000701730268959
ens_1d_69LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573818307791
ens_1d_70LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708552567597
ens_1d_71LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707065410024
ens_1d_72LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0405951641051
ens_1d_73LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705889080666
ens_1d_74LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706532749367
ens_1d_75LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.057384371434
ens_1d_76LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.00070481864431
ens_1d_77LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000704129829174
ens_1d_78LELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0573803712166

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る