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- PDB-4v60: The structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v60
タイトルThe structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution
要素Major vault protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 9 REPEAT DOMAINS / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / Ribonucleoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein activation cascade / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cytoskeleton / cell population proliferation / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm ...protein activation cascade / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cytoskeleton / cell population proliferation / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain ...Major vault protein, N-terminal / Major vault protein, shoulder domain / Major vault protein / Major vault protein repeat domain 3 / Major vault protein repeat domain 2 / Major vault protein repeat domain 4 / Major vault protein repeat domain / Major vault protein repeat domain superfamily / Major vault protein repeat domain 2 superfamily / Major Vault Protein repeat domain / Shoulder domain / Major Vault Protein repeat domain / Major Vault Protein Repeat domain / Major Vault Protein repeat domain / MVP (vault) repeat profile. / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major vault protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kato, K. / Zhou, Y. / Tanaka, H. / Yao, M. / Yamashita, E. / Yoshimura, M. / Tsukihara, T.
引用
ジャーナル: Science / : 2009
タイトル: The structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution.
著者: Hideaki Tanaka / Koji Kato / Eiki Yamashita / Tomoyuki Sumizawa / Yong Zhou / Min Yao / Kenji Iwasaki / Masato Yoshimura / Tomitake Tsukihara /
要旨: Vaults are among the largest cytoplasmic ribonucleoprotein particles and are found in numerous eukaryotic species. Roles in multidrug resistance and innate immunity have been suggested, but the ...Vaults are among the largest cytoplasmic ribonucleoprotein particles and are found in numerous eukaryotic species. Roles in multidrug resistance and innate immunity have been suggested, but the cellular function remains unclear. We have determined the x-ray structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution and show that the cage structure consists of a dimer of half-vaults, with each half-vault comprising 39 identical major vault protein (MVP) chains. Each MVP monomer folds into 12 domains: nine structural repeat domains, a shoulder domain, a cap-helix domain, and a cap-ring domain. Interactions between the 42-turn-long cap-helix domains are key to stabilizing the particle. The shoulder domain is structurally similar to a core domain of stomatin, a lipid-raft component in erythrocytes and epithelial cells.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2008
タイトル: A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 39-fold dihedral symmetry
著者: Kato, K. / Tanaka, H. / Sumizawa, T. / Yoshimura, M. / Yamashita, E. / Iwasaki, K. / Tsukihara, T.
履歴
登録2008年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2ZUO, 2ZV4, 2ZV5
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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登録構造単位
A: Major vault protein
B: Major vault protein
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,740,88439
ポリマ-3,740,88439
非ポリマー00
00
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A: Major vault protein
B: Major vault protein
C: Major vault protein
D: Major vault protein
E: Major vault protein
F: Major vault protein
G: Major vault protein
H: Major vault protein
I: Major vault protein
J: Major vault protein
K: Major vault protein
L: Major vault protein
M: Major vault protein
N: Major vault protein
O: Major vault protein
P: Major vault protein
Q: Major vault protein
R: Major vault protein
S: Major vault protein
T: Major vault protein
U: Major vault protein
V: Major vault protein
W: Major vault protein
X: Major vault protein
Y: Major vault protein
Z: Major vault protein
a: Major vault protein
b: Major vault protein
c: Major vault protein
d: Major vault protein
e: Major vault protein
f: Major vault protein
g: Major vault protein
h: Major vault protein
i: Major vault protein
j: Major vault protein
k: Major vault protein
l: Major vault protein
m: Major vault protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,481,76978
ポリマ-7,481,76978
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)702.246, 383.796, 598.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.69, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ...
Major vault protein / MVP


分子量: 95920.109 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: liver / 参照: UniProt: Q62667

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 39

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試料調製

結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.4% PEG 4000, 0.8M sodium chloride, 0.05M lithium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月24日 / 詳細: undulator
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→204 Å / Num. obs: 1531361 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rsym value: 0.209 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.69 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.01076 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 403666 / Rsym value: 0.93 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
直接法モデル構築
CNS精密化
RAVEモデル構築
SCALAデータスケーリング
直接法位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: cryo-EM map

解像度: 3.5→204 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3304 75370 -RANDOM
Rwork0.311 ---
all-1630860 --
obs-1511765 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.6 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 1.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→204 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数80652 0 0 0 80652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.479
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.417
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.245
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.5-3.630.431966400.425912656578
3.63-3.770.396167530.385612960980
3.77-3.940.368174160.354514031186
3.94-4.150.334876010.314314609790
4.15-4.410.312577380.288814787191
4.41-4.750.306379180.272114828791
4.75-5.230.314378160.281214848291
5.23-5.980.324878530.295214856891
5.98-7.540.283477070.250514865090
7.54-2040.333779280.328515195592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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