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- PDB-7ph7: Nanodisc reconstituted MsbA in complex with nanobodies, spin-labe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ph7
タイトルNanodisc reconstituted MsbA in complex with nanobodies, spin-labeled at position T68C
要素
  • ATP-binding transport protein multicopy suppressor of htrB
  • Nb_MsbA#1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / nanobody / Gd-DOTA / lipid A
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC transporter, lipid A-core flippase, MsbA / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-88T / Chem-EIW / GADOLINIUM ATOM / ATP-binding transport protein MsbA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Parey, K. / Januliene, D. / Galazzo, L. / Meier, G. / Vecchis, D. / Striednig, B. / Hilbi, H. / Schaefer, L.V. / Kuprov, I. / Bordignon, E. ...Parey, K. / Januliene, D. / Galazzo, L. / Meier, G. / Vecchis, D. / Striednig, B. / Hilbi, H. / Schaefer, L.V. / Kuprov, I. / Bordignon, E. / Seeger, M.A. / Moeller, A.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHA 1574/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2033 - 390677874 - RESOLV ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The ABC transporter MsbA adopts the wide inward-open conformation in cells.
著者: Laura Galazzo / Gianmarco Meier / Dovile Januliene / Kristian Parey / Dario De Vecchis / Bianca Striednig / Hubert Hilbi / Lars V Schäfer / Ilya Kuprov / Arne Moeller / Enrica Bordignon / Markus A Seeger /
要旨: Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their ...Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their physiological environment. However, to truly understand the biophysical properties of membrane proteins in a physiological environment, they must be investigated within living cells. Here, we used a spin-labeled nanobody to interrogate the conformational cycle of the ABC transporter MsbA by double electron-electron resonance. Unexpectedly, the wide inward-open conformation of MsbA, commonly considered a nonphysiological state, was found to be prominently populated in cells. Molecular dynamics simulations revealed that extensive lateral portal opening is essential to provide access of its large natural substrate core lipid A to the binding cavity. Our work paves the way to investigate the conformational landscape of membrane proteins in cells.
履歴
登録2021年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-binding transport protein multicopy suppressor of htrB
B: ATP-binding transport protein multicopy suppressor of htrB
C: Nb_MsbA#1
D: Nb_MsbA#1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,7719
ポリマ－156,2014
非ポリマー3,5705
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area16300 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area65670 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding transport protein multicopy suppressor of htrB / Fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component / ...Fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component / Lipid A ABC exporter / fused ATPase and inner membrane subunits MsbA / Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA / Lipid A export ATP-binding/permease MsbA / Lipid ABC transporter permease/ATP-binding protein / Lipid ABC transporter permease/ATPase / Lipid transporter ATP-binding/permease / MsbA_1 protein / Vga(B)_1_U82085


分子量: 65760.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: msbA, msbA_1, msbA_2, A6519_002657, A6583_03380, A8W81_004300, A9819_04800, A9X72_16400, ABE90_014965, ACN002_0966, ACN81_15380, ACU57_24985, AM270_11745, AM340_16275, AM464_22545, AML23_ ...遺伝子: msbA, msbA_1, msbA_2, A6519_002657, A6583_03380, A8W81_004300, A9819_04800, A9X72_16400, ABE90_014965, ACN002_0966, ACN81_15380, ACU57_24985, AM270_11745, AM340_16275, AM464_22545, AML23_19245, AT335_004069, AT845_000133, AUQ29_08145, AW118_05720, B6R17_000782, B6R27_001671, B6R48_004108, B6R87_004021, B7C15_003805, B9T59_23370, BANRA_01415, BANRA_01429, BANRA_01870, BANRA_04732, BB545_18890, BE930_09255, BER14_06940, BFL24_05720, BHF52_24880, BHS81_05720, BHS87_04865, BIZ41_01230, BJI68_12025, BJJ90_16965, BK272_01105, BK292_06360, BK375_14490, BMR21_05685, BMT50_27640, BMT91_04170, BN17_07751, BO068_002027, BOH76_14605, BON63_21995, BON65_05320, BON70_17525, BON72_03180, BON73_13825, BON76_25985, BON83_06085, BON86_09625, BON87_27260, BON92_08485, BON93_08135, BON94_25200, BON95_16785, BON98_06205, BTQ06_17225, BUE81_07620, BUE82_15395, BvCms2454_01012, BvCmsHHP019_00240, BvCmsHHP056_02753, BvCmsKKP036_03474, BvCmsKKP057_04444, BvCmsKKP061_04589, BvCmsKSNP073_02255, BvCmsKSP011_04133, BvCmsKSP067_04779, BvCmsKSP076_02409, BvCmsNSNP036_02201, BvCmsSIP082_02235, BVL39_23700, BXT93_13710, C2U48_04965, C3F40_07720, C4M78_08380, C5542_002813, C5F72_16745, C5N07_03265, C5Y87_10910, C6B13_07725, C6B22_10100, C6L19_001588, C6N50_003378, C7B02_01770, C9114_12150, C9160_08345, C9E67_20675, C9Z68_12550, CA593_23990, CCS08_03180, CDL36_06595, CDL37_15135, CDL57_07045, CF32_003389, CG692_03365, CG831_002276, CIG67_23400, CN875_000708, CO706_27405, COD50_05160, CQP61_10815, CR539_09135, CV83915_00690, CWS33_13120, CXJ73_002058, CY655_05185, D0X26_04540, D2183_24450, D3O91_14025, D3Y67_02540, D4V09_10155, D5H22_11140, D6T60_13225, D9D31_03340, D9D43_06690, D9D77_11865, D9E34_03365, D9F92_01915, D9H13_11555, D9H94_06915, D9J03_07670, D9J11_05210, D9K17_11210, DAH18_03035, DAH23_13205, DAH34_01125, DAH37_00585, DAH50_02210, DB282_07550, DD762_16175, DEN86_14305, DEN89_03425, DEN95_10710, DEO15_17500, DIV22_10835, DNX30_10425, DRW19_14025, DS732_09570, DTL43_10175, DTL90_05565, DXT69_23270, DXT71_05215, DXT73_09740, E0I42_08570, E0N24_23200, E0P28_13815, E2112_02115, E2119_08300, E2127_01135, E2128_05560, E2129_04820, E2135_02055, E4K51_09740, E4K54_00580, E5P52_13385, E5S34_05660, E5S35_04055, E5S38_09040, E5S43_05210, E5S47_11130, E5S52_11170, E5S61_08545, E5S62_04865, EAI46_02335, EAN77_14050, EC1094V2_2917, EC3234A_23c00180, EC95NR1_05191, ECs0997, EGC08_15830, EH88_002077, EHD79_04505, EHH55_13005, EI021_01080, EI041_12680, EIA08_02100, EIA13_09425, EIZ93_00575, EKI52_05875, EL79_2904, EL80_2842, ELT21_02010, ELT29_09755, ELT49_23725, ELV08_17635, ELV10_15150, ELV15_06100, ELV28_02850, ELX76_08675, ELX96_01205, ELY05_17895, ELY32_10925, ELY41_16195, ELY48_22120, EO241_05695, ERS139208_02792, ETECE36_03997, ETECE925_03058, EVY14_21410, ExPECSC038_03334, EXX13_00100, EYX47_00395, EYX55_20050, EYY34_02850, F2N31_11485, F3N40_21340, F6U69_03820, F9400_05025, F9407_17390, F9571_11380, F9B07_02055, F9S76_10820, F9V07_15065, F9V24_13720, F9X20_013070, F9X20_13170, FC554_21655, FDM60_03230, FFF58_05225, FGG80_22070, FMP09_04685, FOI11_008365, FOI11_11680, FPS82_01020, FQ021_09215, FQE77_03700, FQF29_10975, FV293_16625, FWK02_08630, FY127_20475, G4A38_14240, G5603_01415, G5696_09455, G7635_003895, G9448_05965, GAJ26_08300, GBE29_03250, GF646_03230, GF699_01980, GFY34_01280, GIB53_08740, GKF52_12915, GKF86_06495, GKF89_10460, GKG12_04785, GLW94_06610, GNZ05_08600, GOP20_01470, GP650_11715, GP662_17675, GP946_17935, GP979_00615, GQE42_02625, GQE64_04965, GQE87_02855, GQF58_12480, GQF59_12005, GQM04_13340, GQM09_13435, GQM10_19610, GQM13_15270, GQR15_15695, GQW76_08435, GQW80_18480, GRQ19_15240, GRW05_05270, GRW57_16455, GRW80_07070, GRW81_12285, GSY44_02515, GTP88_06305, GUB08_12365, GUB92_16760, GUC01_02505, H0O72_02105, H4P50_16515, H4P51_16365, HCF72_002462, HH411_000415, HH795_003376, HHG09_003242, HHH44_001077, HIE44_000973, HIR12_000741, HJM92_000296, HJN04_000401, HJO75_001041, HL425_03810, HL563_08835, HL601_14000, HLU10_14490, HLV18_14815, HLZ20_01105, HLZ50_00845, HmCms184_00694, HmCmsJML074_03039, HMJ82_16850, HMS79_05975, HMT08_20940, HMU48_16915, HMV95_03075, HNC36_01345, HNC38_15880, HNC52_01100, HNC59_18065, HNC99_19615, HND12_01880, HND24_12010, HNO08_02960, HNV65_06485, HNV94_02370, HNY50_12835, HNY54_05355, HPE39_08505, HV109_15490, HVV53_00230, HVW04_06410, HVW43_07760, HVY77_17160, HVZ33_15895, HVZ71_16085, HX136_16500, HZ71_000143, I6H00_09440, I6H01_22140, I6H02_23385, IA00_002659, JE86ST02C_10230, JE86ST05C_10770, NCTC10090_00491, NCTC10764_04605, NCTC10974_03682, NCTC11022_00376, NCTC11126_01170, NCTC11181_00391, NCTC11341_04668, NCTC13127_04478, NCTC13148_05927, NCTC13216_03514, NCTC4450_03952, NCTC8008_02844, NCTC8450_03697, NCTC8960_00595, NCTC8985_01994, NCTC9036_03317, NCTC9048_03196, NCTC9050_01167, NCTC9117_04053, NCTC9706_00592, NCTC9775_05686, NCTC9969_03388, ND22_004923, PGD_02377, PU06_09035, RG28_18920, SAMEA3472043_03213, SAMEA3472044_00113, SAMEA3472056_00386, SAMEA3472064_00296, SAMEA3472080_00651, SAMEA3472120_01782, SAMEA3484427_02830, SAMEA3484429_00081, SAMEA3485101_00393, SAMEA3485110_01711, SAMEA3751407_00423, SAMEA3752386_00337, SAMEA3753064_00778, SAMEA3753290_02602, SAMEA3753300_02847, SM09_01759, THOESC010_28510, TUM18780_27110, WP2S18E08_30120, WP4S18E08_28590, WQ89_23900, WR15_11915
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TGA2
#2: タンパク質 Nb_MsbA#1


分子量: 12339.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Nanobody is labeled with GMO-GD at Cys68 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-EIW / (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-4-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[(1~{S})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-4-[(3~{R})-3-nonanoyloxytetradecanoyl]oxy-5-[[(3~{R})-3-octanoyloxytetradecanoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(3~{R})-3-oxidanylnonanoyl]amino]-4-[(3~{R})-3-oxidanyltetradecanoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-5-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid


分子量: 2206.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C102H186N2O44P2
#4: 化合物 ChemComp-88T / (1~{R},4~{R},11~{S},14~{S},19~{Z})-19-[2-[2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-1-yl]ethylimino]-7,8,17,18-tetraoxa-1,4,11,14-tetrazatricyclo[12.6.2.2^{4,11}]tetracosane-6,9,16-trione


分子量: 524.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H32N6O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli MsbA in complex with nanobody Nb_MsbA#1, labeled with Gd-DOTA at T68C
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
10cryoSPARCv3.0.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13cryoSPARCv3.0.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247610 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00810846
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90914644
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.2661566
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0521725
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071844

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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