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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pem | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of phophorylated Drs2p-Cdc50p in a PS and ATP-bound E2P state | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Lipid Flippase / P4 ATPase / trans-Golgi Network / Phosphatidylserine transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / aminophospholipid translocation / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phospholipid-translocating ATPase complex ...Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / aminophospholipid translocation / post-Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylserine flippase activity / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipid translocation / Neutrophil degranulation / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / late endosome membrane / endosome membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Timcenko, M. / Wang, Y. / Lyons, J.A. / Nissen, P. / Lindorff-Larsen, K. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Substrate Transport and Specificity in a Phospholipid Flippase 著者: Wang, Y. / Lyons, J.A. / Timcenko, M. / Kummerer, F. / de Groot, B.L. / Nissen, P. / Gapsys, V. / Lindorff-Larsen, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pem.cif.gz | 277.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pem.ent.gz | 216.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pem_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pem_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pem_validation.xml.gz | 51.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pem_validation.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/7pem | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13353MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 154006.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Drs2p with a Thrombin cleavable C-terminal biotin acceptor domain (BAD) tag, and additional Thrombin cleavage site in the C-terminus. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DRS2, YAL026C, FUN38 / プラスミド: pYeDP60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303-1A dpep4 / 参照: UniProt: P39524, P-type phospholipid transporter |
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#2: タンパク質 | 分子量: 45037.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cdc50p with Thrombin cleavable C-terminal His-tag 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC50, YCR094W, YCR94W / プラスミド: pYeDP60 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): W303-1A dpep4 / 参照: UniProt: P25656 |
-糖 , 2種, 3分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
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-非ポリマー , 5種, 6分子
#5: 化合物 | ChemComp-2Y5 / ( |
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
#7: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#8: 化合物 | ChemComp-Q3G / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P and transport substrate PS タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.18 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303-1A dpep4 / プラスミド: pYeDP60 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified in detergent lauryl maltose neopentyl glycol (LMNG) | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: Incubated with 0.1 mg/mL POPS for 1 hour. 3mM ATP was added to the sample just before application to the grid. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9837 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3029402 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91415 / 詳細: non-uniform refinement in cryoSPARC v3 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 69.1 / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient 詳細: Molecular dynamics flexible fitting and energy minimization in Gromacs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6ROJ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.24 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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